Mikrobiologian erikoisalalla palataan hiljalleen kohti ”normaalia”
Koronan työllistävä vaikutus on ollut jo pidempään laskusuuntainen, minkä myötä Fimlabin mikrobiologian erikoisalalla on voitu jälleen keskittyä paremmin eri projekteihin. Valmiutta pidetään kuitenkin yhä yllä, ja tarpeen vaatiessa testauskapasiteettia voidaan kasvattaa nopeallakin aikataululla.
Koronan myötä moni mikrobiologian erikoisalalla käynnissä ollut projekti jouduttiin laittamaan jäihin, sillä työntekijöiden resurssit ohjattiin voimakkaasti koronatestaukseen. Vaikka tartuntamäärät ovat edelleen melko korkeita, virus on asettumassa yhdeksi hengitystieinfektion aiheuttajaksi monien muiden joukossa. Laboratoriossa tehtävien testien määrä on vähentynyt merkittävästi, ja mikrobiologian erikoisalan työntekijöiden arjessa ollaan palaamassa kohti niin kutsuttua normaalia.
Koronapandemia nosti esiin aukkoja varautumisessa kaikilla terveydenhuollon sektoreilla. Pandemiasta on kuitenkin otettu opiksi, ja valmiutta tullaan jatkossa pitämään yllä aiempaa paremmin.
– Pohdimme nyt aiempaa tarkemmin, millaista valmiutta tulee pitää yllä mahdollisten uusien pandemioiden varalta. Aiemmat varautumissuunnitelmat ovat pohjautuneet influenssaepidemioihin, mutta koronan myötä olemme saneet aivan uudenlaista perspektiiviä esimerkiksi laboratorioiden varautumiseen. Nämä opit ohjaavat nyt kaikkea varautumiseen liittyvää ajattelua ja suunnittelua, Fimlabin Mikrobiologian erikoisalajohtaja Tapio Seiskari kertoo.
Korona työllistää edelleen mikrobiologian erikoisalan henkilöstöä jonkin verran, mutta ei samalla tavalla kuin pandemian pahimmassa vaiheessa. Testausstrategiaa on muutettu pandemian edetessä niin, että kaikkia oireisia ei enää testata, ja samalla kotitestien osuus on kasvanut merkittävästi. Laboratoriossa tehtävät testit kohdentuvat sairaalahoitoisiin potilaisiin ja riskiryhmiin. Valmiutta kasvattaa testauskapasiteettia pidetään kuitenkin edelleen yllä.
Uusi tietojärjestelmä ja muita kehityskohteita
Koronan työllistävän määrän laskiessa Fimlabin mikrobiologian erikoisalalla on pystytty jälleen keskittymään paremmin muihin erikoisalaa koskeviin tärkeisiin asioihin. Esimerkiksi erilaisia projekteja on jälleen herätelty henkiin, ja suunnitteilla on monenlaisia menetelmäuudistuksia.
– Yksi merkittävä asia on bakteeriviljelyssä käytettävän laboratoriotietojärjestelmän uudistaminen. Se tulee työllistämään meitä loppuvuodesta. Uudistuksesta voi seurata hetkellisiä pullonkauloja, mutta se tulee myös avaamaan uusia ovia esimerkiksi laiteliitännöillä, jotka ovat odottaneet uuden järjestelmän käyttöönottoa jo hyvän tovin, Seiskari sanoo.
Toinen kehitettävä kokonaisuus on ulostediagnostiikka, minkä lisäksi listalla on paljon erilaisia yksittäisiä, pienempiä kehityskohteita. Lisäksi henkilökuntaa voidaan perehdyttää nyt muuhunkin kuin koronaan liittyviin tehtäviin.
– Koronan vuoksi muuhun diagnostiikkaan perehtyminen jäi vähemmälle, ja perehdytysvelkaa pyritään nyt paikkaamaan, Seiskari vakuuttaa.
Tampere: Koronanäytteenotto muuttaa Nekalasta Hatanpäälle 11.11.
Fimlabin Tampereen koronanäytteenotto muuttaa Nekalasta Hatanpään sairaala-alueelle. Hatanpään koronanäytteenottopiste palvelee asiakkaita perjantaista 11.11.2022 alkaen osoitteessa Hatanpäänkatu 22 (O-rakennus). Nekalan koronanäytteenottopiste sulkeutuu torstaina 10.11.2022 klo 16.
Katso saapumisohje Hatanpään koronanäytteenottopisteeseen
Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen. Saavu näytteenottoon oikeana päivänä ja kellonaikana. Ajanvarauksen tiedot ovat varausvahvistuksessa. Muistathan perua sinulle varatun näytteenottoajan, mikäli olet estynyt tulemaan. Ohjeet näytteenottoajan perumiseen löydät tekstiviestinä tulleesta varausvahvistuksesta.
Hatanpään koronanäytteenottopiste (Hatanpäänkatu 22, O-rakennus) palvelee asiakkaita 11.11.2022 alkaen ma–pe klo 9–17 ja la–su klo 9–16.
Tampere: Fimlabin koronanäytteenotto Nekalassa siirtyy UpWeGo:lle 2.5.2022
Fimlab on kilpailuttanut koronanäytteenoton Tampereella. Maanantaista 2.5.2022 alkaen Nekalan koronanäytteenottopisteessä näytteenottoa tekee UpWeGo.
Ajanvarauskäytäntö koronanäytteenottoon ei muutu. Nekalan näytteenottopisteessä otetut näytteet analysoidaan edelleen Fimlabissa, ja vastaus tulee tekstiviestillä tuloksen valmistuttua.
Nekalan koronanäytteenottopiste palvelee asiakkaita 2.5.2022 alkaen ma-pe 8-20 ja la-su 10-18 osoitteessa Viinikankatu 44 G.
Koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen.
Mitä kuuluu koronadiagnostiikalle juuri nyt?
Fimlabissa tutkitaan tällä hetkellä valtavia määriä koronanäytteitä ja positiivisten löydösten osuus on ennennäkemättömän suuri. Kiireen ohella on pystytty tekemään myös tutkimustyötä, jolla varmistetaan diagnostiikan toimivuus. Tutkimuksen tueksi Fimlab sai Tampereen tuberkuloosisäätiöltä merkittävän apurahan.
Ylilääkäri Tapio Seiskarin mukaan kotimaisella tutkimuksella on pandemian hoidossa tärkeä rooli, sillä sen ansiosta voidaan varmistaa diagnoosien ja hoitoprosessien oikeellisuus.
– Kun tutkimme omaa tekemistämme ja uusia menetelmiä, voimme varmistaa, että teemme asioita oikein ja järkevästi, ja että kehitysaskeleet ovat oikean suuntaisia. Hyvä esimerkki tästä on antigeenitestien suorituskyky, joka tunnetaan Fimlabissa erittäin tarkasti meillä tehtyjen tutkimusten perusteella, Seiskari kuvailee.
Antigeenitestien tiedetään toimivan hyvin, kun hengitystieoireiden alusta on kulunut yhdestä seitsemään vuorokautta. Fimlabissa tehty tutkimus osoittaa kuitenkin selvästi, että aivan oireisen taudin alkuvaiheessa, ja oireettomilla potilailla, antigeenitestin herkkyys on merkittävästi PCR-tutkimusta huonompi.
– Tämä on merkittävä havainto, kun arvioidaan esimerkiksi kansallisia linjauksia kotitestien käytöstä oireettomien seulonnassa, toteaa mikrobiologian osastonylilääkäri Janne Aittoniemi.
Tampereen tuberkuloosisäätiö myönsi Fimlab Laboratoriot Oy:lle puolen miljoonan suuruisen apurahan koronatutkimusta varten. Apurahan voimin on jo tehty tutkimusta ja julkaisuja. Antigeenitestien suorituskyvyn lisäksi on tutkittu vasta-ainetestien toimivuutta ja muun muassa erilaisten näytteenottokohtien soveltuvuutta PCR-diagnostiikkaan. Havainto nenästä otetun PCR-näytteen toimivuudesta on huomioitu suoraan Fimlabin näytteenotto-ohjeistuksessa. Tutkimuksen hyöty on siis ollut hyvin konkreettinen.
Valtavat näytemäärät haastavat ensin näytteenottoa ja pienellä viiveellä analytiikkaa
Vaikka tutkimustyö onkin tärkeää, kasvavat koronatartuntamäärät suuntaavat resurssit valtavista näytemääristä selviämiseen. Loppuvuodesta 2021 tartuntamäärät ja sen myötä myös koronatestaus lisääntyivät merkittävästi kuormittaen Fimlabin henkilöstöä.
Koronan lisäksi hengitystieoireilua ja testauksen tarvetta ovat lisänneet monet muut hengitystievirukset. Etenkin RS-virusta on ollut paljon liikkeellä. Lisäksi omikronvariantin rantautuminen Suomeen on lisännyt sekvensointien tarvetta. Vuodenvaihteen tienoilla positiivisten koronalöydösten määrät lähtivät jyrkkään nousuun, varmasti osin omikronin myötä. Erityisesti positiivisten löydösten runsas määrä on edellyttänyt muutoksia näytekäsittelyssä ja pakottanut luopumaan monista aiemmin käytössä olleista toimintatavoista esimerkiksi näytteiden säilytyksen suhteen. Fokus onkin nyt vahvasti siinä, että kaikki näytteet saadaan tutkittua.
Covid-näytteiden kohdalla ei voida puhua myöskään pelkästään analytiikasta, vaan on huomioitava koko ketju näytteenotosta tuloksiin asti. Se sitouttaa paljon henkilöstöä. Haasteet kohdataan tyypillisesti ensin näytteenotossa, ja näytteiden hyökyaalto tulee pienellä viiveellä analytiikkaan.
– Käytännössä pyrimme lisäämään henkilöstömäärää analytiikkaan sitä mukaan, kun näytemäärät kasvavat. Se ei kuitenkaan aina ole ihan yksinkertaista ja sen myötä myös muun diagnostiikan tekotiheyttä joudutaan mahdollisesti vähentämään, sanoo Seiskari.
Toistaiseksi vain pieni osa suomalaisista on sairastanut taudin. Nyt kiihtynyt vauhti ennustaa, että pikkuhiljaa yhä useampi kohtaa viruksen.
– Toivottavasti mahdollisimman monella ensikontakti virukseen tapahtuu rokotuksen kautta, Seiskari päättää.
Tampere: Uusi koronanäytteenottopiste Nekalaan
Fimlab avaa Tampereelle uuden koronanäytteenottopisteen maanantaina 30.8.2021. Näytteenotto sijaitsee Nekalassa osoitteessa Viinikankatu 44 G ja se on avoinna päivittäin klo 8–20. Koronanäytteenotto Hatanpään ja TAYSin näytteenottopisteissä päättyy sunnuntaina 29.8.2021.
Nekalan koronanäytteenottopisteessä on kolme ilmoittautumishuonetta ja seitsemän näytteenottohuonetta. Joustavan palvelukonseptin avulla näytteenottopisteessä on mahdollista palvella 500–600 asiakasta päivässä. Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen. Saavuthan näytteenottoon vasta omalla ajanvarausajallasi.
Katso tästä saapumisohjeet Nekalan koronanäytteenottoon 30.8.2021 alkaen
Arrival to Nekala coronavirus sampling August 30 2021 onwards
Drive-in-koronanäytteenottopiste muuttaa syyskuussa Hakametsään
Toinen muutos Fimlabin Tampereen koronanäytteenottopisteisiin on luvassa syyskuussa, kun Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksella toimiva suurtehon drive-in-koronanäytteenottopiste muuttaa Hakametsään. Hakametsän jäähallin parkkipaikalle pystytettävä drive-in-koronanäytteenottopiste palvelee asiakkaita lauantaista 11.9.2021 alkaen. Messukeskuksen näytteenottopiste suljetaan perjantaina 10.9.2021 klo 16.
Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen. Saavuthan näytteenottoon vasta sinulle varatulla ajalla.
Tampereen koronanäytteenottopisteet auki myös juhannuksena
Juhannuksena pe–su 25.–27.6. koronanäytteenottopisteet palvelevat seuraavasti:
- Tampereen Messukeskuksen koronanäytteenotto klo 10–18.
- Tays koronanäytteenotto klo 10–18.
- Hatanpään koronanäytteenotto klo 9–17.
Koronanäytteenoton kesäaukioloajat
Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen.
Tampereen koronanäytteenottopisteet auki läpi kesän
Fimlabin koronanäytteenottopisteet palvelevat 31.5. alkaen seuraavin aukioloajoin:
Tampereen Messukeskus koronanäytteenotto
Arkisin klo 8–20 ja viikonloppuisin klo 10–18.
Tays koronanäytteenotto
Arkisin klo 8–16 ja viikonloppuisin klo 10–18.
Hatanpään koronanäytteenotto (ainoastaan Tampereen kaupungin Omaolo-asiakkaille)
Arkisin klo 8–16 ja viikonloppuisin klo 9–17.
Koronanäytteenotto auki myös juhannuksena
Juhannuksena pe–su 25.–27.6. koronanäytteenottopisteet palvelevat seuraavasti:
- Tampereen Messukeskus koronanäytteenotto klo 10–18.
- Tays koronanäytteenotto klo 10–18.
- Hatanpään koronanäytteenotto klo 9–17.
Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen.
Koronavirusmuunnosten sekvensointi aloitettu Fimlabissa
Fimlabin Tampereen keskuslaboratoriossa on käynnistetty koronavirusmuunnosten tunnistaminen sekvensoinnilla. Sekvensointia käytetään virusvarianttien seurantaan nopeasti kehittyvässä pandemiassa. Mutaatioita seuraamalla voidaan tarkimmillaan selvittää yksittäisten tartuntaketjujen kulkua.
Sekvensointi on pystytetty tiiviissä yhteistyössä mikrobiologian ja genetiikan erikoisalojen sekä Tampereen yliopiston kanssa. Genetiikan laboratoriolla vakiintuneessa käytössä olleet menetelmät ja kokemus sekvensoinnista osana muun muassa syöpädiagnostiikkaa ovat edesauttaneet menetelmän käyttöönottoa myös virusvarianttien tunnistamiseen.
Sekvensoinnin tavoite on epidemiologinen seuranta
Koronaviruksen osoitus potilasnäytteistä perustuu PCR-testaukseen, jossa tutkitaan yhtä tai muutamaa ennalta määritettyä sekvenssipätkää kerrallaan. Tämän vuoksi menetelmä sopii hyvin viruksen osoittamiseen suurista näytemääristä.
Sekvensoinnin merkitys osana koronadiagnostiikkaa heräsi tarpeesta seurata maailmalla leviämään lähteneiden virusvarianttien kulkua. Nyt on selvää, että variantit leviävät vauhdilla, ja brittivariantista on tulossa uusi valtavirus myös Suomessa.
– Elämme murrosvaihetta sen suhteen, millainen testausstrategia virusvarianttien sekvensointiin tullaan linjaamaan. Resurssien turvaamisen näkökulmasta on tärkeää, ettei lähdetä ylimitoitettuun sekvensointiin. Tarvitsemme systemaattista sekvensointia tietääksemme, minkälaisia viruskantoja Suomessa on liikkeellä. Näin voimme varmistaa myös PCR-diagnostiikan toimivuuden, toteaa mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari.
– Vallitsevassa tilanteessa on tarkoituksenmukaista pysytellä nimenomaan epidemiologisen tilannekuvan rakentamisen tasolla, koska tällä on merkitystä arvioitaessa esimerkiksi rokotteiden tehoa kiertäviin viruskantoihin, lisää mikrobiologian erikoislääkäri Minna Paloniemi.
Sekvensointimenetelmiin kohdistuvat vaatimukset kasvavat, kun genomia määritetään tarkemmin, eikä vain seurata tiettyjen, yksittäisten varianttien leviämistä.
– Yhden sekvenssinäyte-erän kattava analysointi koko virusgenomin osalta on vaativaa ja kestää kaikkine vaiheineen useamman päivän. Siksi sekvensointi ei varsinaisesti palvele taudin diagnostiikkaa, vaan enemmänkin juuri epidemian seurantaa, sanoo genetiikan erikoisalajohtaja Mauri Keinänen.
Koronadiagnostiikassa siirrytään seuraavalle tasolle
Fimlabin Tampereen keskuslaboratorioon pystytetään parhaillaan uutta sekvensointijärjestelmää, jolla voidaan skannata virusten perimää. Tähän asti positiiviset koronanäytteet on tarvittaessa lähetetty Helsinkiin THL:n tekemää muunnosten sekvenssianalyysia varten.
Mikrobiologian molekyylilaboratorion menetelmistä vastaava sairaalamikrobiologi Bruno Luukinen on ollut pandemian alusta asti käynnistämässä koronadiagnostiikkaa Fimlabilla.
– Sain erikoistumisopinnot valmiiksi juuri sopivasti helmikuussa 2020, kun virus alkoi toden teolla levitä maaliskuussa. Hyppäsin liikkuvaan junaan, kun aloitimme koronadiagnostiikan pystyttämisen. Muutosten vauhti ei ole sen koommin laantunut, ja nyt olemme taas uuden, mielenkiintoisen vaiheen edessä, Luukinen kuvailee.
Molekyylilaboratorion lääketieteellisestä puolesta vastaa kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri Minna Paloniemi, joka liittyi mukaan tiimiin syksyllä palattuaan post-doc-tutkimustyöstä Cambridgesta, Englannista.
Sekvensointi avaa perimän
Vuoden aikana tutkimusmäärät Fimlabin laboratoriossa ovat nousseet räjähdysmäisesti.
– Pandemian alkumetreillä pohdimme tosissamme, voisimmeko nostaa päivittäisiä näytteenottomääriä lähemmäs 40:tä. Tällä hetkellä teemme parhaimmillaan noin 4 000 PCR-testiä päivässä, mikä vastaa yhden keskimääräisen influenssakauden koko näytemäärää, Luukinen havainnollistaa.
PCR-testissä tutkitaan vain yhtä tai muutamaa ennalta määritettyä sekvenssipätkää kerrallaan, minkä vuoksi menetelmä sopii hyvin viruksen tunnistamiseen, mutta huonosti mutaatioiden seurantaan alati kehittyvässä pandemiassa. Sekvensointimenetelmien avulla taas voidaan analysoida viruksen koko perimää jopa yksittäisen nukleotidin tasolla. Mutaatioita seuraamalla voidaan tarkimmillaan selvittää yksittäisten tartuntaketjujen kulkua.
Sekvensoinnin käyttöönotto aloitetaan Tampereella helmikuun aikana koronavarianttien määrittämisellä. Osaamisen kartuttua on tarkoitus jatkaa nopeasti uuden sukupolven kokogenomisekvensointimenetelmiin.
– Pandemiatilanteessa on toki tarkoituksenmukaisempaa pysytellä epidemiologisen tilannekuvan rakentamisen tasolla, sillä yhden sekvenssinäyte-erän analysointi on hidasta ja vie kaikkine vaiheineen useamman päivän, toteaa Paloniemi.
Yhteistyöllä virusta vastaan
Sekvenssitestauksessa kertyy valtavat määrät tietoa. Testauksen myötä rakennetaan sekä kansallista että kansainvälistä tietokantaa, joiden avulla pystytään luokittelemaan ja ryhmittelemään löydökset. Uusien mutaatioiden kautta syntyvien koronavarianttien liikkeitä voidaan siten paremmin seurata ja tarvittaessa kohdentaa epidemian hallintaan liittyviä toimia ajoissa. Siitä, miten ja missä määrin laajaa datapohjaa aiotaan jatkossa hyödyntää, päättää THL, joka vastaa kansallisen testausstrategian luomisesta.
Pandemian myötä yhteistyö erikoisalojen laboratorioiden välillä on tiivistynyt. Esimerkiksi osa genetiikan käytössä olleista sekvensointilaitteista alkaa palvella jatkossa myös koronadiagnostiikkaa. Myös genetiikan osaaminen ja kokemus sekvensoinnista on äärimmäisen tärkeä osa yhteistyötä. Paloniemen mukaan kaikki mahdollinen osaaminen on syytä hyödyntää kilpajuoksussa virusta vastaan.
– Sekvensointiprojektissa teemme yhteistyötä genetiikan laboratoriomme lisäksi myös THL:n ja Tampereen yliopiston kanssa. Yhdistämällä voimamme pystymme vastaamaan mahdollisimman nopeasti uusiin koronadiagnostiikkaan liittyviin haasteisiin ja siten omalta osaltamme vaikuttamaan epidemian hyvään hallintaan.
Fimlab on varautunut näytemäärien kasvuun
Koronatilanne on jälleen valtakunnallisesti kiihtynyt. Kasvavat pyyntömäärät heijastuvat myös vasteaikoihin koronanäytteenotosta tulokseen. Tällä hetkellä Fimlabissa tutkitaan keskimäärin lähes 3000 näytettä päivässä. Määrät ovat kasvussa ja päivittäinen vaihtelu on suurta: arkipäivisin pyyntöjä saatetaan tehdä nelinkertaisesti viikonloppuun nähden.
Fimlabin toiminta-alueista Keski-Suomi, Kanta-Häme ja osa Päijät-Hämeestä ovat koronatilanteen leviämisvaiheessa ja Pirkanmaa sekä Pohjanmaa kiihtymisvaiheessa. Seuraamme tilanteen kehittymistä tarkasti ja olemme varautuneet näytemäärien kasvuun.
– Tehostamme jatkuvasti toimintaamme niin, että pystymme käsittelemään suurempia näytemääriä. Parhaillaan olemme automatisoimassa pitkälti käsityönä tehtävää näytteiden esikäsittelyä. Hyödyntämällä automaatiota entistä laajemmin analyysia voidaan nopeuttaa, mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari sanoo.
Tuotantovarmuuden takaamiseksi Fimlab hyödyntää tarvittaessa myös tutkimusten alihankintaa yhteistyölaboratorioista.
Viruksen osoitustutkimusten rinnalla Fimlab kehittää parhaillaan yhdessä Tampereen yliopiston kanssa menetelmiä vauhdilla leviävien varianttivirusten tunnistamiseksi. Pyrkimyksenä on päästä aloittamaan sekvensointitutkimukset Fimlabissa jo helmikuussa.
Messukeskuksen koronanäytteenotto muuttaa E-halliin jo aatonaattona
Fimlabin suuren tehon drive in -koronanäytteenotto Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksessa muuttaa A-hallista E-halliin keskiviikkona 23. joulukuuta. Muuton myötä A-halli palautuu alkuperäiseen tarkoitukseensa liikuntahalliksi urheilijoiden käyttöön. Näytteenoton kapasiteettiin muutolla ei ole vaikutusta.
Aiemmin Tampereen kaupungin kanssa neuvotellusta jatkoajasta huolimatta Fimlabin koronanäytteenoton muuttoaikataulua Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksessa on päätetty aikaistaa.
– Ymmärrämme hyvin liikuntatoimen tarpeen tilankäytölle ja olemme myös arvioineet näytteenoton kuormitusta joulun ja uudenvuoden aikaan. Tulimme siihen tulokseen, että ennen joulua on paras ajankohta muutolle, kertoo Fimlabin Pirkanmaan aluejohtaja, ylilääkäri Anna-Maija Haapala.
Muutto ei aiheuta katkosta näytteenottotoimintaan
Näytteenottotoiminta Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksen A-hallissa päättyy tiistaina 22.12. kello 19. Toiminta E-hallissa alkaa heti seuraavana aamuna kello 7.30.
– Sisäänajo E-halliin tapahtuu hallin pohjoispuolelta. Käytännössä se tarkoittaa, että näytteenottoon tultaessa on ajettava lenkki hallin toiselle puolelle. Vastaavasti ulosajo tapahtuu hallin eteläpuolelta. Uusi reitti vaatii autoilijoilta huolellisuutta liikenneturvallisuuden takaamiseksi, Haapala toteaa.
Uudet saapumisohjeet päivittyvät Fimlabin verkkosivuille ennen muuttoa. Näytteenoton kapasiteetti säilyy ennallaan. Enimmillään suuren tehon drive in -näytteenotossa on otettu lähes 1300 näytettä päivässä.
Koronanäytteenotto palvelee myös joulunpyhinä
Fimlabin koronanäytteenotto Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksen E-hallissa sekä Hatanpäällä ja Taysissa palvelevat myös joulunpyhien ajan. Toimipisteet ovat pyhinä auki seuraavasti: 24.12. klo 8–16, 25.–27.12. klo 10–18 ja 1.–3.1.2021 klo 10–18. Uudenvuoden aattona 31.12. messukeskus palvelee klo 7.30–19.30 ja Tays klo 7.15–19.30.
Arkena ja viikonloppuisin toimipisteet palvelevat pääsääntöisesti seuraavasti: Messukeskus ma–su klo 7.30–19.30, Hatanpää ma–pe klo 8–19.30, la–su klo 9–17 ja Tays ma–su klo 7.15–19.30. Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen.
Laiterikko on saatu korjattua – koronatestien vasteajat normalisoituvat
Viime viikkoina Fimlabin koronatestausta haastanut laiterikko osassa tutkimuslinjastoa on saatu korjattua. Tutkimuskapasiteetin palautuminen ennalleen vähentää tarvetta alihankinnalle ja lyhentää tutkimustulosten vasteaikoja.
– Pari viime viikkoa ovat olleet ennätyksellisen tiiviitä. Valtakunnallisesti kiihtynyt koronatilanne yhdistettynä laiterikkoon aiheutti jonkin verran vasteaikojen venymistä. Tilanteen pitäisi nyt huomattavasti helpottaa, kertoo mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari.
Tutkimuslinjastoa jo kesällä täydentämään tilatun laitteen asennus on myös parhaillaan käynnissä. Laitelisäyksen myötä tuotantovarmuus kasvaa entisestään.
– Kuluva viikko on tutkimuspyyntöjen valossa hieman kahta edeltävää viikkoa rauhallisempi. Tulevista päivistä ja viikoista ei toki voi vielä tietää, Seiskari toteaa.
Tuotantovarmuuden takaamiseksi Fimlab hyödyntää jatkossakin tarvittaessa tutkimusten alihankintaa yhteistyölaboratorioista. Olemassa olevien alihankintakanavien ohelle rakennetaan parhaillaan logistisia ja tietoyhteyksiä myös HUSin tutkimuskapasiteetin hyödyntämiseksi.
Laboratoriopalveluille laajaa kysyntää
Tavanomainen laboratoriopalveluiden kysyntä jatkuu kiivaana koronanäytteenoton ja -tutkimusten ohella.
– Edelliset pari viikkoa ovat olleet hyvin haastavia. Koronaepidemia on heijastunut myös peruspalvelutuotantoomme, koska sairastumiset ja karanteenitoimet ovat koskettaneet myös laboratoriohenkilöstöä. Koronatutkimusten vastausviiveet ovat aiheuttaneet paljon kysymyksiä ja palautetta asiakkailtamme, kertoo palvelujohtaja Anu Mustila.
Fimlabin toiminta-alueista Päijät-Häme ja Kanta-Häme ovat koronatilanteen osalta leviämisvaiheessa ja Pirkanmaa, Keski-Suomi ja Pohjanmaa kiihtymisvaiheessa. Tutkimuspyyntöjen määrä on hieman tasoittunut kuluneen viikon aikana. Koronanäytteenottoon pääsee nopeasti ja tulosten vasteaikoja saadaan nyt nopeutettua. Fimlabissa tutkitaan nyt keskimäärin yli 3000 koronanäytettä päivässä. Kiivaimpina päivinä tutkimusmäärät ovat olleet 4000 näytteen luokkaa.
Suomessa todetaan tällä hetkellä 400–500 positiivista koronatulosta päivittäin. Positiivisten tulosten osuus on kasvanut myös ikääntyneen väestön keskuudessa. Tämä voi ennakoida terveydenhuollon tehohoitokapasiteetin kuormittumista tulevina viikkoina.
Tutkimuskapasiteetti vahvistunee ensi viikon aikana
Koronatilanne on kiihtynyt ympäri Suomea viime viikkojen aikana. Tämä näkyy myös näytteenottomäärissä. Fimlabin alueella tutkitaan tällä hetkellä noin 3200 covid-19-näytettä päivässä. Tutkimusmäärien ohella myös positiivisten tulosten osuus on kasvanut selvästi viimeisten kahden viikon aikana.
– Näytteitä tulee tällä hetkellä rajusti. Näytteiden suuren määrän ohella painetta aiheuttaa yhden keskeisen laitteen rikkoutuminen päätutkimuslinjastossamme. Varaosista ja tutkimustarvikkeista käydään globaalia kilpailua ja niiden saatavuudessa on viiveitä, kertoo mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari.
Haasteista huolimatta vasteajat ovat pysyneet kohtuullisina eikä näytteitä ole päässyt kasaantumaan. Rinnakkaisia laitteita on useita, ja laiterikon aiheuttamaa tutkimuskapasiteetin tilapäistä pienentymistä on paikattu lisäämällä alihankintayhteistyötä.
– Paitsi omaa tuotantoa myös alihankintakanavia kehitetään koko ajan. Yhteistyö muiden toimijoiden kanssa on ensiarvoisen tärkeää riskien hallinnan kannalta, Seiskari toteaa.
Tutkimuskapasiteetti saamassa vahvistusta
Laiterikon korjaamiseksi tarvittava varaosa saataneen ensi viikon aikana. Tämän lisäksi tutkimuskapasiteettiin on Seiskarin mukaan tulossa lisävahvistusta, kun jo keväällä tilattu laitevahvistus saadaan käyttöön lähiviikkoina.
– Tutkimusjärjestelmäämme täydentävän laitteen asennus alkaa näillä näkymin ensi viikon aikana. Laite kootaan paikan päällä ja asennustyö vie useammalta henkilöltä pari viikkoa, eli puhutaan varsin suuresta laitteesta. Uuden laitteen myötä myös tarviketoimituksiin on odotettavissa helpotusta.
Ennätysmäärä näytteitä päivässä
Joulukuun ensimmäisenä päivänä pelkästään Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksen drive-in-näytteenottopisteessä otettiin yli 1000 näytettä.
– Messu- ja Urheilukeskuksen suurtehon drive-in-näytteenottopisteessä koronanäytteitä otetaan aamusta iltaan kahdeksalla ajolinjalla. Ruuhkasta huolimatta ajan koronanäytteenottoon saa viimeistään seuraavalle päivälle, kertoo Pirkanmaan aluejohtaja, ylilääkäri Anna-Maija Haapala.
Fimlab vastaa koronatutkimuksista viiden sairaanhoitopiirin alueella Suomessa: Pirkanmaalla, Kanta-Hämeessä, Keski-Suomessa, Päijät-Hämeessä ja Pohjanmaalla. Kaikki toimialueet ovat tällä hetkellä koronaepidemian kiihtymis- tai leviämisvaiheessa. Ruuhkaisuudesta huolimatta vasteajat ovat pysyneet kohtuullisina ja tilanne vakaana.
Käytäthän kasvomaskia tullessasi näytteenottoon ja asioidessasi laboratorioissamme.
Miehet saivat positiivisen koronatuloksen naisia todennäköisemmin
Fimlabin toiminta-alueella koettiin lokakuussa koronatilanteen nopea kiihtymisvaihe. Tilastot osoittavat, että testiin hakeutumisessa ja positiivisten tulosten ilmaantuvuudessa on sukupuolisidonnaisia eroja. Asiantuntijat muistuttavat, että myös lieväoireisten on syytä hakeutua testattaviksi ja välttää sosiaalisia kontakteja.
Fimlabin toiminta-alueella todettiin syyskuun lopussa vain noin 10–12 positiivista covid-19-tutkimustulosta päivässä. Lokakuun alussa viiden päivän aikana positiivisten tulosten määrä moninkertaistui lähes 90:een päivässä. Yli 60 positiivisen tutkimustuloksen päivävauhti jatkui kaksi viikkoa. Neljässä viikossa tilanne saatiin hallintaan ja saavutettiin syyskuun lopun ilmaantuvuustilanne.
Voidaan siis sanoa, että infektion leviäminen tapahtui muutamassa päivässä, sammuttaminen kesti ainakin kaksi viikkoa ja jälkisammutustoimet vaativat jopa neljä viikkoa.
– Parin viikon ajan olimme samalla ilmaantuvuustasolla kuin ennen ilmaantuvuuden äkillistä nousua, kunnes aivan viime päivinä ilmaantuvuus kääntyi taas huolestuttavasti uuteen nousuun. Emme siis voi tuudittautua siihen, että korona on selätetty, vaan on ymmärrettävä, että tilanne voi riistäytyä käsistä muutamissa päivissä, sanoo mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari.

Naiset kävivät testattavana miehiä aktiivisemmin
Heinäkuulta alkavan seurannan mukaan naiset hakeutuvat testattaviksi miehiä aktiivisemmin. Sen sijaan positiivinen tutkimustulos on todennäköisempi miehillä. Tutkimuksessa käyneistä kaikkiaan 42 prosenttia oli miehiä ja silti positiivisista tuloksista yli puolet todettiin heillä.
Kaikkein aktiivisimmin testattiin työikäisiä naisia. Heidän osuutensa testatuista oli enimmillään lähes viidenneksen suurempi kuin vastaavan ikäisten miesten.
– Tämä selittynee terveydenhuollon ja opetustoimen henkilöstön runsaalla testaamisella. Runsas testaaminen ei kuitenkaan tuonut esille vastaavassa määrin positiivisia tuloksia, toteaa palvelujohtaja Anu Mustila.

Se, että myös iäkkäämmät, yli 60-vuotiaat miehet hakeutuivat testattaviksi harvemmin kuin saman ikäiset naiset, jää vaille selitystä. Paitsi näissä ikäryhmissä myös nuorilla 21–30-vuotiailla miehillä positiivinen tutkimustulos oli kaikkein todennäköisin.
Testiin matalalla kynnyksellä
Sitä, hakeudutaanko covid-19-tutkimuksiin samanlaisella kynnyksellä iästä ja sukupuolesta riippumatta, on Mustilan mukaan syytä pohtia laajemmin.
– Miesten hakeutuminen testeihin on ollut iästä riippumatta naisia vähäisempää. Mikäli tutkimuksiin ei hakeuduta lieväoireisina tai vältetä kontaktia toisten ihmisten kanssa, voi covid-19-ilmaantuvuus nousta aivan yhtä nopeasti kuin lokakuun alussa tapahtui.

Koronaviruksen testauskapasiteetti kasvaa jatkuvasti
Elokuun lopulla annettu valtakunnallinen koronatestausstrategia nostaa testauksen määrää koskevan tavoitteen 20 000 näytteeseen vuorokaudessa. Tavoitteena on, että testeihin pääsee vuorokaudessa ja että testitulos on käytettävissä vuorokauden kuluessa näytteenotosta. Fimlabin tavoitteena on saavuttaa tarvittava testauskapasiteetti syys–lokakuun aikana.
Suurin osa Kanta-Hämeen, Keski-Suomen, Pirkanmaan ja Vaasan sairaanhoitopiirien sekä Päijät-Hämeen hyvinvointikuntayhtymän alueiden koronanäytteistä analysoidaan Fimlabin keskuslaboratoriossa Tampereella. Näytemäärä on kasvanut elokuussa nopeasti yli 2 000 näytteeseen vuorokaudessa.
– Elokuun aikana näytemäärän kasvu on ollut eksponentiaalista, minkä johdosta vastausviive on ajoittain ollut yli neljä vuorokautta. Eri puolilla tapahtunut testausjonojen purkaminen on tuottanut niin suuria näyte-eriä, että niistä on muodostunut ruuhkia. PCR-testaus suuren kapasiteetin laitteilla kestää jopa yhdeksän tuntia, eikä koneaikaa ole mahdollista lyhentää. Lisäksi tähän on laskettava päälle aikaa vievä näytekäsittely, toteaa mikrobiologian erikoisalajohtaja Tapio Seiskari.
Haasteita testauskapasiteetin nostamiselle on aiheuttanut myös testauksessa tarvittavien reagensseihin ja kulutustarvikkeisiin kohdistuva massiivinen globaali kysyntä.
– Tarvikkeita allokoidaan nyt globaalisti maiden todellisen tarpeen mukaan. Suomen tilanteen ollessa vielä rauhallinen, emme ole ensimmäisten joukossa toimituslistalla, Seiskari sanoo.
Uudet laitehankinnat kaksinkertaistavat testauskapasiteetin
Fimlab pyrkii nostamaan koronatestauskapasiteettiaan syksyn aikana, ja onkin jo keväällä tilannetta ennakoiden tehnyt kaksi uutta laitehankintaa analytiikkalinjastoansa täydentämään. Nämä laitteet mahdollistavat kapasiteetin kaksinkertaistamisen.
– Nämä syksyllä saapuvat täydentävät laitetoimitukset lisäävät toimintavarmuutta ja nopeuttavat tulosten saamista. Tavoitteena on vastauksen tuottaminen 1–2 vuorokaudessa, kertoo Seiskari.
Kasvavat näytemäärät edellyttävät myös työvuorojen ja henkilöstön lisäämistä ja perehdyttämistä. Fimlabiin onkin syksyn mittaan tulossa lisälaitteiston lisäksi lisää henkilökuntaa, joka osaltaan auttaa tavoitteen saavuttamisessa.
Lue: Fimlab selätti koronatestauksen viiveet
Uusia toimintamalleja koronanäytteenottoon
Testauskapasiteetin kasvattaminen ei yksin riitä vastaamaan haasteeseen, sillä ongelmaksi on monilla alueilla muodostunut näytteenottoruuhkat. Fimlab ottaa vain osan toiminta-alueensa näytteistä. Pirkanmaalla tämä on noin puolet kaikista julkisen puolen koronanäytteenotoista. Muilla alueilla pääosin hoitoyksiköt ottavat näytteet itse.
Pirkanmaalla toimivat drive-in-näytteenottopisteet ovat osoittautuneet erittäin tehokkaiksi ja nopeiksi toimintamalleiksi. Niiden avulla on jo nyt saatu purettua ruuhkia, ja testiin pääsee päivässä.
– Elokuun lopussa avatussa Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksen drive-in-testauspisteessä pystytään ottamaan tällä hetkellä noin tuhat testiä päivässä. Määrää on mahdollista kasvattaa, kun näytteenottolinjoja avataan lisää, kertoo Fimlabin Pirkanmaan aluejohtaja ja ylilääkäri Anna-Maija Haapala.
Messu- ja Urheilukeskuksen drive-in-näytteenottopisteen ohella koronanäytteenottoa on Pirkanmaalla TAYSin alueella ja Hatanpään sairaalassa. Näihin näytteenottopisteisiin tulisi ohjata erityisesti autotta kulkevat asiakkaat.
– Koronanäytteenotto toimii ajanvarauksella. Näytteenottoon tulo vaatii aina hoitoyksikön tekemän arvion ja lähetteen, Haapala muistuttaa.
Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksen testauspiste on avoinna seitsemänä päivänä viikossa. Lue lisää täältä.
Kohdunkaulan syövän seulonta: kutsu voimassa vuoden 2020 loppuun
Olemme käynnistäneet kohdunkaulan syövän seulontakutsujen lähettämisen kaikille seulonnan piiriin tänä vuonna kuuluville asiakkaillemme.
HUOM. Koronatilanteesta johtuen asiakkaidemme on hyvä varautua viiveisiin tutkimustulosten saamisessa.
Huomaathan, että kutsu on voimassa vuoden 2020 loppuun asti eli voit varata ajan gynekologiseen näytteenottoon sinulle parhaiten sopivana ajankohtana.
Tutkimus ei ole kiireellinen, mutta pidämme seulontoihin osallistumista äärimmäisen tärkeänä, jotta syövän esiasteisiin viittaavat solumuutokset havaitaan ajoissa.
Varaa aika gynekologiseen näytteenottoon
Aikaa varatessa on hyvä huomata, että olemme epidemian takia joutuneet sopeuttamaan toimintaamme ja osa toimipisteistämme palvelee supistetuin aikatauluin ja osa on suljettu. Jos et saa aikaa lähimpään laboratorioon, niin voit varata ajan mihin tahansa alueellasi toimivaan, gynekologisia näytteitä ottavaan laboratorioon. Ajanvarausjärjestelmämme tarjoaa automaattisesti seuraavat vapaana olevat ajat.
Mene osoitteeseen: www.fimlab.fi/ajanvaraus
- Valitse alue
- Valitse palvelu: gynekologiset näytteet
- Valitse toimipiste
- Hae vapaat ajat
Lue lisää: kohdunkaulan syövän seulonta
Koronavirusepidemian vaikutukset seulontoihin
Olemme käynnistäneet kohdunkaulan syövän seulontakutsujen lähettämisen kaikille seulonnan piiriin tänä vuonna kuuluville asiakkaillemme.
Epidemian vuoksi Fimlab on väliaikaisesti tauottanut kutsujen lähettämisen kohdunkaulan syövän seulontakokeisiin (ns. joukkopapa). Kutsujen lähettäminen jatkuu tällä tietoa toukokuun puolivälissä. Fimlab pyrkii tekemään kaikki vuoden 2020 seulonnat aikataulun mukaisesti vuoden loppuun mennessä. Jokainen vuoden 2020 seulontaan kuuluva saa seulontakutsun viimeistään marraskuun puoliväliin mennessä.
Huomaathan, että kutsu on voimassa vuoden 2020 loppuun asti. Eli jos et nyt poikkeustilanteessa halua osallistua seulontakokeeseen, voit varata ajan näytteenottoon sitten kun tilanne on helpottanut.
Aikaa varatessa on hyvä huomata, että olemme epidemian takia joutuneet sopeuttamaan toimintaamme ja osa toimipisteistämme palvelee supistetuin aikatauluin ja osa on suljettu. Jos et saa aikaa lähimpään laboratorioon, niin voit varata ajan mihin tahansa alueellasi toimivaan, gynekologisia näytteitä ottavaan laboratorioon. Ajanvarausjärjestelmämme tarjoaa automaattisesti seuraavat vapaana olevat ajat.
Mene osoitteeseen: www.fimlab.fi/ajanvaraus
- Valitse alue
- Valitse palvelu: gynekologiset näytteet
- Valitse toimipiste
- Hae vapaat ajat
Lue lisää: kohdunkaulan syövän seulonta
Fimlab lisää merkittävästi koronaviruksen testauksen kotimaista kapasiteettia
Fimlab on tehnyt ison laitehankinnan, joka nostaa koronaviruksen testauskapasiteetin monikertaiseksi. Kahdella Rochen Cobas 8800 -laboratoriojärjestelmällä on mahdollista tutkia suuri osa koko Suomen testaustarpeesta, sillä laboratoriojärjestelmä mahdollistaa jopa 8000 näytteen tutkimisen vuorokauden aikana. Samalla testausta voidaan automatisoida ja tehostaa sekä nopeuttaa vastausten saamista.
Kotimainen testauskapasiteetti varmasti riittää, vaikka näytemäärät kasvavat. Valmistaudumme samalla lisäämään näytteenoton kapasiteettia.
Koronaviruksen testaukset ovat alkaneet Fimlabissa jo helmikuun lopulla ja testauskapasiteettia on lisätty sitä mukaa kuin näytemäärät ovat kasvaneet. Tällä hetkellä testataan noin 500-600 näytettä päivässä.
Rajoitustoimet ovat purreet hyvin, mutta rajoitusten asteittaisen purkamisen seurauksena ja syksyn flunssakauden käynnistyessä on odotettavissa, että oireisten potilaiden määrä kasvaa ja sen myötä testaustarve.

Fimlabin hankkimien Roche Cobas 8800 -laboratoriojärjestelmien testausprosessit ovat pitkälle automatisoituja. Uudet laitteet palvelevat laajasti virusdiagnostiikkaa. Automaation avulla saadaan tehostettua toimintaa ja nopeutettua vastausten saamista, kun samanaikaisesti voidaan testata suuria määriä näytteitä yhdellä laitteella. Suuren globaalin kysynnän vuoksi laitteita joudutaan odottamaan, mutta ne ovat tulossa Sveitsistä Suomeen ja testauskapasiteetti kasvaa jo toukokuun aikana.
Ennen tavoiteltuihin testausmääriin pääsemistä pitää kuitenkin myös näytteiden ottamista lisätä merkittävästi. Kun testauksen kriteerejä väljennetään, nousee testattavien määrä vähitellen. Meillä on tarvittava kapasiteetti käytössä silloin, kun sitä tarvitaan.