Johdanto

Tutkimus käsittää kuntaliiton nimikkeiden mukaiset kvantitatiiviset fuusiogeenitutkimukset:
B -CBFB/MYH11 -geenien fuusio-RNA inv(16) verestä (kvant) ja
Bm-CBFB/MYH11 -geenien fuusio-RNA inv(16) luuytimestä (kvant)

CBFB-MYH11 -fuusiogeeni syntyy useimmiten kromosomin 16 perisentrisessä inversiossa, inv(16)(p13.1;q22). Se havaitaan n. 8-9 %:lla uusia AML-potilaita. Geenifuusio voi joskus harvoin syntyä myös translokaation t(16;16)(p13.1;q22) seurauksena. MYH11 (myosin heavy chain 11) -geeni koodaa sileän lihaksen myosiinin raskasketjua. CBFB (core-binding factor subunit beta) -geeni koodaa core-binding -faktorin beta-alayksikköä, joka yhdessä alfa-alayksikön kanssa muodostaa heterodimeerisen transkriptiofaktorin (CBF). Sen tiedetään voimistavan useiden muiden geenien transkriptiota. CBFB-MYH11 -fuusiogeeni on patogeeninen ja sen uskotaan core-binding -faktorin välityksellä aiheuttavan muutoksia transkription säätelyssä.

CBFB-MYH11 -fuusiogeenistä tunnetaan tällä hetkellä 10 eri transkriptia. Näistä kolme on muita yleisempiä: tyyppi A muodostaa yli 85 % tapauksista, tyyppi D ja tyyppi E kumpikin n. 5 % tapauksista. Tässä tutkimuksessa voidaan käytetystä alukeparista riippuen tunnistaa mikä tahansa näistä kolmesta yleisimmästä transkriptista. CBFB-MYH11 -fuusiogeenin löytyminen liittyy yleensä hyvään ennusteeseen. Kuitenkin esim. mutaatiot KIT-geenissä (n. 30-40 %:lla) tai FLT3-geenissä (n. 14 %:lla) lisäävät relapsiriskiä. Mikäli potilaalla on diagnoosivaiheessa todettu tyypin A, D tai E fuusiotranskripti, tätä tutkimusta voidaan käyttää jäännöstaudin määrityksessä.  

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaan. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa.

Tiedustelut

Kliinisen genetiikan laboratorio puh. 03-311 75328
Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768

Indikaatiot

Jäännöstautianalytiikka, kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä CBFB-MYH11 -fuusiogeenin lähetti A, D tai E.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen joko 9641 (veri) tai 9642 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Näyte

Tutkimukseen suositellaan luuydinnäytettä. Verinäyte tulee kysymykseen vain, jos ei saada edustavaa luuydinnäytettä.

Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.

Menetelmä

Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.

Tulos valmiina

Tulos on valmiina kahden viikon kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnosta ilmenee mahdollisen jäännöstaudin määrä suhteessa potilaan diagnoosivaiheen näytteeseen. Tulos normalisoidaan GUSB-kontrolligeenin suhteen. Negatiivisen tuloksen yhteydessä ilmoitetaan PCR-ajossa saavutettu herkkyys.

Virhelähteet

CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.