Tulosta

Tutkimus:
MOLEKYYLIKARYOTYYPITYS, SYNNYNNÄISET POIKKEAVUUDET, KUDOSNÄYTE

Luokitus:
Alihankittavat, Genetiikka

Päivitetty:
1.6.2023

Johdanto

Molekyylikaryotyypitys (MK), eli DNA-mikrosiruilla tapahtuva vertaileva genominen hybridisaatio (VGH, array-CGH, aCGH) on menetelmä, jolla voidaan selvittää genomin kopiolukumuutoksia (CNV) eli deleetioita ja duplikaatioita koko genomin alueella. Menetelmän erotuskyky on keskimäärin 50-200 kb, joten se on huomattavasti tarkempi kuin tavallinen kromosomitutkimus, jonka erotuskyky on noin 5-10 Mb (5,000 – 10,000 kb). Molekyylikaryotyypitys on selvästi tarkentanut kehityshäiriödiagnostiikkaa ja menetelmällä voidaan havaita sekä mikroskooppisia että submikroskooppisia kromosomimuutoksia, mukaan lukien kaikki tunnetut mikrodeleetio- ja mikroduplikaatio-oireyhtymät (esim. CATCH-22 -oireyhtymä). DNA-mikrosiruilla, joissa on CNV-oligojen lisäksi mukana SNP-oligoja, voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet sekä havaita mahdollinen uniparentaalidisomia (UPD) ja tarvittaessa selvittää havaitun muutoksen alkuperä. Toisin kuin tavallinen kromosomitutkimus, molekyylikaryotyypitys ei paljasta tasapainossa olevia rakenteellisia kromosomipoikkeavuuksia (translokaatio, inversio), eikä triploidiaa/tetraploidiaa. Menetelmällä ei ole mahdollista osoittaa myöskään geenimutaatioita, ja matala-asteiset mosaikismit (alle 10 %) voivat jäädä havaitsematta.

Tiedustelut

Sairaalageneetikot puh. 041-730 6149, 041-730 6151

Indikaatiot

Taustaltaan tuntemattoman kehitysviiveen, kehityshäiriön, rakennepoikkeavuuden tai geneettisen taudin/syndrooman selvittely.

Ennen molekyylikaryotyypityksen tekoa suositellaan poissulkemaan yleisimmät trisomiat Ts-TriNhO -tutkimuksella (atk-numero 92538).

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö. Tutkimus tilataan numerolla 9827, Ts-DNAmut. Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta. Pyyntöön/lähetteeseen kirjataan kliiniset esitiedot, kysymyksenasettelu ja haluttu tutkimus (molekyylikaryotyypitys). Lisäksi pyyntöön tulee merkitä kliinikon nimi ja puhelinnumero mahdollisten täydentävien tietojen pyytämistä varten.

Näyte

Tutkimus voidaan tehdä eri kudosnäytteistä, kuten esim. fibroblastit, kudospala tai istukkanäyte fetus mortus -tilanteessa.

Fibroblastit: Ihobiopsia preparoidaan steriilisti spriillä puhdistetulta iholta.

Faskianäyte: Maseroituneen sikiön tai kuolleen potilaan ihobiopsia otetaan raajasta ja preparoidaan samalla uloimpia lihaksia peittävää kalvoa. Ohutta kalvoa raaputetaan veitsen terällä 0,5 – 1 cm2 alalta.

Syntyneen lapsen istukka (fetus mortus): Preparoidaan noin 1 cm3 normaalin näköistä istukkakudosta läheltä napanuoran insertiokohtaa.

Näytteet siirretään steriiliin näyteastiaan, jossa on ravintonestettä (RPMI) tai fysiologista keittosuolaliuosta. Tarvittaessa näyteastioita voi tilata genetiikan laboratoriosta, puh. 03-311 75424.

Raskaudenaikaisille sikiönäytteiden tutkimuksille on omat tutkimusnumerot (9825 Am-DNAmut ja 9826 Cv-DNAmut).

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

TAYS:n alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon. TAYS:n ulkopuolelta tulevat näytteet pakataan huolellisesti ja toimitetaan laboratorioon huoneenlämpöisenä mahdollisimman nopeasti. Näyte ei saa kylmettyä matkalla. Poikkeustapauksissa näytettä sisältävää näyteastiaa voi säilyttää huoneenlämmössä 1-2 vrk ennen lähetystä, jos näytettä ei voida lähettää heti.

Menetelmä

Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 50mer oligosirua (HumanCytoSNP-12 v2.1, Illumina), joka sisältää yli 300 000 (300K) CNV- ja SNP-oligonukleotidikoetinta kattaen n. 10 kb välein ihmisen koko genomin. Tutkittava DNA hybridisoidaan oligosirulle, jonka jälkeen oligoihin sitoutuneiden, fluorokromeilla värjättyjen alleelien luku- ja kopiomäärän intensiteetit mitataan laserskannerilla. Tulokset analysoidaan GenomeStudio- ja KaryoStudio-analysointiohjelmilla (Illumina). Intensiteettiarvot antavat tietojenkäsittelyn jälkeen graafisen kuvan, jossa nähdään mahdolliset genomin kopioluvun muutokset. Menetelmän erotuskyky on n. 50 kb sytogeneettisesti tunnetuilla tärkeillä alueilla ja n. 200 kb koko genomin alueella. Kopiolukumuutosten lisäksi menetelmällä voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet, mahdollinen UPD ja suhteellisen alhainen mosaikismi.

Tulos valmiina

Noin kahden kuukauden kuluessa näytteen saapumisesta laboratorioon. Kiireellisistä näytteistä on sovittava erikseen ja niistä peritään lisämaksu.

Tulkinta

Tutkimuksessa havaittujen kopiolukumuutosten (CNV) tai uniparentaalidisomian tulkinnassa käytetään apuna eri tietokantoja, joiden avulla erotetaan normaalivariaatioon kuuluvat muutokset kliinisesti merkittävistä muutoksista. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan molekyylikaryotyyppi ja arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve.

Joskus tutkittavalla havaitun kopiolukumuutoksen tulkinta vaatii vanhempien näytteiden tutkimista. Myös UPD:n varmistamiseksi ja alkuperän selvittämiseksi tarvitaan näytteet molemmista vanhemmista SNP-genotyyppianalyysiä varten. Näissä tapauksissa kummankin vanhemman tutkimus tilataan erikseen nimikkeellä B -DNAmut (atk-numero 23371), ja atk-pyyntöön tai lähetteeseen tulee merkitä alkuperäisen vastauksen NordLab-näytenumero (KM-alkuinen), mikäli se on tiedossa. Vanhempien tutkimuksista lähtee oma lausunto ja laskutus.