Indikaatiot

Steriilin alueen kudosnäytteiden analysointi sieni- infektioepäilyssä, varsinkin sieniviljelyn jäädessä negatiiviseksi.

Suorituspaikka
HUSLAB

Tiedustelut
Laboratoriokeskus, puh. (044 719) 5040

Näyte
Steriilin alueen näyte, kuten kudospala (n. 3x3mm) tai aspiraatti (0,5 ml, vähint. 0,2 ml). Säilytys jääkaapissa.

Näyte toimitetaan kuivassa steriilissä putkessa ilman säilytysaineita ja mukana toimitetaan tyhjä näytteenottoastia mahdollisen näytteenottoastian sieni-DNA- kontaminaation poissulkemiseksi. Tyhjän näytteenottoastian tulee olla samanlainen astia kuin missä näyte kuljetetaan. Näyte otetaan mahdollisimman aseptisesti varoen iho- ja ympäristökontaminaatiota, koska ympäristössämme on runsaasti sieni-itiöitä, jotka voivat antaa tutkimuksessa väärän positiivisen tuloksen. Näyteastiaan EI saa lisätä kostutusta eikä mitään muuta kuin itse näytteen. Nukleiinihapon osoitusta PCR-tekniikalla ei voida kontaminaatioriskin vuoksi tehdä, jos laboratorioon saapuneessa näyteastiassa on jotain muuta kuin näytettä.

Menetelmä
Nukleiinihapon osoitus PCR-tekniikalla sekä löydöksen tunnistaminen sekvensoimalla.
13.11.2017 alkaen -SienNhO (21087) tutkimus ei enää sisällä sieniviljelyä Pu-SienVi (3508).

Tekotiheys / kesto
Tulokset valmiina 3-5 työpäivän kuluessa

Huomautus
Lähetteeseen on merkittävä näytteen laatu tarkasti sekä lähetetietoihin tarkka kuvaus potilaan kliinisestä tilasta, sienilääkityksestä ja mahdollisista viitteistä sieni- infektioon.

Menetelmällä tunnistuvat hiivasienet hyvin lajitasolle, rihmasienistä Aspergillus-lajit ryhmätasolle sekä muut opportunistisesti patogeeniset sienet esim. Fusarium- ja Scedosporium-lajit vähintään sukutasolle.

Tulkinta
Mahdollisen patogeenin DNA:n löytymistä on pidettävä merkityksellisenä. Useimmat sienet ovat kuitenkin opportunistipatogeeneja, jolloin kliinikon oma arvio potilaskohtaisesti mahdollisesta merkityksestä on ensiarvoinen. Menetelmä on herkkä ja sillä todetaan myös iholta tai näytteenotossa ympäristöstä tulleet kontaminantit. Mikäli löydös on selvä kontaminantti, se mainitaan vastauksessa. Löydösten identifiointi ei onnistu useampaa sienilajia sisältävästä näytteestä.