Tulosta

Tutkimus:
DPYD-geenin varianttien tutkimus verestä
näytä tutkimukset

Luokitus:
Genetiikka

Käyttöönottopäivä:
7.3.2022

14379 • B -DPYD-D

14379 • B -DPYD-D

Johdanto

DPYD-geeni koodaa dihydropyrimidiinidehydrogenaasi (DPD)-entsyymiä, joka on fluoropyrimidiinilääkkeiden (fluorourasiili, kapesitabiini ja tegafuuri) metaboliaan nopeutta rajoittava entsyymi. DPYD-geenin muutoksia tunnetaan useita ja osalla niistä on vaikutus DPD-entsyymin aktiivisuuteen. Alentunut DPD-entsyymin aktiivisuus johtaa fluoropyrimidiinilääkkeiden metabolian hidastumiseen, jolloin potilas voi altistua lääkeaineiden vakaville haittavaikutuksille. N. 6-8% eurooppalaisista kantaa perimässään ainakin yhtä toksisuudelle altistavista DPYD-varianteista. Euroopan lääkevirasto (EMA) on maaliskuussa 2020 antanut suosituksen testata syöpäpotilaiden DPD-entsyymin aktiivisuuden ennen fluoropyrimidiinihoitoa. (ref.1-5)

Tutkimuksessa määritetään DPYD-geenin seitsemän varianttia, joista kuusi on pistemutaatioita: c.1905+1 G>A (DPYD*2A, rs3918290), c.1679 T>G (p.Ile560Ser, DPYD*13, rs55886062), c.2846A>T (p.Asp949Val, rs67376798), c.1236G>A (HapB3, rs56038477), c.483+18G>A (HapB3, rs56276561) ja c.1129-5923C>G (HapB3, rs75017182). Lisäksi tutkitaan eksonin 4 deleetio (ref.6-7). Tutkimus ei sisällä muita DPYD-geenin muutoksia tai muissa geeneissä sijaitsevia muutoksia, joilla on tunnetusti vaikutusta DPD-entsyymin aktiivisuuteen. Tutkimusta valittaessa myös tutkittavan etninen tausta tulisi huomioida, koska B -DPYD-D -tutkimukseen sisältyvien variantien joukko perustuu valikoituneeseen tausta-aineistoon. Mikäli halutaan koko DPYD-geenin kattava mutaatiotutkimus, tulee se tilata pyynnöllä B -DPYDL-D,  14380. Referenssisekvenssi NM_000110.3.

Tiedustelut

Kliinisen genetiikan laboratorio, puh. 03-31175328

Sairaalageneetikot puh. 041 7306148

Indikaatiot

Fluoropyrimidiinilääkkeiden yliherkkyyteen liittyvän perinnöllisen alttiuden selvittely.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö B-DPYD -D,14379.  Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta. Pyyntöön merkitään näytteenottoindikaatio, kysymyksenasettelu sekä keskeiset tiedot anamneesista.

Näyteastia

3 ml EDTA-putki

Näyte

3 ml verta EDTA-putkeen (ensisijainen näyte). Tutkimus voidaan tehdä myös esim. muusta kudoksesta eristetystä DNA:sta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näyte toimitetaan huoneenlämpöisenä genetiikan laboratorioon. Säilytys jääkaapissa, mikäli näytettä joudutaan säilyttämään esim. viikonlopun yli ennen toimittamista genetiikan laboratorioon. 

Menetelmä

Pistemutaatiot: Alleelispesifinen PCR CE-IVD -merkityllä kitillä (Elucigene® DPYD, Elucigene Diagnostics) ja kapillaarielektroforeesi.

Eksonin 4 deleetio: Multiplex PCR (in-house) ja automaattinen elektroforeesi (TapeStation).

Tulos valmiina

Tulos on valmiina noin 1 viikon kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto. Tutkimuksen tulos tulee ottaa huomioon fluoropyrimidiinilääkkeiden hoitoannoksessa. https://cpicpgx.org/guidelines/guideline-for-fluoropyrimidines-and-dpyd/

 

Lisätiedot

Lähteet:

1. Lunenburg CATC, van der Wouden CH, Nijenhuis M, et al. Dutch Pharmacogenetics Working Group (DPWG) guideline for the gene-drug interaction of DPYD and fluoropyrimidines. Eur J Hum Genet. 2020;28(4):508-517.

2. European Medicines Agency (EMA). New testing and treatment recommendations for fluorouracil, capecitabine, tegafur and flucytosine. 13 March 2020. EMA/125891/2020.
 
3. Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC). CPICR Guideline for Fluoropyrimidines and DPYD. Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) Guideline for Dihydropyrimidine Dehydrogenase Genotype and Fluoropyrimidine Dosing: 2017 Update (October 2017), Updates since publication: February 2020 Update

4. Henricks LM, Luneburg CATC, de Man FM, et al. A cost analysis of upfront DPYD genotypeguided dose individualisation in fluoropyrimidine-based anticancer therapy. Eur J Cancer. 2019 Jan;107:60-67.

5. Henricks LM, Lunenburg CA, Meulendijks D, Gelderblom H, Cats A, Swen JJ, Schellens JH, Guchelaar HJ. Translating DPYD genotype into DPD phenotype: using the DPYD gene activity score. Pharmacogenomics. 2015;16(11):1277-86. doi: 10.2217/pgs.15.70. Epub 2015 Aug 12. PMID: 26265346.

6. Saarenheimo J, Wahid N, Eigeliene N, Ravi R, Salomons GS, Ojeda MF, Vijzelaar R, Jekunen A, van Kuilenburg ABP. Preemptive screening of DPYD as part of clinical practice: high prevalence of a novel exon 4 deletion in the Finnish population. Cancer Chemother Pharmacol. 2021 May;87(5):657-663. doi: 10.1007/s00280-021-04236-y. Epub 2021 Feb 5. PMID: 33544210.

7. Saarenheimo J, Wahid N, Tornio A, Ristamäki R, Keinänen M, Niemi M, Turpeinen M, Jekunen A. DPYD-geenitestaus kliinisessä käytössä. Duodecim 2021;137(23):2560-6.