Johdanto

Tutkimus käsittää kuntaliiton nimikkeiden mukaiset kvantitatiiviset fuusiogeenitutkimukset:
B -MLL/AF4 -geenien fuusio-RNA t(4;11) verestä (kvant) tai
Bm-MLL/AF4 -geenien fuusio-RNA t(4;11) luuytimestä (kvant)

KMT2A-AFF1 -fuusiogeeni syntyy kromosomitranslokaatiossa t(4;11)(q21;q23.3). Se on yleisin 11q23-alueen translokaatio precursor-B akuuteissa lymfoblastileukemioissa (pre-B-ALL). KMT2A-AFF1 -fuusiogeeniä havaitaan 5 %:ssa ALL-tapauksia. Vastasyntyneiden ALL:ssa ja hoitoihin liittyvissä ALL-tapauksissa sitä havaitaan 40-60 %:ssa. KMT2A-geeni (lysine methyltransferase 2A) tunnetaan myös nimellä MLL, ja AFF1-geeni (AF4/FMR2 family member 1) nimellä AF4. KMT2A-geenin translokaatioita, erityisesti translokaatiota t(4;11), sekä KMT2A-AFF1 -fuusiogeenin löytymistä pidetään yleisesti huonon ennusteen merkkinä.

KMT2A-geenin katkoskohdat sijoittuvat eksonien 8 ja 12 välisiin introneihin. AFF1-geenin katkoskohdat sijoittuvat eksonien 3 ja 7 välisiin introneihin. Jotkut transkriptit ovat yleisempiä lapsilla ja toiset aikuisilla. Tutkimuksessa käytetyillä alukkeilla voidaan havaita fuusiotranskriptit e9e5, e9e4, e10e5, e10e4, e11e5 ja e11e4, jotka muodostavat 90 % muiden kuin vastasyntyneiden ja 60 % vastasyntyneiden KMT2A-AFF1 -fuusiotranskripteista. Mikäli potilaalta on diagnoosivaiheessa löydetty jokin edellä mainituista fuusiotranskripteista, tätä tutkimusta voidaan käyttää jäännöstaudin määrityksessä.  

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaan. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio puh. 03-311 75328

Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768

Indikaatiot

Jäännöstautianalytiikka, kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä KMT2A-AFF1 -fuusiogeenin lähetti e9e5, e9e4, e10e5, e10e4, e11e5 tai e11e4.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen joko 9641 (veri) tai 9642 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Näyte

Tutkimukseen suositellaan luuydinnäytettä. Verinäyte tulee kysymykseen vain, jos ei saada edustavaa luuydinnäytettä.

Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.  

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.

Menetelmä

Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.

Tulos valmiina

Tulos on valmiina kahden viikon kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnosta ilmenee mahdollisen jäännöstaudin määrä suhteessa potilaan diagnoosivaiheen näytteeseen. Tulos normalisoidaan GUSB-kontrolligeenin suhteen. Negatiivisen tuloksen yhteydessä ilmoitetaan PCR-ajossa saavutettu herkkyys.

Virhelähteet

 CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.