Johdanto
Tutkimus käsittää kuntaliiton nimikkeiden mukaiset kvantitatiiviset fuusiogeenitutkimukset:
B -SIL/TAL1 -geenien fuusio-RNA del(1p32) verestä (kvant) tai
Bm-SIL/TAL1 -geenien fuusio-RNA del(1p32) luuytimestä (kvant)
STIL-TAL1 -fuusiogeeni syntyy deleetiossa del(1)(p33;p33). Sitä tavataan ainoastaan T-soluisessa akuutissa lymfoblastileukemiassa (T-ALL) n. 5-25 %:lla potilaista. Lapsilla se on yleisin T-ALL:ssa tavattava muutos. TAL1-geenistä (TAL bHLH transcription factor 1, erythroid differentiation factor) käytetään kirjallisuudessa synonyymejä SCL (stem cell leukemia) ja TCL5 (T-cell leukemia gene). STIL-geeni (STIL centriolar assembly protein) tunnetaan myös nimellä SIL (SCL/TAL1 interrupting locus). STIL-geeni sijaitsee 90 kb TAL1-geenistä ylävirtaan ja deleetio tuo TAL1-geenin STIL-geenin promoottorin alaisuuteen. Tämän seurauksena kaikki STIL-geenin eksonit deletoituvat ja TAL1-geeni aktivoituu STIL-geenin promoottorista johtuen.
Suurimmassa osassa (yli 95 %) tapauksia katkosalueet ovat sildb1 yhdessä taldb1:n tai taldb2:n kanssa. Vaihtoehtoisen pujonnan kautta muodostuu kolme erilaista STIL-TAL1 -transkriptia, joista tyypin II transkripti on yleisin. Eri transkriptien välillä ei kuitenkaan tiedetä olevan ennusteellista merkitystä. Tällä tutkimuksella voidaan löytää transkriptit II (e1be3) ja III (e1ae3), jotka kattavat lähes kaikki STIL-TAL1 -positiiviset tapaukset. Mikäli potilaalla on diagnoosivaiheessa todettu jompi kumpi näistä fuusiotranskripteista, tätä tutkimusta voidaan käyttää jäännöstaudin määrityksessä.
Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaan. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa.
Tiedustelut
Genetiikan laboratorio puh. 03-311 75328
Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768
Indikaatiot
Jäännöstautianalytiikka, kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä STIL-TAL1 -fuusiogeenin e1be3- tai e1ae3-lähetti.
Lähete/tutkimuksen tilaaminen
Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen 9641 (veri) tai 9642 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.
Näyte
Tutkimukseen suositellaan luuydinnäytettä. Verinäyte tulee kysymykseen vain, jos ei saada edustavaa luuydinnäytettä.
Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.
Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.
HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.
Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely
Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.
Menetelmä
Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.
Tulos valmiina
Tulos on valmiina kahden viikon kuluessa.
Tulkinta
Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnosta ilmenee mahdollisen jäännöstaudin määrä suhteessa potilaan diagnoosivaiheen näytteeseen. Tulos normalisoidaan GUSB-kontrolligeenin suhteen. Negatiivisen tuloksen yhteydessä ilmoitetaan PCR-ajossa saavutettu herkkyys.
Virhelähteet
CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.