Johdanto

Tutkimus käsittää kuntaliiton nimikkeiden mukaiset kvantitatiiviset fuusiogeenitutkimukset:
B -TEL-AML1 -geenien fuusio-RNA t(12;21) verestä (kvant) tai
Bm-TEL/AML1 -geenien fuusio-RNA t(12;21) luuytimestä (kvant)

ETV6-RUNX1 -fuusiogeeni syntyy kromosomitranslokaatiossa t(12;21)(p13.2;q22.1). Se esiintyy n. 25 %:ssa lapsuusiän akuutteja lymfoblastileukemiatapauksia (ALL). Vastasyntyneillä sitä ei havaita ja sen osuus pienenee iän myötä siten, että aikuisilla se on harvinainen. ETV6-geeni (ETS variant transcription factor 6) tunnetaan myös nimellä TEL, ja RUNX1-geeni (RUNX family transcription factor 1) nimellä AML1. Sekä ETV6- että RUNX1 –geenit koodaavat normaalille hematopoieesille kriittisiä transkriptiofaktoreita. ETV6-RUNX1 -fuusiogeenin tuottama proteiini toimii oletettavasti dominanttina negatiivisena säätelijänä, joka häiritsee RUNX1-geenin tuottaman transkriptiofaktorin normaalia toimintaa. Kyseisen fuusiogeenin muodostuminen on välttämätöntä, mutta ei yksinään riittävää, leukemian syntymiselle.

Katkoskohta ETV6-geenissä sijaitsee lähes aina intronissa 5. Hyvin harvinaisissa tapauksissa se voi sijaita myös intronissa 4. RUNX1-geenissä on kaksi yleistä katkosaluetta: ns. major-katkosalue intronissa 1 (ETV6 exon 5 – RUNX1 exon 2 -transkripti, e5e2) ja ns. minor-katkosalue intronissa 2 (39 bp lyhyempi e5e3-transkripti ETV6 exon 5 – RUNX1 exon 3). Major-katkosalue käsittää suurimman osan tapauksista ja minor-katkosalue n. 10 %. Minor-transkripti havaitaan myös RUNX1 exon 2 -fuusiotapauksissa sekä RUNX1 exon 3 puuttuessa, joissa selityksenä on vaihtoehtoinen pujonta. ETV6-RUNX1 -fuusiogeenin löytymistä pidetään hyvän ennusteen merkkinä. Tällä tutkimuksella voidaan tunnistaa nämä kaksi yleisintä transkriptia (e5e2, e5e3), mutta ei esimerkiksi harvinaisia ETV6-geenin exon 4 fuusioita. Mikäli potilaalta on diagnoosivaiheessa löydetty e5e2- tai e5e3-fuusiotranskripti, tätä tutkimusta voidaan käyttää jäännöstaudin määrityksessä. 

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaan. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio puh. 03-311 75328
Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768

Indikaatiot

Jäännöstautianalytiikka, kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä ETV6-RUNX1 -fuusiogeenin lähetti e5e2 tai e5e3.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen joko 9641 (veri) tai 9642 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Näyte

Tutkimukseen suositellaan luuydinnäytettä. Verinäyte tulee kysymykseen vain, jos ei saada edustavaa luuydinnäytettä.

Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.

Menetelmä

Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.

Tulos valmiina

Tulos on valmiina kahden viikon kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnosta ilmenee mahdollisen jäännöstaudin määrä suhteessa potilaan diagnoosivaiheen näytteeseen. Tulos normalisoidaan GUSB-kontrolligeenin suhteen. Negatiivisen tuloksen yhteydessä ilmoitetaan PCR-ajossa saavutettu herkkyys.

Virhelähteet

CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.