Tulosta

Tutkimus:
BCR-ABL1-geenien Major-tyypin fuusio-RNA:n jäännöstautimääritys (kvant.)

Luokitus:
Genetiikka

Käyttöönottopäivä:
3.12.2019

4894 • B -BCR-QR

Johdanto

Tutkimus käsittää kuntaliiton nimikkeen mukaisen kvantitatiivisen fuusiogeenitutkimuksen: 

4894 B -BCR-QR, B -BCR/ABL-geenien fuusio-RNA: t(9;22), (kvant)

Mikäli potilaalta on diagnoosivaiheessa löydetty BCR-ABL1 -fuusiogeenin Major-tyypin transkripti, tätä tutkimusta voidaan käyttää jäännöstaudin määrityksessä. Jos potilaasta halutaan tutkia myös minor-tyypin transkripti, pyydetään sen tutkimus erikseen, katso ystävällisesti lisätietoja tutkimuksen ”Hematologinen fuusiogeenin jäännöstautimääritys, seurantavaihe (kvant)” kohdalta. 

Diagnoosivaiheen fuusiogeeniseulontatutkimusta varten on omat pyyntönumerot, katso ystävällisesti lisätietoja tutkimuksen ”Hematologinen fuusiogeeniseulonta, diagnoosivaihe (kval)” kohdalta.

BCR-ABL1 -fuusiogeeni syntyy kromosomitranslokaatiossa t(9;22)(q34.1;q11.2). Se on yksi tavallisimmista leukemioihin liittyvistä geneettisistä poikkeavuuksista. Translokaatiossa syntyvä ns. Philadelphia-kromosomi on kroonisen myelooisen leukemian (KML) tyyppipoikkeavuus, joka johtaa kromosomialueelle 9q34.1 paikantuvan ABL1-geenin ja kromosomialueelle 22q11.2 paikantuvan BCR-geenin fuusioon. Translokaation seurauksena syntyvä fuusiogeeni muuttaa onkoproteiinin rakennetta siten, että ABL1-proteiinin tyrosiinikinaasiaktiivisuus voimistuu. BCR-ABL1 -fuusiogeeni on osoitettavissa lähes kaikilta kroonista myelooista leukemiaa sairastavista ja n. 25-30 %:lla akuuttia lymfaattista leukemiaa (ALL) sairastavista aikuispotilaista. Pediatrisen ALL:n yhteydessä esiintyvyys on harvinaisempaa, n. 2-5 %:lla potilaista. BCR-ABL1 -fuusiogeeniä voidaan tavata harvinaisena myös akuutin myelooisen leukemian yhteydessä.

BCR-ABL1 -fuusiogeeni voi syntyä usealla tavalla riippuen siitä, missä kohdassa BCR– ja ABL1 -geenejä fuusioitumisen mahdollistavat katkokset tapahtuvat. Yleisimmät BCR-ABL1 -fuusiogeenin lähettityypit ovat b2a2 ja b3a2 (tyyppi Major, M-bcr), joita tavataan 98 %:lla kroonista myelooista leukemiaa sairastavista potilaista ja noin kolmanneksella BCR-ABL1 -positiivisista ALL-potilaista. M-bcr -lähettityypit b2a2 ja b3a2 syntyvät, kun BCR-geeni katkeaa ns. Major breakpoint cluster (M-bcr) -alueelta eksonien 12-16 väliltä, ja irronnut osa liittyy ABL1-geenin eksoniin 2.

Mikäli potilaalta on diagnoosivaiheessa löydetty joko b2a2 tai b3a2 -fuusiotranskripti (tyyppi Major), tätä tutkimusta voidaan käyttää jäännöstaudin määrityksessä.   

BCR-ABL1 -fuusiogeenin molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää kvantitatiivisella PCR-tekniikalla ipsogen® BCR-ABL1 Mbcr RGQ RT-PCR Kit -menetelmällä. Kontrolligeeni on ABL1. Menetelmä hyödyntää jäännöstaudin määrittämisessä plasmidistandardia, jonka tunnetun kopiolukumäärän avulla on mahdollista selvittää fuusiotranskriptin tarkka määrä näytteessä. Menetelmässä on käytössä kittikohtainen IS-kalibraattoriarvo, jota hyödynnetään vastauksen muuttamisessa IS-asteikolle (International Scale).

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio puh. 03-311 75328

Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768

Indikaatiot

Kroonisen myelooisen leukemian (KML) jäännöstautianalytiikka, kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä BCR-ABL1 -fuusiogeenin lähetti b2a2 tai b3a2 (= lähettityyppi Major).

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö: 4894 (veri). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Näyte

Näyte: 2 x 9 ml verta kahteen EDTA-putkeen (K2-EDTA). 

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika (pvm ja kellonaika).

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näytteen on oltava genetiikan laboratoriossa 24 tunnin kuluttua näytteenotosta. EDTA-näyte voidaan kuljettaa huoneenlämmössä. Näytettä ei voida säilyttää.

Menetelmä

Kvantitatiivinen PCR,  ipsogen® BCR-ABL1 Mbcr RGQ RT-PCR Kit -menetelmä.

Tulos valmiina

Tulos on valmiina kahden viikon kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto, jossa ilmoitetaan mahdollisen jäännöstaudin määrä IS-asteikolla. Negatiivisen tuloksen yhteydessä ilmoitetaan PCR-ajossa saavutettu herkkyys.

Virhelähteet

Näytteen viivästynyt saapuminen genetiikan laboratorioon. Näytteen tulee olla genetiikan laboratoriossa 24 tunnin kuluttua näytteenotosta.