Tulosta

Tutkimus:
HEMATOLOGINEN FUUSIOGEENIN JÄÄNNÖSTAUTIMÄÄRITYS, SEURANTAVAIHE (KVANT)
näytä tutkimukset

Luokitus:
Genetiikka

Käyttöönottopäivä:
3.12.2019

9641 • B -Fuus-qR

9642 • Bm-Fuus-qR

Johdanto

Tutkimus käsittää potilaalla diagnoosivaiheessa todetun fuusiogeenin kvantitatiivisen tutkimuksen. Pyyntöä käytetään seuraavia kuntaliiton nimikkeiden mukaisia fuusiogeenitutkimuksia pyydettäessä: 

  • B -BCR/ABL -geenien fuusio-RNA t(9;22) verestä (kval)  
  • Bm-BCR/ABL -geenien fuusio-RNA t(9;22) luuytimestä (kval) 
  • B -CBFB/MYH11 -geenien fuusio-RNA inv(16) verestä (kval)  
  • Bm-CBFB/MYH11 -geenien fuusio-RNA inv(16) luuytimestä (kval) 
  • B -E2A/PBX1 -geenien fuusio-RNA t(1;19) verestä (kval) 
  • Bm-E2A/PBX1 -geenien fuusio-RNA t(1;19) luuytimestä (kval)
  • B -ETO/AML1-geenien fuusio-RNA t(8:21) verestä (kval)
  • Bm-ETO/AML1-geenien fuusio-RNA t(8:21) luuytimestä (kval)
  • B -MLL/AF4 -geenien fuusio-RNA t(4;11) verestä (kval) 
  • Bm-MLL/AF4 -geenien fuusio-RNA t(4;11) luuytimestä (kval) 
  • B -PML/RARA -geenien fuusio-RNA t(15;17) verestä (kval) 
  • Bm-PML/RARA -geenien fuusio-RNA t(15;17) luuytimestä (kval) 
  • B -SIL/TAL1 -geenien fuusio-RNA del(1p32) verestä (kval)
  • Bm-SIL/TAL1 -geenien fuusio-RNA del(1p32) luuytimestä (kval) 
  • B -TEL/AML1 -geenien fuusio-RNA t(12;21) verestä (kval)  
  • Bm-TEL/AML1 -geenien fuusio-RNA t(12;21) luuytimestä (kval)

Pyyntöä käytetään myös DEK/NUP214 (ent. DEK-CAN) -fuusiogeenin kvantitatiivisessa tutkimuksessa:

  • B -DEK/NUP214 -geenien fuusio-RNA t(6;9) verestä (kval)
  • Bm-DEK/NUP214 -geenien fuusio-RNA t(6;9) luuytimestä (kval)

Lisätietoja saa kunkin fuusiogeenin kohdalta ohjekirjasta. Huom! Ohjekirjaan on päivitetty fuusiogeenien viralliset nimet (HGNC, HUGO Gene Nomenclature Committee, 11/2019):

Kromosomimuutos Fuusiogeeni (HGNC) Kuntaliiton nimi
t(9;22)(q34.1;q11.2) BCR-ABL1 BCR-ABL
inv(16)(p13.1;q22) CBFB-MYH11  
t(6;9)(p22;q34.1) DEK-NUP214 DEK-CAN
t(12;21)(p13.2;q22.1) ETV6-RUNX1 TEL-AML1
t(4;11)(q21;q23.3) KMT2A-AFF1 MLL-AF4
t(15;17)(q24.1;q21.2) PML-RARA  
t(8;21)(q21.3;q22) RUNX1-RUNX1T1 ETO-AML1
del(1)(p33p33) STIL-TAL1 SIL-TAL1
t(1;19)(q23;p13.3) TCF3-PBX1 E2A-PBX1

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaan. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa. 

HUOM! KML-potilaiden BCR-ABL1 Major -jäännöstautitutkimukset pyydetään atk-numerolla 4894 (B -BCR-QR, veri). Kts. ohjekirja: BCR-ABL1 -geenien Major-tyypin fuusio-RNA:n jäännöstautimääritys (kvant.)

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio puh. 03-311 75424

Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen joko 9641 (veri) tai 9642 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet -kansiosta.

Näyte

Akuuttien leukemioiden tutkimuksissa suositellaan luuydinnäytettä. Verinäyte tulee kysymykseen vain, jos ei saada edustavaa luuydinnäytettä. Kroonisessa myeloisessa leukemiassa (KML, tyyppi Major) tutkimus tehdään EDTA-verinäytteestä (atk-numero 4894).

Luuydin: sitraattiruiskulla n. 2-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.

 

Menetelmä

Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.

Tulos valmiina

Tulos on valmiina kahden viikon kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnosta ilmenee mahdollisen jäännöstaudin määrä suhteessa potilaan diagnoosivaiheen näytteeseen. Mikäli diagnoosivaiheen näytettä ei ole käytettävissä, käytetään Europe Against Cancer (EAC) -organisaation raportoimia mediaaniarvoja. Tulos normalisoidaan GUSB (glucuronidase beta) -geenin suhteen. Negatiivisen tuloksen yhteydessä ilmoitetaan PCR-ajossa saavutettu herkkyys.

Virhelähteet

CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.