Tulosta

Tutkimus:
HEMATOLOGINEN FUUSIOGEENISEULONTA, DIAGNOOSIVAIHE (KVAL)
näytä tutkimukset

Luokitus:
Genetiikka

Käyttöönottopäivä:
3.12.2019

9639 • B -Fuus-mR

9640 • Bm-Fuus-mR

Johdanto

Tutkimus käsittää taudin mukaan suunnatun valikoiman kvalitatiivisia fuusiogeenitutkimuksia. Pyyntöä käytetään seuraavia kuntaliiton nimikkeiden mukaisia tutkimuksia pyydettäessä:

  • B -BCR/ABL -geenien fuusio-RNA t(9;22) verestä (kval)  
  • Bm-BCR/ABL -geenien fuusio-RNA t(9;22) luuytimestä (kval) 
  • B -CBFB/MYH11 -geenien fuusio-RNA inv(16) verestä (kval)  
  • Bm-CBFB/MYH11 -geenien fuusio-RNA inv(16) luuytimestä (kval) 
  • B -E2A/PBX1 -geenien fuusio-RNA t(1;19) verestä (kval) 
  • Bm-E2A/PBX1 -geenien fuusio-RNA t(1;19) luuytimestä (kval)
  • B -ETO/AML1-geenien fuusio-RNA t(8:21) verestä (kval)
  • Bm-ETO/AML1-geenien fuusio-RNA t(8:21) luuytimestä (kval)
  • B -MLL/AF4 -geenien fuusio-RNA t(4;11) verestä (kval) 
  • Bm-MLL/AF4 -geenien fuusio-RNA t(4;11) luuytimestä (kval) 
  • B -PML/RARA -geenien fuusio-RNA t(15;17) verestä (kval) 
  • Bm-PML/RARA -geenien fuusio-RNA t(15;17) luuytimestä (kval) 
  • B -SIL/TAL1 -geenien fuusio-RNA del(1p32) verestä (kval)
  • Bm-SIL/TAL1 -geenien fuusio-RNA del(1p32) luuytimestä (kval) 
  • B -TEL/AML1 -geenien fuusio-RNA t(12;21) verestä (kval)  
  • Bm-TEL/AML1 -geenien fuusio-RNA t(12;21) luuytimestä (kval)

Pyyntöä käytetään myös DEK/NUP214 (ent. DEK-CAN) -fuusiogeenin kvalitatiivisessa tutkimuksessa:

  • B -DEK/NUP214 -geenien fuusio-RNA t(6;9) verestä (kval)
  • Bm-DEK/NUP214 -geenien fuusio-RNA t(6;9) luuytimestä (kval)

Hematologisten maligniteettien diagnoosivaiheen näytteestä valmistetusta komplementaarisesta DNA:sta (cDNA) etsitään Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaisesti yleisimpiä leukemioissa (KML, ALL, AML) esiintyviä kromosomipoikkeavuuksia. Tutkimuksessa osoitetaan kromosomipoikkeavuuden seurauksena syntyneen fuusiogeenin tuottama lähetti-RNA. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa. Tutkimuksessa voidaan tunnistaa seuraavien fuusiogeenien yleisimmät lähettityypit:

Kromosomimuutos Fuusiogeeni (Kuntaliiton nimi) Tutkittavat lähettityypit
t(9;22)(q34.1;q11.2) BCR-ABL1 (BCR-ABL) M-bcr (Major: b2a2, b3a2) ja m-bcr (minor: e1a2)
inv(16)(p13.1;q22) CBFB-MYH11 A, D ja E
t(6;9)(p22;q34.1) DEK-NUP214 (DEK-CAN) e9e18
t(12;21)(p13.2;q22.1) ETV6-RUNX1 (TEL-AML1) e5e2 ja e5e3
t(4;11)(q21;q23.3) KMT2A-AFF1 (MLL-AF4) e9e5, e9e4, e10e5, e10e4, e11e5 ja e11e4
t(15;17)(q24.1;q21.2) PML-RARA bcr1, bcr2 ja bcr3
t(8;21)(q21.3;q22) RUNX1-RUNX1T1 (ETO-AML1) e5e2
del(1)(p33p33) STIL-TAL1 (SIL-TAL1) e1be3 ja e1ae3
t(1;19)(q23;p13.3) TCF3-PBX1 (E2A-PBX1) e13e2

Taulukkoon on listattu fuusiogeenien viralliset nimet (HGNC, HUGO Gene Nomenclature Committee, 11/2019), suluissa Kuntaliiton käyttämät nimet.

Kyseessä on kvalitatiivinen tutkimus, joka auttaa leukemian tyypityksessä. Fuusiogeeniseulonnan avulla on mahdollista löytää molekyyligeneettinen seurantamarkkeri, jota voidaan myöhemmin käyttää jäännöstaudin osuuden kvantitatiivisessa määrittämisessä.

Tiedustelut

Kliinisen genetiikan laboratorio puh. 03-311 75328
Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768

Indikaatiot

Hematologisen potilaan diagnoosivaiheen tutkimus: krooniseen myelooiseen leukemiaan (KML) ja akuutteihin leukemioihin (ALL, AML) liittyvien yleisimpien fuusiolähettien osoitus.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen joko 9639 (veri) tai 9640 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Näyte

Hematologista tautia epäiltäessä suositellaan sekä luuydin- (atk-numero 9640) että verinäytteen (atk-numero 9639) ottamista.

Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity. 

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.

Menetelmä

Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.

Tulos valmiina

Tulos on valmiina viiden arkipäivän kuluessa. CBF-leukemioissa vastaus pyritään saamaan kahden arkipäivän kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto, josta ilmenee, onko näytteestä löytynyt jokin tutkituista fuusiogeeneistä. Samalla selviää myös, voidaanko potilasta seurata kvantitatiivisesti tällä molekyyligeneettisellä seurantamarkkerilla.

Virhelähteet

CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.