Tulosta

Tutkimus:
MOLEKYYLIKARYOTYYPITYS, SYNNYNNÄISET POIKKEAVUUDET, ISTUKKA

Luokitus:
Genetiikka

Käyttöönottopäivä:
22.10.2019

Johdanto

Molekyylikaryotyypitys (MK), eli DNA-mikrosiruilla tapahtuva vertaileva genominen hybridisaatio (VGH, arrayCGH, aCGH) on menetelmä, jolla voidaan selvittää genomin kopiolukumuutoksia, eli deleetioita ja duplikaatioita koko genomin alueella. Menetelmän erotuskyky on keskimäärin 50-200 kb, joten se on huomattavasti tarkempi kuin tavallinen kromosomitutkimus, jonka erotuskyky on noin 5-10 Mb (5,000 – 10,000 kb). Molekyylikaryotyypitys on selvästi tarkentanut kehityshäiriödiagnostiikkaa ja menetelmällä voidaan havaita sekä mikroskooppisia että submikroskooppisia kromosomimuutoksia, mukaan lukien kaikki tunnetut mikrodeleetio- ja mikroduplikaatio-oireyhtymät (esim. CATCH-22 -oireyhtymä). Toisin kuin tavallinen kromosomitutkimus, molekyylikaryotyypitys ei paljasta tasapainossa olevia rakenteellisia kromosomipoikkeavuuksia (translokaatio, inversio) eikä triploidiaa/tetraploidiaa. Menetelmällä ei ole mahdollista osoittaa myöskään geenimutaatioita tai uniparentaalista disomiaa (UPD), ja matala-asteiset mosaikismit voivat jäädä havaitsematta.

Tiedustelut

Sairaalageneetikot puh. 03-311 75937, 03-311 74768

Indikaatiot

Sikiön ultraäänilöydöksen tai havaitun rakennepoikkeavuuden selvittely. Istukkanäytteen molekyylikaryotyypitys voidaan tehdä myös siinä tapauksessa, että toisella vanhemmista on aiemmin havaittu balansoitu kromosomipoikkeavuus, joka voi periytyessään johtaa kliinisesti merkittävään deleetioon tai duplikaatioon.

Ennen molekyylikaryotyypityksen tekoa suositellaan poissulkemaan yleisimmät trisomiat Cv-TriNhO -tutkimuksella (atk-numero 6061).

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö. Tutkimus tilataan numerolla 9826, Cv-DNAmut. Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta. Pyyntöön/lähetteeseen kirjataan kliiniset esitiedot, raskauden kesto viikkoina ja haluttu tutkimus (molekyylikaryotyypitys). Lisäksi pyyntöön tulee kirjoittaa lääkärin nimi ja yhteystiedot lisätietojen pyytämistä varten.

Näyte

Istukkabiopsia: noin 50 mg preparoituja istukan nukkalisäkkeitä (korionvilluksia). Näyte laitetaan steriiliin näyteastiaan, jossa on ravintonestettä (RPMI) tai fysiologista keittosuolaliuosta. Tarvittaessa näyteastioita voi tilata genetiikan laboratoriosta, puh. 03-311 75424.

Vanhempien EDTA-verinäytteet tai DNA tarvitaan aina mukaan vertailua varten. Kummankin vanhemman tutkimus tilataan erikseen nimikkeellä B -DNAmut (atk-numero 9749). Mikäli toisen vanhemman näytettä ei saada, on tästä aina ilmoitettava laboratorioon, jotta tutkimus ei turhaan jää odottamaan puuttuvaa näytettä.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

TAYS:n alueella otettu istukkanäyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon. TAYS:n ulkopuolelta tulevat näytteet pakataan huolellisesti ja toimitetaan laboratorioon huoneenlämpöisenä mahdollisimman nopeasti. Näyte ei saa kylmettyä matkalla. Jos näytettä ei voida lähettää heti, näytteen voi säilyttää huoneenlämmössä yli yön.

Vanhempien verinäytteet lähetetään huoneenlämpöisenä, säilytys jääkaapissa (tarvittaessa viikonlopun yli).

Menetelmä

Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 180K mikroarray-lasia, jolla on 180 000 oligonukleotidikoetinta. Koettimet kattavat noin 50-200 kb välein koko ihmisen genomin. Lasille hybridisoidaan yhtä aikaa tutkittavan näytteen ja normaalin vertailunäytteen eri väreillä leimattua DNA:ta. Hybridisaation aikana leimatut DNA:t kilpailevat sitoutumisesta lasilla oleviin oligonukleotideihin, ja näin muodostuneiden värien suhteelliset intensiteetit mitataan laserskannerilla. Intensiteettiarvot antavat tietojenkäsittelyn jälkeen graafisen kuvan, jossa nähdään mahdolliset genomin kopioluvun muutokset.

Tulos valmiina

Noin 10 työpäivän kuluessa istukkanäytteen ja vanhempien verinäytteiden saapumisesta laboratorioon.

Mikäli DNA-eristys joudutaan tekemään viljellyistä soluista (niukat näytteet), vastausaika on noin 3-4 viikkoa (riippuen siitä, kuinka nopeasti saadaan tarpeeksi soluja DNA-eristykseen).

Tulkinta

Kopiolukumuutokset (CNV) tunnistetaan ja kirjataan. Tulosten tulkinnassa käytetään analyysiohjelmia, joiden avulla erotetaan normaalivariaatioon kuuluvat CNV:t ja mahdolliset kliinisesti merkittävät CNV:t. Kliinisesti merkittävien CNV-alueiden, eli deleetioiden tai duplikaatioiden, geenisisältö analysoidaan ja tuloksesta annetaan lausunto. Tulosten tulkitseminen voi vaatia myös vanhempien näytteiden tutkimista.