Tulosta

Tutkimus:
MOLEKYYLIKARYOTYYPITYS, SYNNYNNÄISET POIKKEAVUUDET, KUDOSNÄYTE

Luokitus:
Genetiikka

Käyttöönottopäivä:
22.10.2019

Johdanto

Molekyylikaryotyypitys (MK), eli DNA-mikrosiruilla tapahtuva vertaileva genominen hybridisaatio (VGH, arrayCGH, aCGH) on menetelmä, jolla voidaan selvittää genomin kopiolukumuutoksia, eli deleetioita ja duplikaatioita koko genomin alueella. Menetelmän erotuskyky on keskimäärin 50-200 kb, joten se on huomattavasti tarkempi kuin tavallinen kromosomitutkimus, jonka erotuskyky on noin 5-10 Mb (5,000 – 10,000 kb). Molekyylikaryotyypitys on selvästi tarkentanut kehityshäiriödiagnostiikkaa ja menetelmällä voidaan havaita sekä mikroskooppisia että submikroskooppisia kromosomimuutoksia, mukaan lukien kaikki tunnetut mikrodeleetio- ja mikroduplikaatio-oireyhtymät (esim. CATCH-22 -oireyhtymä). Toisin kuin tavallinen kromosomitutkimus, molekyylikaryotyypitys ei paljasta tasapainossa olevia rakenteellisia kromosomipoikkeavuuksia (translokaatio, inversio) eikä triploidiaa/tetraploidiaa. Menetelmällä ei ole mahdollista osoittaa myöskään geenimutaatioita tai uniparentaalista disomiaa (UPD), ja matala-asteiset mosaikismit voivat jäädä havaitsematta.

Tiedustelut

Sairaalageneetikot puh. 03-311 75937, 03-311 74768

Indikaatiot

Taustaltaan tuntemattoman kehitysviiveen, kehityshäiriön, rakennepoikkeavuuden tai geneettisen taudin/syndrooman selvittely.

Ennen molekyylikaryotyypityksen tekoa suositellaan poissulkemaan yleisimmät trisomiat Ts-TriNhO -tutkimuksella (atk-numero 92538).

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö. Tutkimus tilataan numerolla 9827, Ts-DNAmut. Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta. Pyyntöön/lähetteeseen kirjataan kliiniset esitiedot, kysymyksenasettelu ja haluttu tutkimus (molekyylikaryotyypitys). Lisäksi pyyntöön tulee kirjoittaa lääkärin nimi ja yhteystiedot lisätietojen pyytämistä varten.

Näyte

Tutkimus voidaan tehdä eri kudosnäytteistä, kuten esim. fibroblastit, kudospala tai istukkanäyte fetus mortus -tilanteessa.

Fibroblastit: Ihobiopsia preparoidaan steriilisti spriillä puhdistetulta iholta.

Faskianäyte: Maseroituneen sikiön tai kuolleen potilaan ihobiopsia otetaan raajasta ja preparoidaan samalla uloimpia lihaksia peittävää kalvoa. Ohutta kalvoa raaputetaan veitsen terällä 0,5 – 1 cm2 alalta.

Syntyneen lapsen istukka (fetus mortus): Preparoidaan noin 1 cm3 normaalin näköistä istukkakudosta läheltä napanuoran insertiokohtaa.

Näytteet siirretään steriiliin näyteastiaan, jossa on ravintonestettä (RPMI) tai fysiologista keittosuolaliuosta. Tarvittaessa näyteastioita voi tilata genetiikan laboratoriosta, puh. 03-311 75424.

Raskaudenaikaisille sikiönäytteiden tutkimuksille on omat tutkimusnumerot (9825 Am-DNAmut ja 9826 Cv-DNAmut).

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

TAYS:n alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon. TAYS:n ulkopuolelta tulevat näytteet pakataan huolellisesti ja toimitetaan laboratorioon huoneenlämpöisenä mahdollisimman nopeasti. Näyte ei saa kylmettyä matkalla. Poikkeustapauksissa näytettä sisältävää näyteastiaa voi säilyttää huoneenlämmössä 1-2 vrk ennen lähetystä, jos näytettä ei voida lähettää heti.

Menetelmä

Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 180K mikroarray-lasia, jolla on 180 000 oligonukleotidikoetinta. Koettimet kattavat noin 50-200 kb välein koko ihmisen genomin. Lasille hybridisoidaan yhtä aikaa tutkittavan näytteen ja normaalin vertailunäytteen eri väreillä leimattua DNA:ta. Hybridisaation aikana leimatut DNA:t kilpailevat sitoutumisesta lasilla oleviin oligonukleotideihin, ja näin muodostuneiden värien suhteelliset intensiteetit mitataan laserskannerilla. Intensiteettiarvot antavat tietojenkäsittelyn jälkeen graafisen kuvan, jossa nähdään mahdolliset genomin kopioluvun muutokset.

Tulos valmiina

Noin kahden kuukauden kuluessa näytteen saapumisesta laboratorioon. Kiireellisistä näytteistä on sovittava erikseen ja niistä peritään lisämaksu.

Tulkinta

Kopiolukumuutokset (CNV) tunnistetaan ja kirjataan. Tulosten tulkinnassa käytetään analyysiohjelmia, joiden avulla erotetaan normaalivariaatioon kuuluvat CNV:t ja mahdolliset kliinisesti merkittävät CNV:t. Kliinisesti merkittävien CNV-alueiden, eli deleetioiden tai duplikaatioiden, geenisisältö analysoidaan ja tuloksesta annetaan lausunto. Tulosten tulkitseminen voi vaatia myös vanhempien näytteiden tutkimista. Tällöin kummankin vanhemman tutkimus tilataan erikseen nimikkeellä B -DNAmut (atk-numero 9749) ja atk-pyyntöön tai lähetteeseen merkitään alkuperäisen vastauksen HUSLAB-näytenumero (muotoa ZMK00-000), mikäli se on tiedossa.