Johdanto

Tutkimus käsittää kuntaliiton nimikkeiden mukaiset kvantitatiiviset fuusiogeenitutkimukset:
B -ETO/AML1 -geenien fuusio-RNA t(8;21) verestä (kvant) tai
Bm-ETO/AML1 -geenien fuusio-RNA t(8;21) luuytimestä (kvant)

RUNX1-RUNX1T1 –fuusiogeeni syntyy kromosomitranslokaatiossa t(8;21)(q21.3;q22). Se todetaan n. 8 %:lla AML-potilaista. RUNX1-geeni (RUNX family transcription factor 1) tunnetaan myös nimellä AML1 ja RUNX1T1 (RUNX1 partner transcriptional co-repressor 1) nimellä ETO. RUNX1-geeni koodaa core binding factor (CBF) -transkriptiofaktorin alfa2-alayksikköä, jolla on olennainen osa verisolujen kehityksessä.

Translokaatiossa t(8;21) RUNX1T1-geenin katkoskohdat sijaitsevat ylävirtaan eksonista 2 ja RUNX1-geenin katkoskohdat sijaitsevat intronissa 5. Translokaation tuloksena syntyy fuusiolähetti e5e2, jossa RUNX1T1-geenin eksoni 2 on fuusioitunut RUNX1-geenin eksoniin 5. RUNX1-RUNX1T1 –fuusiogeeni on patogeeninen ja oletettavasti sammuttaa normaalin RUNX1-geenin kohdegeenien transkription. Mikäli potilaalta on diagnoosivaiheessa löydetty kyseinen e5e2-fuusiotranskripti, tätä tutkimusta voidaan käyttää jäännöstaudin määrityksessä.

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaan. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa.

Tiedustelut

Kliinisen genetiikan laboratorio puh. 03-311 75328
Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768

Indikaatiot

Jäännöstautianalytiikka, kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä RUNX1-RUNX1T1 -fuusiogeenin e5e2-lähetti.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen 9641 (veri) tai 9642 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Näyte

Tutkimukseen suositellaan luuydinnäytettä. Verinäyte tulee kysymykseen vain, jos ei saada edustavaa luuydinnäytettä.

Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.

Menetelmä

Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.

Tulos valmiina

Tulos on valmiina kahden viikon kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnosta ilmenee mahdollisen jäännöstaudin määrä suhteessa potilaan diagnoosivaiheen näytteeseen. Tulos normalisoidaan GUSB-kontrolligeenin suhteen. Negatiivisen tuloksen yhteydessä ilmoitetaan PCR-ajossa saavutettu herkkyys.

Virhelähteet

CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.