Tulosta

Tutkimus:
T-SOLURESEPTORIGEENIT, DNA -TUTKIMUS
näytä tutkimukset

Luokitus:
Genetiikka

Käyttöönottopäivä:
28.8.2020

3904 • B -TCR-D

3905 • Bm-TCR-D

3906 • Ts-TCR-D

Johdanto

T-solureseptorigeenien klonaalisen uudelleenjärjestymän selvittämistä käytetään malignien lymfoproliferatiivisten sairauksien tutkimuksessa ja erotusdiagnostiikassa. T-solureseptorit (TCR) ovat kaksiosaisia molekyylejä, jotka koostuvat joko yhdestä delta- ja yhdestä gamma-ketjusta tai yhdestä alfa- ja yhdestä beta-ketjusta. T-solujen kypsymisen aikana ketjuja koodaavien geenien hypervariaabelialueilla (antigeeneihin sitoutuvat ns. CDR3-alueet) tapahtuu V-, D- ja J-segmenttien uudelleenjärjestymiä. Geenilokukset uudelleenjärjestyvät tietyssä järjestyksessä: ensin uudelleenjärjestyy TCR-delta, seuraavana TCR-gamma, sitten TCR-beta ja viimeisenä TCR-alfa.

Kromosomialueella 7p14 sijaitseva TCR-gamma -geenilokus soveltuu T-soluklonaliteetin osoittamiseen varhaisen uudelleenjärjestymisen ja yksinkertaisen genomisen rakenteensa vuoksi. Lokuksessa on 14 V-geeniä ja viisi J-geeniä, mutta ei lainkaan D-geenejä. Klonaliteetin osoittavassa PCR-pohjaisessa tutkimuksessa käytetään PCR-alukkeita, jotka sitoutuvat V- ja J-geenien alueelle. Monistuvien fragmenttien koot määritetään kapillaarielektroforeettisesti. Tutkimuksella voidaan luotettavasti osoittaa valtaosa TCR-gamma -geenilokuksen klonaalisista uudelleenjärjestymistä, mikäli klonaalisten solujen osuus T-lymfosyyttipopulaatiosta on vähintään 5 %. Jos klonaalisia soluja on näytteessä alle 5 %, niitä ei välttämättä havaita.

HUOM! Tarvittaessa on mahdollista tehdä tarkempi TCR-gamma -geenin tai muiden TCR-geenien (TCR-beta, TCR-delta) klonaliteettihaku, jossa uudelleenjärjestyneen geenin emäsjärjestys selvitetään sekvensoinnilla. Tämä tutkimus on eri hintainen ja se alihankitaan TYKS Genetiikan laboratoriosta. Mikäli tämä tarkempi tutkimus halutaan, on pyyntö merkittävä selkeästi lähetteeseen.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 03-311 75809

Sairaalageneetikot, puh. 03-311 75937, 050-347 6382

Indikaatiot

Lymfoproliferatiivisten sairauksien diagnostiikka, luokittelu ja seuranta.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö. Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Huom! Kaikissa genetiikan tutkimuspyynnöissä tulee olla lähettävän lääkärin nimi ja yhteystiedot.

Näyte

0.5 – 1 ml luuydintä EDTA-putkessa, 6 ml verta EDTA-putkessa tai 0.5 x 0.5 cm palanen tuumoria genetiikan kudosnäytepurkkiin.

Tutkimus voidaan tehdä myös patologian parafiiniblokkinäytteistä. Genetiikan laboratorioon voidaan toimittaa joko parafiiniblokki tai siitä leikatut rullat (20 um leikkeitä). TCR-gamma-geenin klonaliteettihakuun tarvitaan n. 3 parafiinileikerullaa. HUOM! Mikäli näytteestä halutaan useampi geneettinen tutkimus, esim. Ts-TCR-D ja Ts-IG-D, tarvitaan rullia yhteensä 13 kpl. Ota tarvittaessa yhteys genetiikan laboratorioon (genetiikka@fimlab.fi) riittävän näytemäärän varmistamiseksi.

Tutkimuksen tilaaminen aiemmin otetusta näytteestä: jos tutkimuksen tilaustapa ei ole tuttu, ota yhteys genetiikan laboratorioon (genetiikka@fimlab.fi)

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näyte toimitetaan huoneenlämpöisenä mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon. Tuorenäytteiden säilytys jääkaapissa.

Menetelmä

PCR ja fragmenttianalyysi kaupallisella CE/IVD -merkityllä kitillä (IdentiClone).

Tulos valmiina

Tulos on valmiina 3 viikon kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto. Uudelleenjärjestymän havaitseminen merkitsee klonaalista solupopulaatiota näytteessä. Alle 5 %:n klonaliteettia ei voida luotettavasti osoittaa.