Johdanto

Tutkimus käsittää kuntaliiton nimikkeiden mukaiset kvantitatiiviset fuusiogeenitutkimukset:
B -E2A/PBX1 -geenien fuusio-RNA t(1;19) verestä (kvant) tai
Bm-E2A/PBX1 -geenien fuusio-RNA t(1;19) luuytimestä

TCF3-PBX1 -fuusiogeeni syntyy kromosomitranslokaatiossa t(1;19)(q23;p13.3). Se havaitaan n. 3-5 %:ssa lasten B-soluisia akuutteja lymfoblastileukemioita (B-ALL) ja n. 3 %:ssa aikuisten B-ALL:ia. TCF3-geeni (transcription factor 3) tunnetaan myös nimellä E2A (E2A immunoglobulin enhancer-binding factor E12/E47). Noin 95 %:ssa t(1;19) -tapauksista havaitaan TCF3-PBX1 -fuusiogeenin ekspressio. Loput t(1;19) -tapaukset ovat negatiivisia TCF3-PBX1 -fuusiogeenin suhteen, eikä niissä ole TCF3-geenin rakennemuutosta. TCF3-PBX1 -fuusiogeenistä syntyvällä proteiinilla on onkogeeninen rooli transkription aktivaattorina. Lisäksi se oletettavasti häiritsee TCF3– ja PBX1-geenien koodaamien transkriptiofaktoreiden normaalia toimintaa. 

TCF3-geenissä katkoskohdat sijaitsevat lähes yksinomaan 3,5 kb:n mittaisessa intronissa eksonien 13 ja 14 välissä. PBX1-geenin katkosalueet ovat huonommin tunnettuja, mutta sijaitsevat n. 50 kb:n intronialueella eksonien 1 ja 2 välissä. Suurimmassa osassa tapauksia havaitaan fuusio TCF3-geenin eksonin 13 ja PBX1-geenin eksonin 2 välillä. Noin 5-10 %:ssa tapauksia havaitaan varianttifuusio, jossa vaihtoehtoisen pujonnan seurauksena junktiokohtaan on insertoitunut 27 nukleotidia. Tässä tutkimuksessa voidaan havaita sekä yleisin transkripti (e13e2) että sen varianttimuoto. Mikäli potilaalta on diagnoosivaiheessa löydetty jompi kumpi näistä fuusiotranskripteista, tätä tutkimusta voidaan käyttää jäännöstaudin määrityksessä.  

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaan. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa.

Tiedustelut

Kliinisen genetiikan laboratorio puh. 03-311 75328
Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768

Indikaatiot

Jäännöstautianalytiikka, kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä TCF3-PBX1 -fuusiogeenin e13e2-transkripti tai sen varianttimuoto.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen 9641 (veri) tai 9642 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Näyte

Tutkimukseen suositellaan luuydinnäytettä. Verinäyte tulee kysymykseen vain, jos ei saada edustavaa luuydinnäytettä.

Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.

Menetelmä

Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.

Tulos valmiina

Tulos on valmiina kahden viikon kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnosta ilmenee mahdollisen jäännöstaudin määrä suhteessa potilaan diagnoosivaiheen näytteeseen. Tulos normalisoidaan GUSB-kontrolligeenin suhteen. Negatiivisen tuloksen yhteydessä ilmoitetaan PCR-ajossa saavutettu herkkyys.

Virhelähteet

CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.