Johdanto

Molekyylikaryotyypitys (MK), eli DNA-mikrosiruilla tapahtuva vertaileva genominen hybridisaatio (VGH, array-CGH, aCGH) on menetelmä, jolla voidaan selvittää genomin kopiolukumuutoksia (CNV) eli deleetioita ja duplikaatioita koko genomin alueella. Menetelmän erotuskyky on keskimäärin 50-200 kb, joten se on huomattavasti tarkempi kuin tavallinen kromosomitutkimus, jonka erotuskyky on noin 5-10 Mb (5,000 – 10,000 kb). Molekyylikaryotyypitys on selvästi tarkentanut kehityshäiriödiagnostiikkaa ja menetelmällä voidaan havaita sekä mikroskooppisia että submikroskooppisia kromosomimuutoksia, mukaan lukien kaikki tunnetut mikrodeleetio- ja mikroduplikaatio-oireyhtymät (esim. CATCH-22 -oireyhtymä). DNA-mikrosiruilla, joissa on CNV-oligojen lisäksi mukana SNP-oligoja, voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet sekä havaita mahdollinen uniparentaalidisomia (UPD) ja tarvittaessa selvittää havaitun muutoksen alkuperä. Toisin kuin tavallinen kromosomitutkimus, molekyylikaryotyypitys ei paljasta tasapainossa olevia rakenteellisia kromosomipoikkeavuuksia (translokaatio, inversio). Menetelmällä ei ole mahdollista osoittaa myöskään geenimutaatioita, ja matala-asteiset mosaikismit (alle 10 %) voivat jäädä havaitsematta.

Tiedustelut

Sairaalageneetikot puh. 041-730 6149, 041-730 6151

Indikaatiot

Vanhemman kontrollinäyte lapselle tehtävään molekyylikaryotyypitystutkimukseen (B -MKsyn, Am-DNAmut, Cv-DNAmut tai Ts-DNAmut). Laboratorio voi suositella tämän tutkimuksen tilaamista antaessaan lausunnon potilaasta. Jos kyseessä on kopiolukumuutos, tehdään vanhempien näytteille molekyylikaryotyypitystutkimus keskittyen lapsella todettuun muutokseen ja tuloksista annetaan oma lausunto. Jos kyseessä on UPD:n varmistaminen ja alkuperän selvittäminen, tehdään vanhempien näytteille SNP-genotyyppianalyysi.

Lapsivedestä tai istukkanäytteestä tehtävään sikiön molekyylikaryotyypitystutkimukseen (Am-DNAmut tai Cv-DNAmut) tulee aina tilata yhtä aikaa molempien vanhempien kontrollitutkimukset.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö. Tutkimus tilataan numerolla 23371, B -DNAmut. Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta. Pyyntöön/lähetteeseen kirjataan, että kyseessä on vanhemman kontrollitutkimus lapsen molekyylikaryotyypitystutkimukseen. Lisäksi merkitään lapsen B -MKsyn -vastauksen NordLab-näytenumero (KM-alkuinen), mikäli se on tiedossa.

Näyte

5-7 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Miniminäytemäärä on 2 ml.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näytteet lähetetään huoneenlämpöisenä. Säilytys jääkaapissa (tarvittaessa viikonlopun yli).

Menetelmä

Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 50mer oligosirua (HumanCytoSNP-12 v2.1, Illumina), joka sisältää yli 300 000 (300K) CNV- ja SNP-oligonukleotidikoetinta kattaen n. 10 kb välein ihmisen koko genomin. Tutkittava DNA hybridisoidaan oligosirulle, jonka jälkeen oligoihin sitoutuneiden, fluorokromeilla värjättyjen alleelien luku- ja kopiomäärän intensiteetit mitataan laserskannerilla. Tulokset analysoidaan GenomeStudio- ja KaryoStudio-analysointiohjelmilla (Illumina). Intensiteettiarvot antavat tietojenkäsittelyn jälkeen graafisen kuvan, jossa nähdään mahdolliset genomin kopioluvun muutokset. Menetelmän erotuskyky on n. 50 kb sytogeneettisesti tunnetuilla tärkeillä alueilla ja n. 200 kb koko genomin alueella. Kopiolukumuutosten lisäksi menetelmällä voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet, mahdollinen UPD ja suhteellisen alhainen mosaikismi.

Tulos valmiina

Noin kahden kuukauden kuluessa näytteen saapumisesta laboratorioon. Sikiötutkimusten kohdalla vastausaika on noin 10 työpäivää.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto.