Johdanto

Molekyylikaryotyypitys (MK), eli DNA-mikrosiruilla tapahtuva vertaileva genominen hybridisaatio (VGH, array-CGH, aCGH) on menetelmä, jolla voidaan selvittää genomin kopiolukumuutoksia (CNV) eli deleetioita ja duplikaatioita koko genomin alueella. Menetelmän erotuskyky on keskimäärin 50-200 kb, joten se on huomattavasti tarkempi kuin tavallinen kromosomitutkimus, jonka erotuskyky on noin 5-10 Mb (5,000 – 10,000 kb). Molekyylikaryotyypitys on selvästi tarkentanut kehityshäiriödiagnostiikkaa ja menetelmällä voidaan havaita sekä mikroskooppisia että submikroskooppisia kromosomimuutoksia, mukaan lukien kaikki tunnetut mikrodeleetio- ja mikroduplikaatio-oireyhtymät (esim. CATCH-22 -oireyhtymä). DNA-mikrosiruilla, joissa on CNV-oligojen lisäksi mukana SNP-oligoja, voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet sekä havaita mahdollinen uniparentaalidisomia (UPD) ja tarvittaessa selvittää havaitun muutoksen alkuperä. Toisin kuin tavallinen kromosomitutkimus, molekyylikaryotyypitys ei paljasta tasapainossa olevia rakenteellisia kromosomipoikkeavuuksia (translokaatio, inversio) eikä triploidiaa/tetraploidiaa. Menetelmällä ei ole mahdollista osoittaa myöskään geenimutaatioita, ja matala-asteiset mosaikismit (alle 10 %) voivat jäädä havaitsematta.

Tiedustelut

Sairaalageneetikot puh. 041-730 6149, 041-730 6151

Indikaatiot

Sikiön ultraäänilöydöksen tai havaitun rakennepoikkeavuuden selvittely. Istukkanäytteen molekyylikaryotyypitys voidaan tehdä myös siinä tapauksessa, että toisella vanhemmista on aiemmin havaittu balansoitu kromosomipoikkeavuus, joka voi periytyessään johtaa kliinisesti merkittävään deleetioon tai duplikaatioon.

Ennen molekyylikaryotyypityksen tekoa suositellaan poissulkemaan yleisimmät trisomiat Cv-TriNhO -tutkimuksella (atk-numero 6061).

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö. Tutkimus tilataan numerolla 9826, Cv-DNAmut. Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta. Pyyntöön/lähetteeseen kirjataan kliiniset esitiedot, raskauden kesto viikkoina ja haluttu tutkimus (molekyylikaryotyypitys). Lisäksi pyyntöön tulee merkitä kliinikon nimi ja puhelinnumero mahdollisten täydentävien tietojen pyytämistä varten.

 

Näyte

Istukkabiopsia: noin 50 mg preparoituja istukan nukkalisäkkeitä (korionvilluksia). Näyte laitetaan steriiliin näyteastiaan, jossa on ravintonestettä (RPMI) tai fysiologista keittosuolaliuosta. Tarvittaessa näyteastioita voi tilata genetiikan laboratoriosta, puh. 03-311 75424.

Vanhempien EDTA-verinäytteet tai DNA tarvitaan aina mukaan vertailua varten. Kummankin vanhemman tutkimus tilataan erikseen nimikkeellä B -DNAmut (atk-numero 9749). Mikäli toisen vanhemman näytettä ei saada, on tästä aina ilmoitettava laboratorioon, jotta tutkimus ei turhaan jää odottamaan puuttuvaa näytettä.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

TAYS:n alueella otettu istukkanäyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon. TAYS:n ulkopuolelta tulevat näytteet pakataan huolellisesti ja toimitetaan laboratorioon huoneenlämpöisenä mahdollisimman nopeasti. Näyte ei saa kylmettyä matkalla. Jos näytettä ei voida lähettää heti, näytteen voi säilyttää huoneenlämmössä yli yön.

Vanhempien verinäytteet lähetetään huoneenlämpöisenä, säilytys jääkaapissa (tarvittaessa viikonlopun yli).

Menetelmä

Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 50mer oligosirua (HumanCytoSNP-12 v2.1, Illumina), joka sisältää yli 300 000 (300K) CNV- ja SNP-oligonukleotidikoetinta kattaen n. 10 kb välein ihmisen koko genomin. Tutkittava DNA hybridisoidaan oligosirulle, jonka jälkeen oligoihin sitoutuneiden, fluorokromeilla värjättyjen alleelien luku- ja kopiomäärän intensiteetit mitataan laserskannerilla. Tulokset analysoidaan GenomeStudio- ja KaryoStudio-analysointiohjelmilla (Illumina). Intensiteettiarvot antavat tietojenkäsittelyn jälkeen graafisen kuvan, jossa nähdään mahdolliset genomin kopioluvun muutokset. Menetelmän erotuskyky on n. 50 kb sytogeneettisesti tunnetuilla tärkeillä alueilla ja n. 200 kb koko genomin alueella. Kopiolukumuutosten lisäksi menetelmällä voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet, mahdollinen UPD ja suhteellisen alhainen mosaikismi.

Tulos valmiina

Noin 10 työpäivän kuluessa istukkanäytteen ja vanhempien verinäytteiden saapumisesta laboratorioon.

Mikäli DNA-eristys joudutaan tekemään viljellyistä soluista (niukat näytteet), vastausaika on noin 3-4 viikkoa (riippuen siitä, kuinka nopeasti saadaan tarpeeksi soluja DNA-eristykseen).

Tulkinta

Tutkimuksessa havaittujen kopiolukumuutosten (CNV) tai uniparentaalidisomian tulkinnassa käytetään apuna eri tietokantoja, joiden avulla erotetaan normaalivariaatioon kuuluvat muutokset kliinisesti merkittävistä muutoksista. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan molekyylikaryotyyppi ja arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve.