Johdanto

COVID-19 on Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) koronaviruksen aiheuttama tauti, joka ensimmäistä kertaa havaittiin Kiinassa vuoden 2019 lopulla ja joka levisi sittemmin pandemiaksi. Nykyisin tautia esiintyy etenkin syys- ja talvikuukausina. SARS-CoV-2 on vaipallinen virus, jolla on yksisäikeinen RNA geneettisenä materiaalina. Virus aiheuttaa laajan skaalan taudinkuvia hyvin lievästä ylähengitystieinfektiosta vakaviin, henkeä uhkaaviin keuhkokuumeisiin ja happeutumishäiriöihin.

Viruksen olemassaolo potilaassa voidaan todeta osoittamalla viruksen RNA:ta hengitysteiden näytteistä käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä.

Indikaatiot

SARS-CoV-2 viruksen toteaminen ylemmistä tai alemmista hengitysteistä.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Sähköinen tutkimuspyyntö 

HUOM: Tutkimus 26466 -NCovNhO on erillis-PCR-tutkimus ja on käytössä Pirkanmaalla, Keski-Suomessa, Päijät-Hämeessä, Vaasassa ja Kanta-Hämeessä paikallisen erikoissairaanhoidon ohjeistuksen mukaisesti.

HUOM: Muille respiratorisille NhO-tutkimuksille on otettava oma näyte ja tehtävä oma pyyntö sekä ensisijaisesti käytettävä UTM- tai ESwab-putkia.

Näyteastia

Ensisijaiset:

Cobas PCR Media Kit-kuljetusputki sekä taipuisa- tai jäykkävartinen nukkatikku. (Huom. tämä putki vain tutkimukselle 6466)

COPAN UTM-RT MINI -kuljetusputki 3ml (353C, kirkkaanpunainen korkki, punertava liuos) ja erillinen taipuisavartinen nukkatikku tai jäykkävartinen nukkatikku.

Toissijaiset:

COPAN ESwab-kuljetusputkikitti: 482CE, sininen korkki, kirkas liuos ja taipuisavartinen COPAN-nukkatikku.

COPAN ESwab-kuljetusputkikitti: 490CE, vaaleanpunainen korkki, kirkas liuos ja jäykkävartinen COPAN-nukkatikku.

TAYS: Näytteenottovälineitä on saatavilla  poliklinikkalaboratorion näytehuoneesta 1.012/K. TAYS:n henkilökunta pääsee huoneeseen kulkunapilla ympäri vuorokauden. 

Otettaessa BAL-, yskös- tai imulimanäytteitä, käytetään soveltuvia tehdaspuhtaita näyteastiota.

Muihin toimipisteisiin näytteenottovälineitä voi tilata Fimlabin materiaalipalvelusta (p.03-311 76570, tai materiaalit@fimlab.fi). Kiirellisessä tapauksessa näytteen voi ottaa dacrontikulla steriiliin 10 ml korkilliseen näyteputkeen, johon on lisätty 1 ml steriiliä keittosuolaa (0.9 % NaCl).

Päijät-Häme: Näytteenottovälineitä tilataan keskusvarastosta paikallisen ohjeistuksen mukaisilla koodeilla.

Näyte

Nenänielu ja nenä ovat ensisijaisia näytteenottokohtia. Näyte voidaan ottaa myös nielusta mikäli näyte muuten jäisi kokonaan ottamatta. 

Näytteeksi tulee saada hengitystie-epiteelin soluja hankaamalla nukkatikkua hengitystien limakalvoon. Räkä ei ole hyväksyttävä näyte. Näytetikkua ei saa kostuttaa millään ennen näyttenottoa.

Nenänielun tikkunäyte: Kallista päätä taaksepäin. Näytteenottotikku työnnetään sieraimen kautta alaviistoon nenänpohjaa pitkin aikuisilla n. 10-12 cm syvyyteen ja alle 2-vuotiailla n. 6 cm syvyyteen (=nenänieluun). Älä käytä turhaa voimaa. Näytteeksi kerätään limakalvon soluja kiertämällä tikkua nenänielussa. Samalla tikulla voidaan kerätä näyte molemmista sieraimista, mikäli tikku on ensimmäisen käytön jälkeen pysynyt suhteellisen suorana. 

Nenän tikkunäyte: Näyte voidaan ottaa jäykällä tikulla molemmista sieraimista 2-3 cm:n syvyydestä, mikäli näytettä nenänielusta ei voida jostain syystä ottaa. Myös vuotoherkillä näyte voidaan ottaa sieraimesta.

Nielun tikkunäyte: Nielunäyte otetaan jäykällä nukkatikulla hankaamalla kitakaaria kiertoliikkeellä. Tätä näytetyyppiä voidaan käyttää mikäli jostain syystä näytettä ei voida ottaa nenänielusta tai nenästä ja se jäisi muuten ottamatta.

Näytteenoton jälkeen tikkua pyöritellään 6 kierrosta näyteputkessa siten, että harjaosa ottaa kiinni näyteputken pohjaan/reunoihin. Näin näyte irtoaa tikun harjaosasta mahdollisimman hyvin nesteeseen.
Tikkua poistettaessa harjaosaa painetaan kevyesti putken reunaa vasten nestepinnan yläpuolella tikun nestetipan poistamiseksi. Poista tikku putkesta, varo että näyte ei roisku. Tikku hävitetään riskijätteisiin. Näytteenottoputken korkki kierretään napakasti kiinni.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näytteenoton jälkeen varmistetaan, että näyteputken korkki on tiiviisti suljettu ja että näyteputkessa on näytetarra. Tämän jälkeen näyteputki laitetaan 50 ml suojaputkeen esim. Falcon-putkeen tai minigrip-pussiin.

Näytettä voi säilyttää lyhytaikaisesti huoneenlämmössä (korkeintaan 4 h).

Näytteet lähetetään Fimlabiin normaaleita kuljetusreittejä käyttäen kylmäkuljetuksena (jääkaappilämpötila +2°C…+8°C).

TAYS:n Kaupin kampuksella otetut näytteet tulisi ensisijaisesti lähettää Fimlabin keskuslaboratorioon näytekäsittely-työpisteeseen putkipostilla (osoite 30 tai 32).

Näyte säilyy jääkaappilämpötilassa 3 vrk.

Menetelmä

Viruksen RNA:n osoittaminen reaaliaikaisella käänteiskopiointi-polymeraasiketjureaktiomenetelmällä (RT-PCR).

Tulos valmiina

Tulos saadaan pääsääntöisesti kahden vuorokauden sisällä.

Tulkinta

Normaalisti negatiivinen.

SARS-CoV-2 nukleiinihapon löytyminen on merkki ko. viruksen aiheuttamasta infektiosta. Huom. toisinaan SARS-CoV-2:n nukleiinihappoa saattaa löytyä PCR-menetelmällä näytteestä jopa viikkoja kliinisten oireiden parannuttua.