Johdanto

COVID-19 (Coronavirus disease 2019) on uuden tyyppisen koronaviruksen aiheuttama tauti, joka ensimmäistä kertaa havaittiin Kiinassa vuoden 2019 lopulla ja joka on sittemmin levinnyt pandemiaksi. Kyseinen koronavirus, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), on vaipallinen virus, jolla on yksisäikeinen RNA geneettisenä materiaalina. Virus aiheuttaa laajan skaalan hengitystieinfektioita hyvin lievästä flunssatyyppisestä taudista vakaviin, henkeä uhkaaviin keuhkokuumeisiin ja happeutumishäiriöihin.

Viruksen olemassaolo potilaassa voidaan todeta todentamalla viruksen RNA:ta hengitysteiden näytteistä käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä.

Indikaatiot

COVID-19 tautia aiheuttavan viruksen toteaminen ylemmistä tai alemmista hengitysteistä.

Näytteet otetaan lääkärin määrääminä THL:n sekä sairaanhoitopiirin ohjeistukset ja suositukset huomioon ottaen. Ohjeistettuja varotoimia on noudatettava.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Sähköinen tutkimuspyyntö (ensisijainen) tai yleislähete.

HUOM: Tutkimus 26466 -NCovNhO on erillis-PCR-tutkimus ja on käytössä Pirkanmaalla, Keski-Suomessa, Päijät-Hämeessä, Vaasassa ja Kanta-Hämeessä paikallisen ohjeistuksen mukaisesti erikoissairaanhoidon harkinnan mukaan.

HUOM: Tutkimus 23077 -RMikNhO on käytössä Kanta-Hämeessä, Päijät-Hämeessä ja Vaasassa ja pyydetään infektiolääkärin harkinnan mukaan.

HUOM: Muille respiratorisille NhO-tutkimuksille on otettava oma näyte ja tehtävä oma pyyntö sekä ensisijaisesti käytettävä UTM- tai ESwab-putkia. Niitä ei tehdä COVID-näytteestä!

Näyteastia

Ensisijaiset:

Cobas PCR Media Kit-kuljetusputki sekä taipuisa- tai jäykkävartinen nukkatikku. (Huom. tämä putki vain tutkimukselle 6466)

Vacuette 2ml Virus stabilization tube ref. 456162 sekä taipuisa- tai jäykkävartinen nukkatikku.

Toissijaiset:

COPAN ESwab-kuljetusputkikitti: 482CE, sininen korkki, kirkas liuos ja taipuisavartinen COPAN-nukkatikku.

COPAN ESwab-kuljetusputkikitti: 490CE, vaaleanpunainen korkki, kirkas liuos ja jäykkävartinen COPAN-nukkatikku.

COPAN UTM-RT MINI -kuljetusputki 3ml (353C, kirkkaanpunainen korkki, punertava liuos) ja erillinen taipuisavartinen nukkatikku tai jäykkävartinen nukkatikku. (ensisijainen Kanta-Hämeen 23077 tutkimukselle)

Vaihtoehtoisesti voidaan käyttää myös muita laboratorion hyväksymiä nukkatikkuja ja kuljetusputkia.

HUOM! Kiinalaisvalmisteinen oranssikorkkinen (BIOER) putki ja Cobas PCR Media putki soveltuu ainoastaan tutkimukselle 6466.

TAYS: Näytteenottovälineitä on saatavilla  poliklinikkalaboratorion näytehuoneesta 1.012/K. TAYS:n henkilökunta pääsee huoneeseen kulkunapilla ympäri vuorokauden. COPAN UTM-RT MINI -kuljetusputkia ja erillisiä nukkatikkuja on ovelta katsoen oikealla kylmäkaapissa (2. hylly).

Otettaessa BAL-, yskös- tai imulimanäytteitä, käytetään niiden omia näyteastioita.

Muihin toimipisteisiin näytteenottovälineitä voi tilata Fimlabin materiaalipalvelusta (p.03-311 76570, tai materiaalit@fimlab.fi). Kiirellisessä tapauksessa näytteen voi ottaa dacrontikulla steriiliin 10 ml korkilliseen näyteputkeen, johon on lisätty 1 ml steriiliä keittosuolaa (0.9 % NaCl).

Päijät-Häme: Näytteenottovälineitä tilataan keskusvarastosta paikallisen ohjeistuksen mukaisilla koodeilla.

Näyte

Nenänielu on ensisijainen näytteenottokohta. Mikäli näytettä ei voida ottaa nenänielusta, voidaan näyte ottaa nenästä. Näyte voidaan ottaa myös nielusta mikäli näyte muuten jäisi kokonaan ottamatta (lääketieteellinen syy, potilaan ehdoton kieltäytyminen muusta näytteenotosta), mutta lähtökohtaisesti näyte otetaan nenänielusta tai nenästä. Näytteenottaja voi oman harkintansa mukaan ottaa näytteen toissijaisesta näytteenottokohdasta (nenä, nielu).    

Näytteeksi tulee saada hengitystie-epiteelin soluja hankaamalla nukkatikkua hengitystien limakalvoon. Räkä ei ole hyväksyttävä näyte. Näytetikkua ei saa kostuttaa millään ennen näyttenottoa.

Nenänielun tikkunäyte: Kallista päätä taaksepäin. Näytteenottotikku työnnetään sieraimen kautta alaviistoon nenänpohjaa pitkin aikuisilla n. 10-12 cm syvyyteen ja alle 2-vuotiailla n. 6 cm syvyyteen (=nenänieluun). Älä käytä turhaa voimaa. Näytteeksi kerätään limakalvon soluja kiertämällä tikkua nenänielussa. Samalla tikulla voidaan kerätä näyte molemmista sieraimista, mikäli tikku on ensimmäisen käytön jälkeen pysynyt suhteellisen suorana. Näyte voidaan ottaa myös jäykällä tikulla huomioiden anatomian rajoitukset.

Nenän tikkunäyte: Näyte voidaan ottaa jäykällä tikulla molemmista sieraimista 2-3 cm:n syvyydestä, mikäli  näytettä nenänielusta ei voida jostain syystä ottaa. Myös vuotoherkillä näyte voidaan ottaa sieraimesta.

Nielun tikkunäyte: Nielunäyte otetaan jäykällä nukkatikulla hankaamalla kitakaaria kiertoliikkeellä. Tätä näytetyyppiä voidaan käyttää mikäli jostain syystä näytettä ei voida ottaa nenänielusta tai nenästä ja se jäisi muuten ottamatta.

Näytteenoton jälkeen tikkua pyöritellään 6 kierrosta näyteputkessa siten, että harjaosa ottaa kiinni näyteputken pohjaan/reunoihin. Näin näyte irtoaa tikun harjaosasta mahdollisimman hyvin nesteeseen.
Tikkua poistettaessa harjaosaa painetaan kevyesti putken reunaa vasten nestepinnan yläpuolella tikun nestetipan poistamiseksi.   Poista tikku putkesta, varo että näyte ei roisku. Tikku hävitetään riskijätteisiin. Näytteenottoputken korkki kierretään napakasti kiinni.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näytteenoton jälkeen varmistetaan, että näyteputken korkki on tiiviisti suljettu ja että näyteputkessa on näytetarra. Tämän jälkeen näyteputki laitetaan 50 ml suojaputkeen esim. Falcon-putkeen (ensisijainen) tai minigrip-pussiin (toissijainen).

Suojaputket/minigrip-pussit pakataan salpapussiin, jossa on hieman imeytysainetta  (esim. sellua). Näihin pusseihin voi laittaa useampia näytteitä myös eri potilaista.

Näytettä voi säilyttää lyhytaikaisesti huoneenlämmössä (korkeintaan 4 h).

Näytteet lähetetään Fimlabiin normaaleita kuljetusreittejä käyttäen kylmäkuljetuksena (jääkaappilämpötila +2°C…+8°C).

TAYS:n Kaupin kampuksella otetut näytteet tulisi ensisijaisesti lähettää Fimlabin keskuslaboratorioon näytekäsittely-työpisteeseen putkipostilla (osoite 30 tai 32).

Näytteitä voi myös kerätä päivän aikana useampia, säilyttäen niitä jääkaapissa, ja lähettää kerran päivässä kylmäkuljetuksena. Silloin kun oma paikallinen laboratorio ei ole auki, voidaan näytteet lähettää esim. taksilla hyvin pakattuna kylmään kerran päivässä Fimlabin keskuslaboratorioon Tampereelle.

Näyte säilyy jääkaappilämpötilassa 3 vrk.

Menetelmä

Viruksen RNA:n osoittaminen reaaliaikaisella käänteiskopiointi-polymeraasiketjureaktiomenetelmällä (RT-PCR) ja spesifisillä koettimilla.

Tulos valmiina

Tulos saadaan pääsääntöisesti kahden vuorokauden sisällä.

Tulkinta

Normaalisti negatiivinen.

COVID-19 -tautia aiheuttavan viruksen (SARS-CoV-2) nukleiinihapon löytyminen on merkki ko. viruksen aiheuttamasta infektiosta.

Lisätiedot

Kanta-Häme: Tutkimuksessa 23077 -RMikNhO todetaan lisäksi seuraavat hengitystieinfektioita aiheuttavat virukset: influenssa A ja sen alatyypit H1N1/2009, H1 ja H3, influenssa B, koronavirustyypit 229E, HKU1, NL63 ja OC43 sekä uusi koronavirus SARS-CoV-2, parainfluenssavirukset 1-4, Respiratory Syncytial Virus (RSV) A/B, humaani Metapneumovirus A/B, Adenovirus, Bocavirus, Rhinovirus/Enterovirus, sekä seuraavat hengitystieinfektioita aiheuttavat bakteerit: Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila ja Bordetella pertussis.

Päijät-Häme: Tutkimuksessa 23077 -RMikNhO todetaan lisäksi seuraavat hengitystieinfektioita aiheuttavat virukset: influenssa A ja sen alatyypit H1-2009, H1 ja H3, influenssa B, koronavirustyypit 229E, HKU1, NL63, OC43 ja MERS-CoV sekä uusi koronavirus SARS-CoV-2, parainfluenssavirukset 1-4, Respiratory Syncytial Virus (RSV) A/B, Human Metapneumovirus, Adenovirus, Human Rhinovirus/Enterovirus, sekä seuraavat hengitystieinfektioita aiheuttavat bakteerit: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Bordetella pertussis ja Bordetella parapertussis.