Johdanto

Eksomisekvensointitutkimus (Whole Exome Plus) sisältää kaikkien noin 20 000 geenin proteiinia koodaavien alueiden sekvensoinnin lisäksi deleetio/duplikaatioanalyysin, minkä avulla määritetään mahdolliset geenien kopiolukumuutokset (CNV – Copy Number Variants). Tutkimus sisältää myös noin 1500:n intronien (ei proteiinia koodaava alue) alueella sijaitsevan tunnettujen tautia aiheuttavian varianttien määrittämisen.

Tiedustelut

Fimlab asiakaspalvelu ja neuvonta, puh 03-31177800

Sairaalageneetikot, puh 03-311 74768, 050-3476382

Genetiikan laboratorio, puh 03-311 75809

 

Indikaatiot

Perimän koodaavien alueiden (eksonien) sekvensointi, kun potilaan diagnoosi on avoin. Epäily geneettisestä sairaudesta, kun kohdennettu tutkimus ei esimerkiksi taudin heterogeenisyyden vuoksi ole tarkoituksenmukaista.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Lähetetietoihin kirjataan selkeästi kysymyksenasettelu ja kliiniset oireet mahdollisimman yksityiskohtaisesti.

Pyyntöön tulee kirjoittaa lääkärin nimi ja yhteystiedot lisätietojen pyytämistä varten.

Lisäksi eksomisekvensointipyynnön yhteydessä tulee täyttää tutkimuksen tekopaikan suostumuslomake esim.  ’Tietoon perustuva suostumus -eksomisekvensointi’ tai  ’Tietoon perustuva suostumus -eksomisekvensointi 2’, mikä toimitetaan näyteputken yhteydessä Fimlabin genetiikan laboratorioon.

Näyteastia

9 ml EDTA-putki.

Näyte

EDTA-verinäyte 9 ml. Poikkeustilanteissa (esim. pienet lapset) 3 ml  EDTA-verta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näyte toimitetaan huoneenlämpöisenä Fimlabin genetiikan laboratorioon tampereelle. Tarvittaessa viikonlopun yli säilytys jääkaapissa

Menetelmä

NGS (next generation sequencing) sisältäen sekvensoinnin ja kopiolukuanalyysin (CNV).

Tulos valmiina

8-10 viikon kuluttua näytteen lähettämisestä.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausuntomuotoinen vastaus. Alihankintalaboratorion vastauksesta kirjoitetaan lyhyt suomenkielinen yhteenveto ja alkuperäinen vastaus on kokonaisuudessaan nähtävissä WebFimlab-palvelun tulosnäkymässä. PSHP:n ulkopuoliset asiakkaat saavat vastaukset joko HL7-yhteyden kautta tai paperivastauksina.

Analyysi kohdennetaan ensisijaisesti kliinisesti merkittävälle kohdealueelle (OMIM-geenit) ja geeneihin, jotka saatujen esitietojen perusteella mahdollisesti liittyvät potilaan kliiniseen ilmiasuun ja oirekuvaan. Tästä syystä potilaan kliiniset oireiden ja erityispiirteiden toimittaminen lähetetekstissä on ensiarvoisen tärkeää.

Mahdolliset geenimuutokset ja niiden merkitys  arvioidaan ja muutokset luokitellaan ACMG-kriteereihin perustuvalla viisiportaisella luokittelulla (5. patogeeninen, 4. todennäköisesti patogeeninen, 3. VUS = kliiniseltä merkitykseltään avoin (variant of unknown significance), 2. todennäköisesti harmiton ja 1. harmiton). Potilaan esitiedoissa ilmoitettuun ilmiasuun mahdollisesti sopivat patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset ja kliiniseltä merkitykseltään avoimet variantit (VUS) raportoidaan.

Eksomisekvensoinnissa saatata tulla esiin sivulöydöksiä, millä voi olla kliinistä merkitystä. Tutkittavan niin toivoessa (kysymys asiasta suostumuslomakkeella), analysoidaan myös ACMG SF v3.0 -sivulöydöslistan geenit, ja lausunnossa raportoidaan sellaiset muutokset, jotka voidaan selvästi luokitella patogeenisiksi tai todennäköisesti patogeenisiksi.