Indikaatiot
Suolistoinfektion epäily erityisesti matkailijoilla ja pakolaisilla, myös epäselvien suolisto-oireiden laaja-alainen etiologinen selvittely.
Lähete/tutkimuksen tilaaminen
Tämä tutkimus on tarkoitettu suolisto-oireiden laaja-alaiseen etiologiseen selvittelyyn. Jos epäillään vain tiettyä ulostepatogeeniä tai epidemiaa, tulee tilata ko. patogeenille sopiva tutkimus ja tarvittaessa soittaa laboratorioon asianmukaisen tutkimuksen valitsemiseksi (esim. Yersinia pseudotuberculosis ei kuulu tähän tutkimuspakettiin).
Näyteastia
Copan FecalSwabTM-kuljetusputki ja nukkatikku.
Näyte
Näytettä otetaan erityisesti ulosteen limaisista tai veristä kohdista. Näyte otetaan ripuliulosteesta kastamalla nukkatikun pää ulosteeseen tai hieman kiinteämmästä ulosteesta pyöräyttämällä maksimissaan 1 cm nukkatikun kärkiosasta ulosteessa. Nukkatikkua pyöritellään FecalSwab-putkessa, jotta saadaan tikussa oleva uloste liukenemaan kuljetusnesteeseen, minkä jälkeen nukkatikku poistetaan putkesta.
Huom! Ulostetta ei saa laittaa putkeen liikaa. Putken nesteen värin tulisi muuttua vaalean ruskeaksi, mutta vesiripulissa nesteen väri saattaa jäädä hyvin vaaleaksi. Kts. kuva. Nukkatikkua ei jätetä putkeen. Putki suljetaan huolellisesti. Tarkempi ohjeistus potilaalle löytyy ohjeesta ”Ulosteen bakteerien nukleiinihaponosoitus (F-BaktNhO), näytteenotto-ohje”.
Kuva 1. Sopiva näytemäärä
1: Sopiva näytemäärä: vain vesiripuliuloste (muussa tapauksessa ei riittävä)
2-3: Sopiva näytemäärä: kiinteä/löysä/ripuliuloste
4-5: Liian suuri näytemäärä
Huom! Sopiva näytemäärä ei käytännössä lisää putken alkuperäistä nestetilavuutta.
Näytepurkki tulee sulkea huolellisesti ja purkin pinta desinfioidaan, jos se kontaminoituu ulosteella. Purkki pakataan suljettavaan muovipussiin.
Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely
Tiiviisti suljettu näyteputki lähetetään muovipussiin pakattuna. Kiireelliset näytteet voi lähettää laboratorioon putkipostilla, jolloin korkin tiiviys on varmistettava.
Näyte voidaan lähettää huoneenlämpöisenä ja säilyttää max. 3 vrk jääkaappilämpötilassa. Pidempiaikainen säilytys ad 1kk pakastettuna (-20°C); pakastus kuitenkin heikentää mahdollisen jatkoviljelyn herkkyyttä.
Menetelmä
Menetelmä moniosoitustestipaneeli (multiplex), joka perustuu reaaliaikaiseen polymeraasiketjureaktioon (RT-PCR). Menetelmällä voidaan ulostenäytteestä osoittaa suolistoinfektioita aiheuttavia viruksia, bakteereita ja parasiittejä.
Tutkimus tunnistaa seuraavat suolistopatogeenit:
Entamoeba histolytica
Cryptosporidium spp.
Giardia lamblia
Cyclospora cayetanensis
Vibrio vulnificus
Vibrio parahaemolyticus
Vibrio cholerae
Campylobacter spp. (sis. C. jejuni, C. upsaliensis, C. coli)
Salmonella spp.
Clostridioides difficile (tcdA/tcdB)
Yersinia enterocolitica
Enterotoksigeeninen E. coli (ETEC)
Enteropatogeeninen E. coli (EPEC)
Enteroaggregatiivinen E. coli (EAEC)
Shigan kaltaista toksiinia tuottava E. coli (STEC [enterohemorraginen E. coli])
Shiga-toksiinia tuottava E. coli (STEC) -serotyyppi O157:H7
Enteroinvasiivinen E. coli (EIEC)/Shigella
Plesiomonas shigelloides
Ihmisen adenovirus F40/F41
Norovirus GI ja GII
Rotavirus A
Astrovirus
Sapovirus GI, GII, GIV ja GV
Tietyt positiiviset bakteerilöydökset (Salmonella spp., Campylobacter spp., Yersinia enterocolitica, E. coli STEC/EHEC ja EIEC/Shigella) varmistetaan viljelyllä Tampereen keskuslaboratoriossa. Viljelyn jälkeen positiivisille löydökselle tehdään herkkyystutkimus, ei kuitenkaan E. coli STEC/EHEC-kannoille.
Tulos valmiina
Tutkimusta tehdään ma-su mikrobiologian laboratorion aukioloaikoina.
PCR-tulos vastataan samana tai seuraavana päivänä näytteen saapumisesta laboratorioon.
Jatkoviljelyn tulos valmistuu noin viikon sisällä PCR-tuloksesta.
Viiteväli
Negatiivinen
Tulkinta
Positiivinen lopullinen tulos viittaa vastauksessa mainitun ulostepatogeenin aiheuttaman infektioon. Patogeenilöydös ilmoitetaan vastauksessa. Negatiivinen tulos ei välttämättä sulje pois infektiota, varsinkaan jos näytettä ei ole saatu otettua optimaalisesti tai jos näytettä ei ole säilytetty ohjeen mukaisesti.
Tietyt bakteerilöydökset (Salmonella spp., Campylobacter spp., Yersinia enterocolitica, E. coli STEC/EHEC ja EIEC/Shigella) varmistetaan viljelyllä. Viljelyn jälkeen positiivisille löydökselle tehdään herkkyystutkimus, ei kuitenkaan E. coli STEC/EHEC-kannoille. Jatkoviljelyn tulos ja herkkyystulokset valmistuu viikon sisällä.
Tutkimuksen rajoitteet: Tutkimus ei huomioi Y. enterocolitican patogeeniominaisuuksia, eikä tunnista Y. pseudotuberculosista. Tutkimus ei erottele Shigellaa ja EIEC:iä toisistaan.