Johdanto

SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus-2), influenssa A-, influenssa B- ja respiratory syncytial (RS)- virukset voivat aiheuttaa akuutteja hengitystieinfektioita. Näiden virusten aiheuttamia infektioita on vaikea erottaa taudinkuvan perusteella toisistaan, mutta virusten olemassaolo potilaassa voidaan todeta tunnistamalla kyseisten virusten RNA:ta hengitystienäytteistä käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä, joka tässä tutkimuksessa voidaan tehdään samanaikaisesti kaikkien kohdevirusten osalta. 

Indikaatiot

SARS-CoV-2, influenssa A-, influenssa B- ja RS -virusinfektioiden diagnostiikka.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Sähköinen tutkimuspyyntö (ensisijainen) tai yleislähete.

Pohjanmaa: Tutkimus on aluksi tilattavissa vain Vaasan keskussairaalassa. 

Näyteastia

Kanta-Häme, Keski-Suomi, Pirkanmaa, Pohjanmaa ja Päijät-Häme :  

• Ensisijainen näyteastia: COPAN UTM-RT MINI -kuljetusputki 3ml (353C, kirkkaanpunainen korkki, punertava liuos) ja erillinen taipuisavartinen nukkatikku tai jäykkävartinen nukkatikku. 

• COPAN ESwab-kuljetusputkikitti: 482CE, sininen korkki, kirkas liuos ja taipuisavartinen COPAN-nukkatikku.
• COPAN ESwab-kuljetusputkikitti: 490CE, vaaleanpunainen korkki, kirkas liuos ja jäykkävartinen COPAN-nukkatikku.
• Vacuette 2ml Virus stabilization tube ref. 456162 sekä taipuisa- tai jäykkävartinen nukkatikku.

Näyte

Näyte otetaan nenänielusta tai sieraimesta. 

Näyte voidaan ottaa myös nielusta mikäli näyte muuten jäisi kokonaan ottamatta (lääketieteellinen syy, potilaan ehdoton kieltäytyminen muusta näytteenotosta), mutta lähtökohtaisesti näyte otetaan nenänielusta tai nenästä. Näytteenottaja voi oman harkintansa mukaan valita näytteenottokohdan.    

Näytteeksi tulee saada hengitystie-epiteelin soluja hankaamalla nukkatikkua hengitystien limakalvoon. Räkä ei ole hyväksyttävä näyte. Näytetikkua ei saa kostuttaa millään ennen näyttenottoa.

Nenänielun tikkunäyte: Kallista päätä taaksepäin. Näytteenottotikku työnnetään sieraimen kautta alaviistoon nenänpohjaa pitkin aikuisilla n. 10-12 cm syvyyteen ja alle 2-vuotiailla n. 6 cm syvyyteen (=nenänieluun). Älä käytä turhaa voimaa. Näytteeksi kerätään limakalvon soluja kiertämällä tikkua nenänielussa. Samalla tikulla voidaan kerätä näyte molemmista sieraimista, mikäli tikku on ensimmäisen käytön jälkeen pysynyt suhteellisen suorana. Näyte voidaan ottaa myös jäykällä tikulla huomioiden anatomian rajoitukset.

Nenän tikkunäyte: Näyte voidaan ottaa jäykällä tikulla molemmista sieraimista 2-3 cm:n syvyydestä, käännä näytetikkua sieraimen seinämää vasten 3 sekuntia samalla, kun painat sierainta ulkopuolelta sormella. Myös vuotoherkillä näyte voidaan ottaa sieraimesta.

Nielun tikkunäyte: Nielunäyte otetaan jäykällä nukkatikulla hankaamalla kitakaaria kiertoliikkeellä. Tätä näytetyyppiä voidaan käyttää mikäli jostain syystä näytettä ei voida ottaa nenänielusta tai nenästä ja se jäisi muuten ottamatta.

Näytteenoton jälkeen tikkua pyöritellään 6 kierrosta näyteputkessa siten, että harjaosa ottaa kiinni näyteputken pohjaan/reunoihin. Näin näyte irtoaa tikun harjaosasta mahdollisimman hyvin nesteeseen.

Tikkua poistettaessa harjaosaa painetaan kevyesti putken reunaa vasten nestepinnan yläpuolella tikun nestetipan poistamiseksi. Poista tikku putkesta, varo että näyte ei roisku. Tikku hävitetään riskijätteisiin. Näytteenottoputken korkki kierretään napakasti kiinni.

Myös BAL-, yskös- ja imulimanäytteitä voidaan tutkia, mutta ne eivät ole validoituja näytelaatuja, joten mahdolliset negatiiviset tulokset eivät ole täysin luotettavia.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näytteenoton jälkeen varmistetaan, että näyteputken korkki on tiiviisti suljettu ja että näyteputkessa on näytetarra. Tämän jälkeen näyteputki laitetaan sekundaariastiaan esim. 50ml Falcon-putkeen tai salpa-pussiin (minigrip tms.).

Suojaputket/salpa-pussit pakataan isompaan salpapussiin, jossa on hieman imeytysainetta  (esim. sellua). Näihin pusseihin voi laittaa useampia näytteitä myös eri potilaista.

Näytettä voi säilyttää lyhytaikaisesti huoneenlämmössä (korkeintaan 4 h) ja jääkaappilämpötilassa 3 vrk.

Näytteet lähetetään Fimlabiin normaaleita kuljetusreittejä käyttäen kylmäkuljetuksena (jääkaappilämpötila +2°C…+8°C).

Näytteitä voi myös kerätä päivän aikana useampia, säilyttäen niitä jääkaapissa, ja lähettää kerran päivässä kylmäkuljetuksena. 

TAYS: Kaupin kampuksella otetut näytteet tulisi ensisijaisesti lähettää Fimlabin keskuslaboratorioon näytekäsittely-työpisteeseen putkipostilla (osoite 30 tai 32).

Menetelmä

SARS-CoV-2-, A-influenssa-, B-influenssa- ja RS-virusten RNA:n osoittaminen samanaikaisesti reaaliaikaisella käänteiskopiointi-polymeraasiketjureaktiomenetelmällä (RT-PCR) ja spesifisillä koettimilla.

Tulos valmiina

Tulos saadaan pääsääntöisesti samana tai seuraavana päivänä.

Pohjanmaa: Näytteet analysoidaan myös päivystysaikana.

Viiteväli

Normaalisti negatiivinen.

Tulkinta

SARS-CoV-2, influenssa A-, influenssa B- ja RS-virusten nukleiinihapon löytyminen on merkki ko. virusten aiheuttamasta infektiosta. Huom. viruksen nukleiinihapon osoittaminen näytteestä ei kuitenkaan aina ole merkki akuutista/aktiivisesta infektiosta.

Lisätiedot

• Kliininen korrelointi potilashistorian ja muiden diagnostisten tietojen kanssa on välttämätöntä potilaan infektiostatuksen määrittämistä varten. Havaittu tekijä ei välttämättä ole sairauden ratkaiseva syy.
• Negatiiviset tulokset täytyy yhdistää kliinisiin havaintoihin, potilaan anamneesiin ja/tai epidemiologiseen tietoon.