Johdanto

Tällä nimikkeellä tilataan vain alihankintalaboratorio Medicover Geneticsin (MVZ Martinsried) trio eksomitutkimus.

Fimlab on kilpailuttanut laajemmat perinnöllisten sairauksien diagnostiikkaan käytettävät geenitestit. Pääasiallisena alihankintalaboratoriona näiden testien osalta käytetään 15.6.2023 alkaen Medicover Genetics (MVZ Martinsread) laboratoriota Fimlab | Medicover Genetics (medicover-genetics.com)

Eksomisekvensointitutkimus (Whole Exome Plus) sisältää kaikkien noin 20 000 geenin proteiinia koodaavien alueiden sekvensoinnin lisäksi deleetio/duplikaatioanalyysin, minkä avulla määritetään mahdolliset geenien kopiolukumuutokset (CNV – Copy Number Variants). Tutkimus sisältää myös intronien (ei proteiinia koodaava alue) alueella sijaitsevien tunnettujen tautia aiheuttavian varianttien määrittämisen.

Tiedustelut

Tutkimukseen liittyvät tilaus- ja hintatiedustelut Fimlabin toiminta-alueella:

Fimlab asiakaspalvelu ja neuvonta, puh 03-31177800

Genetiikan koordinaattori, puh 050-4702901

myynti@Fimlab.fi

Indikaatiot

Perimän koodaavien alueiden (eksonien) sekvensointi, kun potilaan diagnoosi on avoin. Epäily geneettisestä sairaudesta, kun kohdennettu tutkimus ei esimerkiksi taudin heterogeenisyyden vuoksi ole tarkoituksenmukaista.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Tutkimuksen tilaus tehdään kullakin toimialueella olevaan laboratorio- tai potilastietojärjestelmään. Lähetetietoihin kirjataan selkeästi:

a) potilaan kliiniset tiedot

b) tutkimusindikaatio

c) mahdolliset tarkennukset tutkimuspyyntöön eksomisekvensoinnin tulkintaa ajatellen

d) lähettävän lääkärin nimi

e) tieto että tutkimukseen on olemassa potilaan suostumus 

Eksomisekvensointitutkimuksia tilattaessa potilaalle ja trio eksomitutkimuksessa myös tutkittaville perheenjäsenille on annettava riittävä informaatio eksomisekvensointitutkimuksen luonteesta ja saatava potilaalta ja tutkittavilta perheenjäseniltä allekirjoitettu tietoon perustuva suostumuslomake tutkimukseen, mikä on avattavissa ja printattavissa tästä.  Lisäksi Fimlabille toimitetaan myös kliinisten lisätietojen lomake (avaa ja printtaa tästä) lisäkysymysten ja tarkempien kliinisten tietojen välittämiseksi alihankintalaboratorioon HPO (Human Phenotype Ontology) termein. Lomakkeet löytyvät myös Fimlabin ohjekirjasta kohdasta ”Lähetteet ja lomakkeet”. Täytetty ja allekirjoitettu suostumuslomake sekä kliinisten lisätietojen lomake toimitetaan FIMLABin Genetiikan laboratorioon joko faxilla 09-42578283, salatulla sähköpostilla osoitteeseen genetiikka@fimlab.fi tai viimeistään näyteputken yhteydessä.

Potilaan tutkimus tilataan kyseisellä näytenumerolla, mutta tutkimuskokonaisuuteen liittyvät vanhempien tutkimukset tilataan tutkimusnimikkeellä ”Kontrollinäyte sukulaisen sekvensointitutkimukseen” 92567 B -Kontr-D. Vanhempien lähetteisiin tulee merkitä maininta Trio eksomitutkimuksesta ja index-potilaan nimi ja syntymäaika. Myös vanhempien tutkimusten osalta tulee täyttää suostumuslomake.

Näyteastia

3/5 ml EDTA-putki, (sekä potilaan että vanhempien näytteille).

Näyte

EDTA-verinäyte 3 ml. Pienten lasten kohdalla minimimäärä 1 ml on riittävä.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näytteet toimitetaan huoneenlämpöisenä Fimlabin genetiikan laboratorioon tampereelle. Tarvittaessa viikonlopun yli säilytys jääkaapissa.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing) sisältäen sekvensoinnin ja kopiolukuanalyysin (CNV).

Tulos valmiina

Noin 4 viikon kuluttua näytteen lähettämisestä.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausuntomuotoinen vastaus. Alihankintalaboratorion vastauksesta kirjoitetaan lyhyt suomenkielinen yhteenveto ja alkuperäinen vastaus on kokonaisuudessaan nähtävissä WebFimlab-palvelun tulosnäkymässä. PSHP:n ulkopuoliset asiakkaat saavat vastaukset joko HL7-yhteyden kautta tai paperivastauksina.

Analyysi kohdennetaan ensisijaisesti kliinisesti merkittävälle kohdealueelle (OMIM-geenit) ja geeneihin, jotka saatujen esitietojen perusteella mahdollisesti liittyvät potilaan kliiniseen ilmiasuun ja oirekuvaan. Tulkinnan kannalta on välttämätöntä kuvata kliiniset esitiedot ja sukuhistoria mahdollisimman tarkasti. Analyysissä hyödynnetään HPO-termejä Human Phenotype Ontology. Näiden termien ilmoittaminen lähetteessä selkeästi varmistaa, että tulosten analyysissä käytetään potilaan sairauden kannalta keskeisiä tietoja. Tästä syystä eksomisekvensointitutkimuksia tilattaessa täytetään suostumuskaavakkeen lisäksi myös paperinen lähete tarkempien kliinisten tietojen välittämiseksi alihankintalaboratorioon HPO termein. 

Mahdolliset geenimuutokset ja niiden merkitys  arvioidaan ja muutokset luokitellaan ACMG-kriteereihin perustuvalla viisiportaisella luokittelulla (5. patogeeninen, 4. todennäköisesti patogeeninen, 3. VUS = kliiniseltä merkitykseltään avoin (variant of unknown significance), 2. todennäköisesti harmiton ja 1. harmiton). Potilaan esitiedoissa ilmoitettuun ilmiasuun mahdollisesti sopivat patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset ja kliiniseltä merkitykseltään avoimet variantit (VUS) raportoidaan.

Eksomisekvensoinnissa saattaa tulla esiin geenivariantti, joka ei ole yhteydessä tutkittavaan sairauteen. American College of Medical Genetics (ACMG) on suosituksissaan listannut geenejä, joiden sivulöydösten raportointia suositellaan laajempien sekvensointitutkimusten yhteydessä (www.acmg.net / ACMG SF v3.1 list for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing: A policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Näihin geeneihin liittyvät sairaudet tai sairastumisalttiudet ovat sellaisia, joissa seurannalla tai hoidolla saattaa olla merkitystä henkilön terveydentilaan. Tutkimuksen yhteydessä voidaan kliinisen harkinnan perusteella raportoida myös muita sivulöydöksiä, joilla on merkitystä henkilön terveydentilan kannalta (esimerkiksi korkean syöpäriskin aiheuttavat geenivariantit, joiden perusteella henkilölle voidaan tarjota jatkotoimenpiteitä). Sivulöydöksiä käsitellään tutkittavan allekirjoitetun suostumuksen mukaisesti ja tutkittavan niin toivoessa (kysymys asiasta suostumuslomakkeella) lausunnossa raportoidaan sellaiset muutokset, jotka voidaan selvästi luokitella patogeenisiksi tai todennäköisesti patogeenisiksi.