Johdanto
Laajalla tuumorigeenipaneelitutkimuksella määritetään kliinisesti merkittäviä DNA- ja RNA-muutoksia useasta sadasta geenistä samanaikaisesti. Tutkimus tehdään käyttäen Illumina TruSight Oncology 500 (TSO500) NGS-paneelia, jolla pystytään määrittämään somaattiset yhden nukleotidin muutokset ja pienet insertiot ja deleetiot (indel-muutokset) 523 geenistä, amplifikaatiot 59 geenistä, geenifuusiot 55 geenistä, vaihtoehtoisesti silmukoidut transkriptit (splice-muutokset) kolmesta geenistä ja genominlaajuiset markkerit tuumorimutaatiotaakka (TMB) ja mikrosatelliittiepästabiilisuus (MSI). NGS-menetelmä perustuu usean geenialueen samanaikaiseen sekvensointiin, jossa jokainen tutkittu alue sekvensoidaan lukuisia kertoja. Havaituista muutoksista suodatetaan pois tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat. Tulosten tulkinnan apuna käytetään bioinformatiikan työkaluja ja mutaatiotietokantoja, jotka sisältävät tietoa esimerkiksi muutosten merkityksestä syövässä, niihin yhdistetyistä täsmälääkkeistä ja kliinisistä lääketutkimuksista. Lausunnossa raportoidaan kliinisesti merkittävät (Tier I) ja mahdollisesti kliinisesti merkittävät (Tier II) muutokset ja niihin liittyvät täsmälääkkeet ja kliiniset lääketutkimukset. Lisäksi lausunnossa raportoidaan merkitykseltään epäselvät (Tier III) muutokset. Muutosten kliininen luokitus (Tier-luokitus) on kasvaintyyppispesifinen. TSO500 -paneeli soveltuu kiinteiden kasvainten mm. keuhkosyövän, kolorektaalisyövän ja melanooman hoidon suunnitteluun.
Synnynnäisen mutaation mahdollisuutta ei tällä tutkimuksella voida poissulkea. Jos potilaan sukutausta, varhainen sairastumisikä tai muu seikka viittaa perinnölliseen syöpään, tulee potilas ohjata perinnöllisyysneuvontaan.
Tiedustelut
Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03 311 77800
Indikaatiot
Pan-cancer geenipaneeli soveltuu useiden kiinteiden kasvainten tutkimiseen (mm. keuhkosyöpä, paksunsuolen syöpä, melanooma).
Geenipaneelilla voidaan selvittää erityyppisten syöpään liittyvien genomin muutosten kliinistä merkitystä, niihin liittyviä täsmälääkkeitä ja kliinisiä lääketutkimuksia.
Lähete/tutkimuksen tilaaminen
Tilataan tutkimusnumerolla: 23404 Ts-TuPa500
Mikäli halutaan vain DNA-tutkimus, se pyydetään tutkimusnumerolla: 23405 Ts-TSO500D
Mikäli halutaan vain RNA-tutkimus, se pyydetään tutkimusnumerolla: 23406 Ts-TSO500R
HUOM! Kun kyseessä on parafiiniblokista tehtävä tutkimus:
Pirkanmaa: JOTTA PYYNTÖ VÄLITTYY GENETIIKAN LABORATORIOON tulee WebFimlabissa vaihtaa Näytteenotto -kohtaan ”Näytteenotto heti, tarrojen tulostus”. Tarroja ei kuitenkaan tarvitse tulostaa laboratoriota varten.
Kanta-Häme: Ilmoitus genetiikan koordinaattorille pyynnöstä puh. 0504702901.
Päijät-Häme: Ilmoitus Päijät-Hämeen keskussairaalan laboratorion sihteerille, että pyyntö tehdään genetiikalla jo olevasta näytteestä, jotta siirtävät pyynnön genetiikalle näkyviin HL7-jonoon.
Pohjanmaa: Ilmoitus Vaasan laboratorion lähettämöön, että pyyntö tehdään genetiikalla jo olevasta näytteestä, jotta siirtävät pyynnön genetiikalle näkyviin HL7-jonoon.
Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy Fimlabin ohjekirjan Lähetteet-kansiosta (genetiikka-1.pdf (fimlab.fi).
Näyte
Parafiiniblokki ja HE-lasi. Tällöin patologi valitsee kudosblokista DNA ja/tai RNA-eristykseen kohdan, joka sisältää vähintään 20-30 % kasvainsoluja. Näytteestä eristetään genominen DNA ja/tai RNA, joita käytetään analyyseissa. Mikäli kasvainsoluja on alle 20-30 % tuloksen tulkinta vaikeutuu.
Koska muutosten kliininen luokitus on kasvaintyyppispesifinen, patologilta tarvitaan tieto potilaan kasvaintyypistä (kasvaintyyppi sanallisena ja numerokoodilla). Genetiikan laboratorio toimittaa tarvittaessa koodilistan kasvainten luokittelua varten.
Mikäli parafiiniblokit ovat Fimlabin patologialla, genetiikan laboratorio pyytää näytteen patologialta tutkimusta varten.
Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely
Parafiininäytteet lähetetään genetiikan laboratorioon huoneenlämmössä.
Menetelmä
NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi).
Tulos valmiina
Tulos valmistuu noin neljän viikon kuluttua näytteen saapumisesta genetiikan laboratorioon.
Tulkinta
Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnossa raportoidaan kliinisesti merkittävät (Tier I) ja mahdollisesti kliinisesti merkittävät (Tier II) muutokset ja niihin liittyvät täsmälääkkeet ja kliiniset lääketutkimukset. Lisäksi lausunnossa raportoidaan merkitykseltään epäselvät (Tier III) muutokset. Muutosten kliininen luokitus (Tier-luokitus) on kasvaintyyppispesifinen.
Lisätiedot
Tutkimus pitää sisällään sekä DNA- että RNA-tutkimuksen. DNA- ja -RNA tutkimus voidaan tilata myös yksittäisinä tutkimuksina. DNA-tutkimuksella määritetään geenien yhden nukleotidin muutokset, pienet indel-muutokset ja amplifikaatiot sekä genominlaajuiset markkerit eli tuumorimutaatiotaakka (TMB) ja mikrosatelliittiepästabiilisuus (MSI). RNA-tutkimuksella määritetään geenifuusiot ja vaihtoehtoisesti silmukoidut transkriptit (splice-muutokset).
Tilattuun tutkimukseen annetaan lyhyt yhteenvetovastaus laboratoriotietojärjestelmään. Yksityiskohtainen monisivuinen tulosraportti on saatavilla PDF-muodossa WebFimlabissa. Lyhyessä yhteenvetovastauksessa on ohje miten tulosraportti (pdf) on saatavissa, jos WebFimlabia ei ole käytössä.
Geenipaneelin sisältämät geenit:
ABL1, ABL2, ACVR1, ACVR1B, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX12B, ANKRD11, ANKRD26, APC, AR, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BTG1, BTK, C11orf30, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD274, CD276, CD74, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUX1, CXCR4, CYLD, DAXX, DCUN1D1, DDR2, DDX41, DHX15, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, E2F3, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, EML4, EP300, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZH2, FAM123B, FAM175A, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAT1, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HGF, HIST1H1C, HIST1H2BD, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3A, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HNF1A, HNRNPK, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INSR, IRF2, IRF4, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LMO1, LRP1B, LYN, LZTR1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K4, MAPK1, MAPK3, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MITF, MLH1, MLL, MLLT3, MPL, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MST1, MST1R, MTOR, MUTYH, MYB, MYC, MYCL1, MYCN, MYD88, MYOD1, NAB2, NBN, NCOA3, NCOR1, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, NUTM1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, PPARG, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRD, PTPRS, PTPRT, QKI, RAB35, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, RYBP, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SH2D1A, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG1, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STK11, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF7L2, TERC, TERT, TET1, TET2, TFE3, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TOP2A, TP53, TP63, TRAF2, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, U2AF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WISP3, WT1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, ZBTB2, ZBTB7A, ZFHX3, ZNF217, ZNF703, ZRSR2
Geenipaneeli: