Johdanto
Laajalla tuumorigeenipaneelitutkimuksella määritetään kliinisesti merkittäviä DNA- ja RNA-muutoksia useasta sadasta geenistä samanaikaisesti. Tutkimus tehdään käyttäen Illumina TruSight Oncology 500 (TSO500) NGS-paneelia, jolla pystytään määrittämään somaattiset yhden nukleotidin muutokset ja pienet insertiot ja deleetiot (indel-muutokset) 523 geenistä, amplifikaatiot 59 geenistä, geenifuusiot 55 geenistä, vaihtoehtoisesti silmukoidut transkriptit (splice-muutokset) kolmesta geenistä ja genominlaajuiset markkerit tuumorimutaatiotaakka (TMB) ja mikrosatelliittiepästabiilisuus (MSI). NGS-menetelmä perustuu usean geenialueen samanaikaiseen sekvensointiin, jossa jokainen tutkittu alue sekvensoidaan lukuisia kertoja. Havaituista muutoksista suodatetaan pois tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat. Tulosten tulkinnan apuna käytetään bioinformatiikan työkaluja ja mutaatiotietokantoja, jotka sisältävät tietoa esimerkiksi muutosten merkityksestä syövässä, niihin yhdistetyistä täsmälääkkeistä ja kliinisistä lääketutkimuksista. Lausunnossa raportoidaan kliinisesti merkittävät (Tier I) ja mahdollisesti kliinisesti merkittävät (Tier II) muutokset ja niihin liittyvät täsmälääkkeet ja kliiniset lääketutkimukset. Lisäksi lausunnossa raportoidaan merkitykseltään epäselvät (Tier III) muutokset. Muutosten kliininen luokitus (Tier-luokitus) on kasvaintyyppispesifinen. TSO500 -paneeli soveltuu kiinteiden kasvainten mm. keuhkosyövän, kolorektaalisyövän ja melanooman hoidon suunnitteluun.
Synnynnäisen mutaation mahdollisuutta ei tällä tutkimuksella voida poissulkea. Jos potilaan sukutausta, varhainen sairastumisikä tai muu seikka viittaa perinnölliseen syöpään, tulee potilas ohjata perinnöllisyysneuvontaan.
Tiedustelut
Fimlabin asiakaspalvelu puh. (03) 311 77800
Indikaatiot
Pan-cancer geenipaneeli soveltuu useiden kiinteiden kasvainten tutkimiseen (mm. keuhkosyöpä, paksunsuolen syöpä, melanooma).
Geenipaneelilla voidaan selvittää erityyppisten syöpään liittyvien genomin muutosten kliinistä merkitystä, niihin liittyviä täsmälääkkeitä ja kliinisiä lääketutkimuksia.
HRD-määritys ei toistaiseksi sisälly Ts-Tupa500 tutkimukseen. Mikäli halutaan kyseinen tutkimus, se tulee pyytää Ts-DNAmut -nimikkeellä (ATK-numero: 9827).
Lähete/tutkimuksen tilaaminen
Tilataan tutkimusnumerolla: 23404 Ts-TuPa500
Mikäli halutaan vain DNA-tutkimus, se pyydetään tutkimusnumerolla: 23405 Ts-TSO500D
Mikäli halutaan vain RNA-tutkimus, se pyydetään tutkimusnumerolla: 23406 Ts-TSO500R
HRD-määritys ei toistaiseksi sisälly Ts-Tupa500 tutkimukseen. Mikäli halutaan kyseinen tutkimus, se tulee pyytää Ts-DNAmut -nimikkeellä (ATK-numero: 9827).
HUOM! Kun kyseessä on parafiiniblokista tehtävä tutkimus:
Pirkanmaa: JOTTA PYYNTÖ VÄLITTYY GENETIIKAN LABORATORIOON tulee WebFimlabissa vaihtaa Näytteenotto -kohtaan ”Näytteenotto heti, tarrojen tulostus”. Tarroja ei kuitenkaan tarvitse tulostaa laboratoriota varten.
Kanta-Häme: Ilmoitus genetiikan koordinaattorille pyynnöstä puh. 0504702901.
Päijät-Häme: Ilmoitus Päijät-Hämeen keskussairaalan laboratorion sihteerille, että pyyntö tehdään genetiikalla jo olevasta näytteestä, jotta siirtävät pyynnön genetiikalle näkyviin HL7-jonoon.
Pohjanmaa: Ilmoitus Vaasan laboratorion lähettämöön, että pyyntö tehdään genetiikalla jo olevasta näytteestä, jotta siirtävät pyynnön genetiikalle näkyviin HL7-jonoon.
Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy Fimlabin ohjekirjan Lähetteet-kansiosta (genetiikka-1.pdf (fimlab.fi).
Näyte
Parafiiniblokki (FFPE) ja HE-lasi. Patologi valitsee parafiiniblokin, jossa tuumorisoluprosentti on vähintään 20-30 % (minimi noin 10 %). Mikäli kasvainsoluja on alle 20-30 % tuloksen tulkinta vaikeutuu. Mikäli kasvainsoluosuus on alle 20 %, näytteen mikrosatelliittien instabiliteettia (MSI) ei pystytä luotettavasti määrittämään. Ensisijaisesti suositellaan parafiinikudosblokkia, mutta tutkimus on mahdollista tehdä myös parafiinisolublokista. Tarvittaessa ja etenkin vanhojen parafiiniblokkien osalta suositellaan uuden HE-lasin tekemistä ennen tuumorisoluprosentin määrittämistä, jotta saadaan ajantasainen tieto näytteen tuumoriosuudesta. Näyteblokissa tulee olla silmämääräisesti katsottuna kudosta, ja Fimlab genetiikalle tulee välittyä tieto saako blokin käyttää loppuun. Jos kudoksen määrä blokissa on vähäinen, suositellaan vaihtoehtoisen blokin toimittamista ensisijaisen blokin kanssa. Jos tutkimukseen tarkoitettu näyteblokki on ainut, on suositeltavaa välittää myös siitä tieto Fimlab genetiikalle. Jos blokin saa käyttää loppuun, niin patologi voi merkitä blokista alueen tai muutamia eri alueita, joilla kasvainsoluja on riittävästi, kunhan merkatun alueen /alueiden koko on riittävä (minimissään 2-5 mm2). Merkatut alueet tulee pystyä paikantamaan vertaamalla näyteblokkia HE-lasiin. Tuumorisoluosuutta määritettäessä patologin tulee ottaa huomioon kaikki alueen tumalliset solut.
Dekalsifioitavien näytteiden osalta lähetetekstissä tulee olla tieto, että dekalsifiointiprosessissa pyydetään ottamaan huomioon, että näytettä tarvitaan genetiikan tutkimukseen.
Parafiiniblokista leikatuista leikkeistä tai punchatusta näytteestä eristetään Fimlab genetiikan laboratoriossa genominen DNA ja/tai RNA, joita käytetään tutkimukseen. Mikäli DNA:n ja/tai RNA:n määrä ei ole riittävä tai laatu ei täytä vaatimuksia, niin NGS-tutkimukseen ei edetä.
Koska muutosten kliininen luokitus on kasvaintyyppispesifinen, patologilta tarvitaan tieto potilaan kasvaintyypistä (kasvaintyyppi sanallisena ja numerokoodilla). Genetiikan laboratorio toimittaa tarvittaessa koodilistan kasvainten luokittelua varten.
Mikäli parafiiniblokit ovat Fimlabin patologialla, genetiikan laboratorio pyytää näytteen patologialta tutkimusta varten.
Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely
Parafiininäytteet lähetetään genetiikan laboratorioon huoneenlämmössä.
Menetelmä
NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi).
Tulos valmiina
Tulos valmistuu noin neljän viikon kuluttua näytteen saapumisesta genetiikan laboratorioon.
Tulkinta
Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnossa raportoidaan kliinisesti merkittävät (Tier I) ja mahdollisesti kliinisesti merkittävät (Tier II) muutokset ja niihin liittyvät täsmälääkkeet ja kliiniset lääketutkimukset. Lisäksi lausunnossa raportoidaan merkitykseltään epäselvät (Tier III) muutokset. Muutosten kliininen luokitus (Tier-luokitus) on kasvaintyyppispesifinen.
Lisätiedot
Tutkimus pitää sisällään sekä DNA- että RNA-tutkimuksen. DNA- ja -RNA tutkimus voidaan tilata myös yksittäisinä tutkimuksina. DNA-tutkimuksella määritetään geenien yhden nukleotidin muutokset, pienet indel-muutokset ja amplifikaatiot sekä genominlaajuiset markkerit eli tuumorimutaatiotaakka (TMB) ja mikrosatelliittiepästabiilisuus (MSI). RNA-tutkimuksella määritetään geenifuusiot ja vaihtoehtoisesti silmukoidut transkriptit (splice-muutokset).
Tilattuun tutkimukseen annetaan lyhyt yhteenvetovastaus laboratoriotietojärjestelmään. Yksityiskohtainen monisivuinen tulosraportti on saatavilla PDF-muodossa WebFimlabissa. Lyhyessä yhteenvetovastauksessa on ohje miten tulosraportti (pdf) on saatavissa, jos WebFimlabia ei ole käytössä.
Geenipaneelin sisältämät geenit:
ABL1, ABL2, ACVR1, ACVR1B, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX12B, ANKRD11, ANKRD26, APC, AR, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BTG1, BTK, C11orf30, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD274, CD276, CD74, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUX1, CXCR4, CYLD, DAXX, DCUN1D1, DDR2, DDX41, DHX15, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, E2F3, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, EML4, EP300, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZH2, FAM123B, FAM175A, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAT1, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HGF, HIST1H1C, HIST1H2BD, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3A, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HNF1A, HNRNPK, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INSR, IRF2, IRF4, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LMO1, LRP1B, LYN, LZTR1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K4, MAPK1, MAPK3, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MITF, MLH1, MLL, MLLT3, MPL, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MST1, MST1R, MTOR, MUTYH, MYB, MYC, MYCL1, MYCN, MYD88, MYOD1, NAB2, NBN, NCOA3, NCOR1, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, NUTM1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, PPARG, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRD, PTPRS, PTPRT, QKI, RAB35, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, RYBP, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SH2D1A, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG1, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STK11, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF7L2, TERC, TERT, TET1, TET2, TFE3, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TOP2A, TP53, TP63, TRAF2, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, U2AF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WISP3, WT1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, ZBTB2, ZBTB7A, ZFHX3, ZNF217, ZNF703, ZRSR2
Geenipaneeli: