Johdanto

Ulosteen bakteeripatogeenien laaja PCR-seulonta korvaa aiemmin käytössä olleet tutkimukset F -BaktVi1, F -EHEC ja F -CldTNhO (huom. F -CldTNhO on edelleen erikseen tilattavana Päijät-Hämeessä, Keski-Suomessa ja Pohjanmaalla). Tutkimuksella osoitetaan yleisimpien bakteerigastroenteriitin aiheuttajien nukleiinihappoa ja määrätyistä löydöksistä tehdään lisäksi jatkoviljely.

Indikaatiot

Ripulitaudin etiologian selvittely mukaanlukien EHEC bakteerin aiheuttamat infektiot ja Clostridioides difficilen aiheuttamat suolistoinfektiot.

Ruokamyrkytysten ja mahdollisten epidemioiden selvittelyissä on suositeltavaa pyytää myös tutkimus 3584 F-BaktVi3.

Huom. oireettoman potilaan salmonella-kantajuutta selviteltäessä tulee pyytää tutkimus 2608 F-SalmVi. 

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

ATK-pyyntö tai yleislähete. Lisätietoihin tulee kirjata oireet, edeltävät ulkomaan matkat ja mahdolliset epidemiatiedot.

Näyteastia

Deltaswab Cary-Blair, deltalab (304221KF, musta korkki). Pakkaus sisältää näytteenottoon tarvittavan nukkatikun. Näytteen voi ottaa myös Copan FecalSwab -putkeen (470CE, vihreä korkki). Näytteenottoputki säilytetään huoneenlämmössä ennen näytteenottoa.

Näyte

Näyte otetaan ripuliulosteesta kastamalla nukkatikun pää ulosteeseen tai hieman kiinteämmästä ulosteesta pyöräyttämällä maksimissaan 1 cm nukkatikun kärkiosasta ulosteessa. Nukkatikkua pyöritellään Fecal swab-putkessa, että saadaan tikussa oleva uloste liukenemaan putkeen. Huom! Ulostetta ei saa laittaa putkeen liikaa. Putken nesteen värin tulisi muuttua vaalean ruskeaksi, mutta vesiripulissa nesteen väri saattaa jäädä hyvin vaaleaksi. Kts. kuva. Nukkatikkua ei jätetä putkeen. Putki suljetaan huolellisesti. Tarkempi ohjeistus potilaalle löytyy ohjeesta ”Ulosteen bakteerien nukleiinihaponosoitus (F-BaktNhO), näytteenotto-ohje”.

 

Kuva 1. Sopiva näytemäärä
1: Sopiva näytemäärä: vain vesiripuliuloste (muussa tapauksessa ei riittävä)
2-3: Sopiva näytemäärä: kiinteä/löysä/ripuliuloste
4-5: Liian suuri näytemäärä
Huom! Sopiva näytemäärä ei käytännössä lisää putken alkuperäistä nestetilavuutta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näyte tulee säilyttää ja kuljettaa jääkaappilämpötilassa (2-8°C) . Näyte säilyy analyysikelpoisena 3 vrk:tta jääkaappilämpötilassa. Pidempiaikainen säilytys ad 1kk pakastettuna (-20°C); pakastus kuitenkin heikentää jatkoviljelyn herkkyyttä.

Menetelmä

Nukleiinihapon osoitus PCR-menetelmällä ja jatkoviljely selektiivisille elatusaineille.

Tutkimus sisältää nukleiinihappo-osoituksen alla listatuista bakteereista sekä *-llä merkityistä bakteereista lisäksi jatkoviljelyn tarkempaa lajimääritystä varten. Jatkoviljelypyyntö tehdään laboratoriosta käsin, mikäli nukleiinihapon osoituksessa löytyneen mikrobin tarkempi tunnistus vaatii sitä.

Shigella spp.*
Campylobacter spp.*
Yersinia enterocolitica*
Vibrio spp.*
Aeromonas spp.
Salmonella spp.*
C. difficile toksiini B
hypervirulentti C. difficile
enterohemorraaginen E. coli (EHEC)
enteroinvasiivinen E. coli (EIEC)
enteropatogeeninen E. coli (EPEC)
enterotoksigeeninen E. coli (ETEC)
enteroaggregatiivinen E. coli (EAEC)

Tulos valmiina

Tutkimusta tehdään arkipäivisin ma-pe. PCR-seulonnan tulos vastataan pääsääntöisesti seuraavana arkipäivänä näytteen saapumisesta Tampereen keskuslaboratorioon. Jatkoviljelyn tulos valmistuu viikon sisällä seulontatuloksesta.

Tulkinta

Positiivinen nukleiinihapon osoitus tarkoittaa, että näytteessä on kyseisen mikrobin nukleiinihappoa.

Salmonella ei kuulu ulosteen normaaliflooraan, joten positiivinen tulos on aina merkitsevä.

PCR-menetelmä ei erottele shigellaa ja enteroinvasiivista E. colia (EIEC) toisistaan. Kumpikaan ei kuulu ulosteen normaaliflooraan, joten positiivinen tulos on aina merkitsevä. Osa Shigella -löydöksistä tarkentuu jatkoviljelystä. Shigatoksiineja erittävä S. dysenteriae on aiheuttanut kehittyvissä maissa epidemioita, joihin on liittynyt vakavia tautimuotoja, mutta on nykyään erittäin harvinainen löydös.

Campylobacter colin, C. jejunin tai eräiden harvinaisempien Campylobacter -lajien löytyminen ulosteesta on merkitsevä.

Osa yersinioista on virulentteja, osa avirulentteja. PCR-menetelmällä todettu Y. enterocolitica johtaa näytteen jatkoviljelyyn ja virulenssitekijän määritykseen. PCR-menetelmä ei tunnista Suomessa ajoittain ruokavälitteisiä epidemioita aiheuttanutta Y. pseudotuberculosis -lajia, joten epidemiatilanteissa voi olla perusteltua pyytää myös tutkimus F -BaktVi3.

Clostridioides difficile aiheuttaa antibioottihoitoon liittyen joillakin potilailla taudinkuvaltaan vaihtelevaa suolistotautia lievästä ripulista vakavaan pseudomembranoottiseen koliittiin. Oireeton kantajuus on yleistä erityisesti lapsilla, joten löydös tulee suhteuttaa potilaan kliiniseen tilanteeseen.

Vibriot ovat yleisiä suolaisissa vesissä eläviä bakteereja ja osa niistä voi aiheuttaa tauteja ihmiselle esim. elintarvikkeiden välityksellä. V. cholerae -lajin koleravibriot voivat aiheuttaa ihmisessä voimakkaan vesiripulin eli koleran, jonka oireet johtuvat bakteerin erittämästä toksiinista. Huomioitavaa on, että toksiinia tuottamattomat V. cholerae-kannat eivät aiheuta koleraa ja osa PCR-seulonnassa todetuista vibrioista on muita vibriolajeja. Kolera on Suomessa erittäin harvinainen.

Aeromonaksen rooli suolistopatogeenina on osittain epäselvä, koska sitä esiintyy laajasti myös oireettomilla. Osan Aeromonas -lajeista on kuvattu aiheuttavan itsestään paranevaa vesiripulia, mutta vakavempiakin tauteja, kuten veriripulia on kuvattu. Löydös tulee suhteuttaa potilaan kliiniseen tilanteeseen.

Enterohemorraginen E. coli eli EHEC on shigatoksiinia (Stx1 ja/tai Stx2) tuottava E. coli-kanta. EHEC-infektion tavallisimmat oireet ovat verinen, kuumeeton ripuli ja vatsakrampit, mutta myös oireettomia infektiota esiintyy varsinkin aikuisilla. EHEC serotyyppi O157 on yleisin hemorragisen koliitin aiheuttaja, mutta myös muut EHEC-seroryhmän kannat (ns. EHEC non-O157 kannat) voivat aiheuttaa EHEC-infektion. Noin 5-10%:lle EHEC-tartunnan saaneista kehittyy hemolyyttis-ureeminen oireyhtymä eli HUS.

Menetelmä tunnistaa myös muita ripulia aiheuttavia E. coli -ryhmiä. Näistä ETEC, EAEC ja EPEC ovat yleisiä turistiripulin aiheuttajia. Huom. esimerkiksi EAEC ja EPEC voivat löytyä ulosteesta joskus pitkäänkin ulkomaanmatkan jälkeen ja myös oireettomia tartuntoja on kuvattu, joten ne eivät aina ole merkitseviä löydöksiä. On myös mahdollista, että osa EPEC- ja EAEC-tartunnoista on kotoperäisiä.  

Herkkyysmäärityksistä:

Salmonella-kannoille tehdään aina siprofloksasiini MIC-testi, ja mikäli herkkyys on alentunut, tehdään ja vastataan lisäksi kiekkoherkkyysmääritys. Jos salmonella-kanta on herkkä siprofloksasiinille, tehdään ja vastataan herkkyysmääritys vain pyydettäessä. Campylobacter-kantojen siprofloksasiiniherkkyys määritetään ja mikäli se on alentunut, vastataan herkkyysmääritykset (muulloin vain pyydettäessä). Yersinia- ja shigella-kannoille herkkyysmääritys tehdään vain pyydettäessä. Vibrio-kannoille herkkyysmääritys tehdään ja vastataan aina. Muille PCR-paneelin sisältämille bakteereille herkkyysmäärityksiä ei tehdä.

Soitettavat hälyttävät tulokset

Uusista EHEC-löydöksistä sekä Shigella/EIEC löydöksistä soitetaan. 

Virhelähteet

Koska testi on hyvin herkkä, riittää näytteeksi vain pieni määrä ulostetta. Ulosteen ylimäärä aiheuttaa testissä inhibitiota.

PCR-menetelmä ei tunnista Suomessa ajoittain ruokavälitteisiä epidemioita aiheuttanutta Y. pseudotuberculosis -lajia, joten epidemiatilanteissa voi olla perusteltua pyytää myös tutkimus F -BaktVi3.