Johdanto

Molekyylikaryotyypitys (MK), eli DNA-mikrosiruilla tapahtuva vertaileva genominen hybridisaatio (VGH, array-CGH, aCGH) on menetelmä, jolla voidaan selvittää genomin kopiolukumuutoksia (CNV) eli deleetioita ja duplikaatioita koko genomin alueella. Menetelmän erotuskyky on keskimäärin 50-200 kb, joten se on huomattavasti tarkempi kuin tavallinen kromosomitutkimus, jonka erotuskyky on noin 5-10 Mb (5,000 – 10,000 kb). Molekyylikaryotyypitys on selvästi tarkentanut kehityshäiriödiagnostiikkaa ja menetelmällä voidaan havaita sekä mikroskooppisia että submikroskooppisia kromosomimuutoksia, mukaan lukien kaikki tunnetut mikrodeleetio- ja mikroduplikaatio-oireyhtymät (esim. CATCH-22 -oireyhtymä). DNA-mikrosiruilla, joissa on CNV-oligojen lisäksi mukana SNP-oligoja, voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet sekä havaita mahdollinen uniparentaalidisomia (UPD) ja tarvittaessa selvittää havaitun muutoksen alkuperä. Toisin kuin tavallinen kromosomitutkimus, molekyylikaryotyypitys ei paljasta tasapainossa olevia rakenteellisia kromosomipoikkeavuuksia (translokaatio, inversio). Menetelmällä ei ole mahdollista osoittaa myöskään geenimutaatioita, ja matala-asteiset mosaikismit (alle 10 %) voivat jäädä havaitsematta.

Tiedustelut

Fimlabin asiakaspalvelu puh. (03) 311 77800

Indikaatiot

Menehtyneen sikiön geneettisten muutosten selvittely. Ennen molekyylikaryotyypityksen tekoa suositellaan poissulkemaan yleisimmät trisomiat TriNhO -tutkimuksella (keskeytyneet raskaudet Ts-TriNhO 92538).

Syntyneen yksilön kudosnäytteestä tehtävä molekyylikaryotyypitys silloin, kun halutaan tutkia ei-hematopoieettista kudosta. 

 

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Sähköinen pyyntö. Mikäli sähköistä pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Pyyntöön/lähetteeseen kirjataan kliiniset esitiedot ja menehtyneiden sikiöiden kohdalla raskauden kesto viikkoina ja haluttu tutkimus (molekyylikaryotyypitys). Lisäksi pyyntöön tulee merkitä kliinikon nimi ja puhelinnumero mahdollisten täydentävien tietojen pyytämistä varten.

Näyte

Faskianäyte: Maseroituneen sikiön tai kuolleen potilaan ihobiopsia otetaan raajasta ja preparoidaan samalla uloimpia lihaksia peittävää kalvoa. Ohutta kalvoa raaputetaan veitsen terällä 0,5 – 1 cm2 alalta.

Kuolleena syntyneen lapsen istukka (fetus mortus): Preparoidaan noin 1 cm3 normaalin näköistä istukkakudosta läheltä napanuoran insertiokohtaa.

Syntyneen yksilön ei-hematopoieettinen näyte: Ihobiopsia preparoidaan steriilisti spriillä puhdistetulta iholta. Puudutteena Emla-laastari tai Lidocain. Näyte n. 5 x 5 mm tai 6 mm stanssilla välttäen verikontaminaatiota.

Näytteet siirretään steriiliin näyteastiaan, jossa on ravintonestettä (RPMI) tai fysiologista keittosuolaliuosta. Tarvittaessa näyteastioita voi tilata puh. 050 4702901.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näytteet toimitetaan mahdollisimman nopeasti genetiikan laboratorioon. Poikkeustapauksissa, jos näytettä ei voida lähettää heti, näytettä sisältävää näyteastiaa voi säilyttää huoneenlämmössä valolta suojattuna 1-2 vrk ennen lähetystä.

Menetelmä

Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 50mer oligosirua (HumanCytoSNP-12 v2.1, Illumina), joka sisältää yli 300 000 (300K) CNV- ja SNP-oligonukleotidikoetinta kattaen n. 10 kb välein ihmisen koko genomin. Tutkittava DNA hybridisoidaan oligosirulle, jonka jälkeen oligoihin sitoutuneiden, fluorokromeilla värjättyjen alleelien luku- ja kopiomäärän intensiteetit mitataan laserskannerilla. Tulokset analysoidaan GenomeStudio- ja KaryoStudio-analysointiohjelmilla (Illumina). Intensiteettiarvot antavat tietojenkäsittelyn jälkeen graafisen kuvan, jossa nähdään mahdolliset genomin kopioluvun muutokset. Menetelmän erotuskyky on n. 50 kb sytogeneettisesti tunnetuilla tärkeillä alueilla ja n. 200 kb koko genomin alueella. Kopiolukumuutosten lisäksi menetelmällä voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet, mahdollinen UPD ja suhteellisen alhainen mosaikismi.

Tulos valmiina

Noin kahden kuukauden kuluessa näytteen saapumisesta laboratorioon. Kiireellisistä näytteistä on sovittava erikseen ja niistä peritään lisämaksu (vastausaika noin 10 työpäivää).

Tulkinta

Lausuntomuotoinen vastaus.

Tutkimuksessa havaittujen kopiolukumuutosten (CNV) tai uniparentaalidisomian tulkinnassa käytetään apuna eri tietokantoja, joiden avulla erotetaan normaalivariaatioon kuuluvat muutokset kliinisesti merkittävistä muutoksista. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan molekyylikaryotyyppi ja arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve.

Joskus tutkittavalla havaitun kopiolukumuutoksen tulkinta vaatii vanhempien näytteiden tutkimista. Myös UPD:n varmistamiseksi ja alkuperän selvittämiseksi tarvitaan näytteet molemmista vanhemmista SNP-genotyyppianalyysiä varten. Näissä tapauksissa kummankin vanhemman tutkimus tilataan erikseen nimikkeellä B -DNAmut (atk-numero 23371), ja sähköiseen pyyntöön tai lähetteeseen tulee merkitä alkuperäisen vastauksen NordLab-näytenumero (KM-alkuinen), mikäli se on tiedossa. Vanhempien tutkimuksista lähtee oma lausunto ja laskutus.

Lisätiedot

Ts-MKsyn -tutkimus on tarkoitettu jo syntyneen yksilön kudosnäytteille, esim. kuolleina syntyneet sikiöt.

Raskaudenaikaisten sikiönäytteiden molekyylikaryotyypitykset tehdään 9825 Am-DNAmut (lapsivesi) ja 9827 Ts-DNAmut (istukka) -pyynnöillä. Verinäytteestä tehtävä molekyylikaryotyypitys tilataan 6220 B -MKsyn pyynnöllä.