Johdanto

Tutkimuksessa tunnistetaan seuraavat mikrobit:

Entamoeba histolytica
Cryptosporidium spp.
Giardia lamblia
Cyclospora cayetanensis
Vibrio vulnificus
Vibrio parahaemolyticus
Vibrio cholerae
Campylobacter spp. (sis. C. jejuni, C. upsaliensis, C. coli)
Salmonella spp.
Clostridioides difficile (tcdA/tcdB)
Yersinia enterocolitica
Enterotoksigeeninen E. coli (ETEC)
Enteropatogeeninen E. coli (EPEC)
Enteroaggregatiivinen E. coli (EAEC)
Enterohemorraginen E. coli (EHEC)
Enterohemorraginen E. coli (EHEC) -serotyyppi O157:H7
Enteroinvasiivinen E. coli (EIEC)/Shigella
Plesiomonas shigelloides
Adenovirus F40/F41
Norovirus GI/GII
Rotavirus A
Astrovirus
Sapovirus GI, GII, GIV ja GV

Indikaatiot

Suolistoinfektion epäily kiireellisissä tilanteissa erityisesti Vaasan keskussairaalan potilailla tai esim. matkailijoilla ja pakolaisilla, myös epäselvien suolisto-oireiden laaja-alainen etiologinen selvittely.

Huom. Jos epäillään vain tiettyä ulostepatogeeniä tai epidemiaa, tulee tilata ko. patogeenille sopiva tutkimus (esim. Yersinia pseudotuberculosis ei kuulu tähän tutkimuspaneeliin).

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Sähköinen tutkimuspyyntö (tai paperilähete)

Näyteastia

Kuljetusnestettä sisältävä DeltaSwab Cary Blair-putki tai vaihtoehtoisesti tehdaspuhdas kierrekorkillinen ulostepurkki.

Näyte

Ulostenäyte kuljetusnestettä sisältävässä putkessa, näytteenotto:
Näyte otetaan ripuliulosteesta kastamalla nukkatikun pää ulosteeseen tai hieman kiinteämmästä ulosteesta pyöräyttämällä maksimissaan 1 cm nukkatikun kärkiosasta ulosteessa. Nukkatikkua pyöritellään DeltaSwab-putkessa, että saadaan tikussa oleva uloste liukenemaan putkeen. Huom! Ulostetta ei saa laittaa putkeen liikaa. Putken nesteen värin tulisi muuttua vaalean ruskeaksi, mutta vesiripulissa nesteen väri saattaa jäädä hyvin vaaleaksi, ks. kuva. Nukkatikkua ei jätetä putkeen. Putki suljetaan huolellisesti. 

Kuva 1. Sopiva näytemäärä
1: Sopiva näytemäärä: vain vesiripuliuloste (muussa tapauksessa ei riittävä)
2-3: Sopiva näytemäärä: kiinteä/löysä/ripuliuloste
4-5: Liian suuri näytemäärä
Huom! Sopiva näytemäärä ei käytännössä lisää putken alkuperäistä nestetilavuutta.

Ulostenäyte ulostepurkissa, näytteenotto:
Ulostenäytettä otetaan erityisesti ulosteen limaisista tai veristä kohdista. Näytepurkki tulee sulkea huolellisesti ja purkin pinta desinfioidaan, jos se kontaminoituu ulosteella. Purkki pakataan suljettavaan muovipussiin.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näyte tulee toimittaa laboratorioon nopeasti. Näyte säilytetään jääkaappilämpötilassa (2-8°C) ja kuljetetaan kylmäkuljetuksena laboratorioon. DeltaSwab Cary Blair-putkeen otettu näyte säilyy analyysikelpoisena 4 vrk:tta jääkaappilämpötilassa.

Tiiviisti suljettu ulostenäytepurkki lähetetään suljettavaan muovipussiin pakattuna.

Menetelmä

Menetelmä perustuu reaaliaikaiseen polymeraasiketjureaktioon (real time PCR). Menetelmällä voidaan osoittaa ulostenäytteestä suolistoinfektioita aiheuttavien virusten, bakteerien ja parasiittien nukleiinihappoa.

Tekotiheys

Tutkimusta tehdään mikrobiologian laboratorion aukioloaikoina (ma-su). 

Tulos valmiina

Samana tai seuraavana päivänä näytteen saapumisesta mikrobiologian laboratorioon.

Tulkinta

Positiivinen lopullinen tulos viittaa vastauksessa mainitun mikrobin nukleiinihapon löytymiseen ulosteesta. Mikrobilöydös ilmoitetaan vastauksessa. Negatiivinen tulos ei välttämättä sulje pois infektiota, varsinkaan jos näytettä ei ole saatu otettua optimaalisesti tai jos näytettä ei ole säilytetty ohjeen mukaisesti. Tutkimuksen tuloksia tulee tulkita kliinisen tilanteen mukaan ja huomioida, että osa tutkimuksen tunnistamista mikrobeista saattaa aiheuttaa myös oireetonta kantajuutta.

Tietyt bakteerilöydökset (Salmonella spp., Campylobacter spp., Yersinia enterocolitica, EIEC/Shigella, Vibrio cholerae) lähetetään jatkoviljelyyn Tampereen keskuslaboratorioon. Jatkoviljelyyn meneville kannoille tehdään herkkyysmäärityksiä mikrobikohtaisesti. Salmonella-kannoille tehdään aina siprofloksasiini MIC-testi, ja mikäli herkkyys on alentunut, tehdään lisäksi kiekkoherkkyysmääritys ja herkkyydet vastataan. Jos salmonella-kanta on herkkä siprofloksasiinille, tehdään ja vastataan herkkyysmääritys vain pyydettäessä. Campylobacter-kantojen siprofloksasiiniherkkyys määritetään ja mikäli se on alentunut, vastataan herkkyysmääritykset (muulloin vain pyydettäessä). Yersinia- ja shigella-kannoille herkkyysmääritys tehdään vain pyydettäessä. Vibrio-kannoille herkkyysmääritys tehdään ja vastataan aina. 

 

Tutkimuksen rajoitteet: Tutkimus ei huomioi Yersinia enterocolitican patogeeniominaisuuksia, eikä tunnista Y. pseudotuberculosista. Tutkimus ei erottele Shigellaa ja EIEC:iä toisistaan. Tutkimus ei erottele Norovirus GI ja GII toisistaan.