Johdanto

Tuumoridiagnostiikan käyttöön suunniteltu 32 geeniä kattava geenipaneeli soveltuu usean syöpätyypin keskeisimpien, hoitoon vaikuttavien geenimuutosten tutkimiseen. Paneelin geenivalikoima on suunnattu erityisesti keuhkosyövän, kolorektaalisyövän, melanooman, kolangiokarsinooman, ruoansulatuskanavan stroomatuumorin (GIST) ja kilpirauhassyövän tutkimiseen kattaen yli 80% ESCAT (ESMO Scale for Clinical Actionability of Molecular Targets) I luokan (ready for routine use) geeneistä.

Tutkimus kattaa SNV- (yhden emäksen muutokset), indel- (pienet insertiot ja deleetiot), CNV- (kopiolukumuutokset), geenifuusio- sekä MSI-analyysin seuraavasti:

* SNV/Indel: AKT1, ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, GNA11, GNAQ, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RET, ROS1, STK11, TP53.

** CNV: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, HRAS, KRAS, MET, NRAS, PIK3CA, RET, TP53.

*** Geenifuusiot: ALK, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NTRK1, RET, ROS1.

MSI: 36 markkeria

*, *** Liitteenä lisätietoa 

** Kopiolukumuutosten validointi on kesken

NGS-menetelmä perustuu usean geenialueen samanaikaiseen sekvensointiin, jossa jokainen tutkittu alue sekvensoidaan lukuisia kertoja. Havaituista muutoksista suodatetaan pois tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat. Tulosten tulkinnan apuna käytetään bioinformatiikan työkaluja ja mutaatiotietokantoja sekä CE-IVD serfifioitua Hedera Prime tietokoneohjelmisto, jotka antavat tietoa muutosten merkityksestä syövässä ja niihin yhdistetyistä täsmälääkkeistä.

Tiedustelut

Fimlabin asiakaspalvelu puh. (03) 311 77800

Indikaatiot

Geenipaneeli soveltuu useiden kiinteiden kasvainten tutkimiseen. Paneelin geenivalikoima on suunnattu erityisesti keuhkosyövän, kolorektaalisyövän, melanooman, kolangiokarsinooman, ruoansulatuskanavan stroomatuumorin (GIST) ja kilpirauhassyövän tutkimiseen.

Geenipaneelilla voidaan selvittää erityyppisten syöpään liittyvien genomin muutosten kliinistä merkitystä ja niihin liittyviä täsmälääkkeitä.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Tilataan tutkimusnumerolla: 23600 Ts-TuPa32

HUOM! Kun kyseessä on parafiiniblokista tehtävä tutkimus: 

Pirkanmaa: JOTTA PYYNTÖ VÄLITTYY GENETIIKAN LABORATORIOON tulee WebFimlabissa vaihtaa Näytteenotto -kohtaan ”Näytteenotto heti, tarrojen tulostus”. Tarroja ei kuitenkaan tarvitse tulostaa laboratoriota varten.

Kanta-Häme: Ilmoitus genetiikan koordinaattorille pyynnöstä puh. 0504702901.

Päijät-Häme: Ilmoitus Päijät-Hämeen keskussairaalan laboratorion sihteerille, että pyyntö tehdään genetiikalla jo olevasta näytteestä, jotta siirtävät pyynnön genetiikalle näkyviin HL7-jonoon.

Pohjanmaa: Ilmoitus Vaasan laboratorion lähettämöön, että pyyntö tehdään genetiikalla jo olevasta näytteestä, jotta siirtävät pyynnön genetiikalle näkyviin HL7-jonoon.

Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy Fimlabin ohjekirjan Lähetteet-kansiosta Genetiikka-1 

Näyte

Tutkimus voidaan tehdä joko uudesta tai aiemmin patologian laboratorioon toimitetusta kudosnäytteestä (FFPE kudosblokki).

Parafiiniblokki ja HE-lasi. Tällöin patologi valitsee kudosblokista DNA-eristykseen kohdan, joka sisältää vähintään 20-30 % kasvainsoluja. Näytteestä eristetään genominen DNA, joita käytetään analyyseissa. Mikäli kasvainsoluja on alle 20-30 % tuloksen tulkinta vaikeutuu. Mikäli parafiiniblokit ovat Fimlabin patologialla, genetiikan laboratorio pyytää näytteen patologialta tutkimusta varten.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Parafiininäytteet lähetetään genetiikan laboratorioon huoneenlämmössä.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi).

Tutkittavasta näytteestä eristetään DNA, 32 geeniä kattava Hedera Profiling (HP32) ”geenikirjasto” muodostetaan hybrid-capture target enrichment menetelmällä ja NGS sekvensointi suoritetaan Illuminan NextSeq550Dx laitteella. Tulosten analysoinnissa ja raportoinnissa käytetään CE-IVD lääkinnälliseksi laitteeksi rekisteröityä Hedera Prime™ tietokoneohjelmistoa.

Fimlabin genetiikan laboratorio on validoinut Hedera Profiling 2 testikitin ja ohjelmiston käytettäväksi IH-IVD (in-house In Vitro Diagnostics) testinä sekä FFPE kudosnäytteille, että ctDNA näytteille IVDR säännösten mukaisesti.

Tekotiheys

Joka toinen viikko tai kerran viikossa, riippuen näytemäärästä.

Tulos valmiina

Noin kolmen viikon kuluessa näytteen saapumisesta genetiikan laboratorioon.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausuntoon liitetään PDF-tulosraportti, missä esitetään löydetyt kliinisesti merkittävät muutokset ja niihin liitetyt hoitovaihtoehtosuositukset ”OncoKB™ Therapeutic Levels of Evidence” -luokituksen mukaisesti. OncoKB on Memorial Sloan Kettering Cancer Centerin FDA hyväksynnän saanut varianttitietokanta onkologiaan. 

Raportti sisältää myös muutoksiin mahdollisesti liitetyt EMA:n ja FDA:n hyväksymät ja suosittelemat täsmälääkevaihtoehdot.

Tilattuun tutkimukseen annetaan lyhyt yhteenvetovastaus laboratoriotietojärjestelmään. Yksityiskohtainen monisivuinen tulosraportti on saatavilla PDF-muodossa WebFimlabissa. Lyhyessä yhteenvetovastauksessa on ohje miten tulosraportti (pdf) on saatavissa, jos WebFimlabia ei ole käytössä.

Lisätiedot

Lisätietoa Hedera Profiling 2 (HP32) geenipaneelista ja Hedera Prime™ tietokoneohjelmistosta ctDNA näytteiden tutkimiseen löytyy linkistä Hedera Dx | Solution 

ESCAT luokituksen lisätiedot löytyvät linkistä ESCAT: ESMO Scale for Clinical Actionability of molecular Targets

OncoKB varianttitietokannan lisätiedot löytyvät linkistä OncoKB

* Hedera Profiling 2 ctDNA test panel PSO brochure v2

*** Hedera Fusion partners list

Tiedustelut:

Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03 311 77800 (Pohjanmaan alueella p. 041 7314 786)

Genetiikan koordinaattori, p. 050 470 2901

UUDEN TUUMORIGEENIPANEELIN SUHDE NYKYISIIN GEENIPANEELEIHIN

Uusi Ts-TuPa32 geenipaneeli on sisällöltään ja raportoinniltaan selkeästi laajempi kuin kohdennettu 15 geenin Ts-TuPa15 tutkimus. Ts-TuPa32 tutkimus sisältää laajemman geenilistan lisäksi keskeisimpien geenifuusioiden, kopiolukumuutosten ja MSI:n tutkimisen verrattuna TuPa15 tutkimukseen. Lisäksi B -TuPa32f (tilataan tutkimusnumerolla 23601) tutkimus tuo mahdollisuuden myös liquid biopsy verinäytteiden tutkimisen kyseisten geenien suhteen.

Ts-TuPa500 geenipaneeliin nähden TuPa32 tutkimus on geenikoostumuksensa puolesta suppeampi keskittyen hoitoon vaikuttavien (actionable) geenien ja geenimuutosten tutkimiseen ja raportointiin. Ts-TuPa500 geenipaneelissa tehdään TuPa32 tutkimukseen verrattuna laajempi geeniprofilointi, raportti pitää sisällään laajemmat geeni/ varianttikuvaukset ja Tumor Mutation Burden (TMB) arvon, sekä listauksen löydöksiin liitetyistä avoinna olevista lääkekokeista (clinical trials).

Sekä Ts-TuPa15 että Ts-TuPa500 tutkimukset säilyvät toistaiseksi tutkimusvalikoimassamme.

Ts-TuPa32 ja B -TuPa32f tutkimusten hinta asettuu em. suppeamman ja laajemman tuumoripaneelin väliin. Pääasiallisesti uusi 32 geenin tutkimus on otettu valikoimaan korvaamaan suppeamman Ts-TuPa15 tutkimuksen hoitoon vaikuttavien keskeisimpien geenimuutosten kattavana tutkimuksena.

Ts-TuPa500 tutkimuksen katsotaan olevan indisoitu tapauksissa, missä halutaan laajempi geeniprofilointi ja laajempi fuusiogeenien etsiminen (myös RNA lähtöisesti) mm. kliinisten lääketutkimusten ja vaihtoehtoisten hoitojen mahdollisuuksia kartoitettaessa.