Johdanto
Tuumoridiagnostiikkaan suunniteltu 32 geeniä kattava geenipaneeli soveltuu myös potilaan verinäytteestä (liquid biopsy) tutkittaessa usean syöpätyypin keskeisimpien, hoitoon vaikuttavien geenimuutosten tutkimiseen. Paneelin geenivalikoima on suunnattu erityisesti keuhkosyövän, kolorektaalisyövän, melanooman, kolangiokarsinooman, ruoansulatuskanavan stroomatuumorin (GIST) ja kilpirauhassyövän tutkimiseen kattaen yli 80% ESCAT (ESMO Scale for Clinical Actionability of Molecular Targets) I luokan (ready for routine use) geeneistä.
Tutkimus kattaa SNV- (yhden emäksen muutokset), indel- (pienet insertiot ja deleetiot), CNV- (kopiolukumuutokset), geenifuusio- sekä MSI-analyysin seuraavasti:
* SNV/Indel: AKT1, ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, GNA11, GNAQ, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RET, ROS1, STK11, TP53.
** CNV: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, HRAS, KRAS, MET, NRAS, PIK3CA, RET, TP53.
*** Geenifuusiot: ALK, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NTRK1, RET, ROS1.
MSI: 36 markkeria
*,*** Liitteenä lisätietoa
** Kopiolukumuutoksien validointi kesken
NGS-menetelmä perustuu usean geenialueen samanaikaiseen sekvensointiin, jossa jokainen tutkittu alue sekvensoidaan lukuisia kertoja. Havaituista muutoksista suodatetaan pois tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat. Tulosten tulkinnan apuna käytetään bioinformatiikan työkaluja ja mutaatiotietokantoja sekä CE-IVD serfifioitua Hedera Prime tietokoneohjelmisto, jotka antavat tietoa muutosten merkityksestä syövässä ja niihin yhdistetyistä täsmälääkkeistä.
Tiedustelut
Fimlabin asiakaspalvelu puh. (03) 311 77800
Indikaatiot
Geenipaneeli soveltuu useiden kiinteiden kasvainten tutkimiseen. Paneelin geenivalikoima on suunnattu erityisesti keuhkosyövän, kolorektaalisyövän, melanooman, kolangiokarsinooman, ruoansulatuskanavan stroomatuumorin (GIST) ja kilpirauhassyövän tutkimiseen. Verinäytteestä tehtävä tutkimus on vaihtoehtona varsinkin silloin, kun riittävän kudosnäytteen saaminen tuumorista on hankalaa.
Geenipaneelilla voidaan selvittää erityyppisten syöpään liittyvien genomin muutosten kliinistä merkitystä ja niihin liittyviä täsmälääkkeitä.
Lähete/tutkimuksen tilaaminen
Tilataan tutkimusnumerolla: 23601 B -TuPa32f
JOTTA PYYNTÖ VÄLITTYY GENETIIKAN LABORATORIOON tulee WebFimlabissa vaihtaa Näytteenotto -kohtaan ”Näytteenotto heti, tarrojen tulostus”. Tarroja ei kuitenkaan tarvitse tulostaa laboratoriota varten.
Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy Fimlabin ohjekirjan Lähetteet-kansiosta Genetiikka-1
Näyteastia
10 ml Streck-putki (Cell-free DNA BCT CE, Streck, maastokuvioinen korkki).
Tyhjät näytteenottoputket tulee säilyttää huoneenlämmössä. Putket eivät saa jäätyä.
Putkien tilaus sähköpostitse materiaalit@fimlab.fi
Näyte
10 ml kokoverta erikoisputkeen (Streck-putki, 1 x 10 ml). Ehdoton minimimäärä 7 ml.
Jos samassa yhteydessä otetaan muita näytteitä, ennen BCT-putkea suositellaan otettavaksi EDTA-veriputki. Glykolyyttisiä inhibiittoreita sisältävät putket (fluoridioksalaatti) (glukoosi- ja laktaattiputket) otetaan vasta BCT-putkien jälkeen.
Liimaa tulostettu tarra Streck-putkeen. Näytteenoton jälkeen putki sekoitetaan kääntelemällä putkea ympäri vähintään 10 kertaa tai asettamalla putki sekoittajaan. Ei saa ravistaa!
Streck -putkea ei saa lähettää putkipostilla; hemolyysi.
Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely
Näyte säilytetään ja kuljetetaan huoneenlämmössä. Näyte EI SAA jäätyä!
Näytteen tulee olla Fimlabin genetiikan laboratoriossa viiden (5) vuorokauden kuluessa.
Menetelmä
NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi).
Tutkittavasta näytteestä eristetään DNA, 32 geeniä kattava Hedera Profiling (HP32) geenikirjasto muodostetaan hybrid-capture target enrichment menetelmällä ja NGS sekvensointi suoritetaan Illuminan NextSeq550Dx laitteella. Tulosten analysoinnissa ja raportoinnissa käytetään CE-IVD lääkinnälliseksi laitteeksi rekisteröityä Hedera Prime tietokoneohjelmistoa.
Fimlabin genetiikan laboratorio on validoinut Hedera Profiling 2 testikitin ja ohjelmiston käytettäväksi IH-IVD (in-house In Vitro Diagnostics) testinä sekä FFPE kudosnäytteille, että ctDNA näytteille IVDR säännösten mukaisesti.
Tekotiheys
Joka toinen viikko tai kerran viikossa, riippuen näytemäärästä.
Tulos valmiina
Noin kolmen viikon kuluessa näytteen saapumisesta genetiikan laboratorioon.
Tulkinta
Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausuntoon liitetään PDF-tulosraportti, missä esitetään löydetyt kliinisesti merkittävät muutokset ja niihin liitetyt hoitovaihtoehtosuositukset OncoKB Therapeutic Levels of Evidence -luokituksen mukaisesti. OncoKB on Memorial Sloan Kettering Cancer Centerin FDA hyväksynnän saanut varianttitietokanta onkologiaan.
Raportti sisältää myös muutoksiin mahdollisesti liitetyt EMA:n ja FDA:n hyväksymät ja suosittelemat täsmälääkevaihtoehdot.
Tilattuun tutkimukseen annetaan lyhyt yhteenvetovastaus laboratoriotietojärjestelmään. Yksityiskohtainen monisivuinen tulosraportti on saatavilla PDF-muodossa WebFimlabissa. Lyhyessä yhteenvetovastauksessa on ohje miten tulosraportti (pdf) on saatavissa, jos WebFimlabia ei ole käytössä.
Lisätiedot
Lisätietoa Hedera Profiling 2 (HP32) geenipaneelista ja Hedera Prime tietokoneohjelmistosta ctDNA näytteiden tutkimiseen löytyy linkistä Hedera Dx | Solution
ESCAT luokituksen lisätiedot löytyvät linkistä ESCAT: ESMO Scale for Clinical Actionability of molecular Targets
OncoKB varianttitietokannan lisätiedot löytyvät linkistä OncoKB
* Hedera Profiling 2 ctDNA test panel PSO brochure v2
*** Hedera Fusion partners list
Tiedustelut
Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03 311 77800 (Pohjanmaan alueella p. 041 7314 786)
Genetiikan koordinaattori, p. 050 470 2901
UUDEN TUUMORIGEENIPANEELIN SUHDE NYKYISIIN GEENIPANEELEIHIN
Uusi B -TuPa32f geenipaneeli on sisällöltään ja raportoinniltaan selkeästi laajempi kuin kohdennettu 15 geenin Ts-TuPa15 tutkimus ja tutkimus voidaan tehdä potilaan verinäytteestä. B -TuPa32f tutkimus sisältää laajemman geenilistan lisäksi keskeisimpien geenifuusioiden, kopiolukumuutosten ja MSI:n tutkimisen verrattuna Ts-TuPa15 tutkimukseen.
Ts-TuPa500 geenipaneeliin nähden B -TuPa32f tutkimus on geenikoostumuksensa puolesta suppeampi keskittyen hoitoon vaikuttavien (actionable) geenien ja geenimuutosten tutkimiseen ja raportointiin. Ts-TuPa500 geenipaneelissa tehdään B -TuPa32f tutkimukseen verrattuna laajempi geeniprofilointi, raportti pitää sisällään laajemmat geenikuvaukset ja Tumor Mutation Burden (TMB) arvon, sekä listauksen löydöksiin liitetyistä avoinna olevista lääkekokeista (clinical trials).
Sekä Ts-TuPa15 että Ts-TuPa500 tutkimukset säilyvät toistaiseksi tutkimusvalikoimassamme.
Ts-TuPa32 ja B -TuPa32f tutkimusten hinta asettuu em. suppeamman ja laajemman tuumoripaneelin väliin. Pääasiallisesti uusi 32 geenin tutkimus on otettu valikoimaan korvaamaan suppeamman Ts-TuPa15 tutkimuksen hoitoon vaikuttavien keskeisimpien geenimuutosten kattavana tutkimuksena.
Ts-TuPa500 tutkimuksen katsotaan olevan indisoitu tapauksissa, missä halutaan laajempi geeniprofilointi ja laajempi fuusiogeenien etsiminen (myös RNA lähtöisesti) mm. kliinisten lääketutkimusten ja vaihtoehtoisten hoitojen mahdollisuuksia kartoitettaessa.