Johdanto
Tutkimuksella määritetään kvantitatiivisesti potilaalla diagnoosivaiheessa todetun fuusiogeenin määrä seurantavaiheen näytteessä. Tämä fuusiotranskriptiin perustuva jäännöstautianalyysi on mahdollista seuraaville fuusiogeeneille:
- BCR::ABL1
- CBFB::MYH11
- TCF3::PBX1
- RUNX1::RUNX1T1
- KMT2A::AFF1
- PML::RARA
- STIL::TAL1
- ETV6::RUNX1
- DEK::NUP214
HUOM! KML-potilaiden BCR-ABL1 Major -jäännöstautitutkimukset pyydetään atk-numerolla 4894 (B -BCR-QR, veri). Kts. ohjekirja: BCR-ABL1 -geenien Major-tyypin fuusio-RNA:n jäännöstautimääritys (kvant.).
Huom! Fuusiogeenien viralliset nimet ovat muuttuneet vuonna 2019(HGNC, HUGO Gene Nomenclature Committee, 11/2019):
| Kromosomimuutos | Fuusiogeeni (HGNC) | Aiempi nimi |
| t(9;22)(q34.1;q11.2) | BCR-ABL1 | BCR-ABL |
| inv(16)(p13.1;q22) | CBFB-MYH11 | |
| t(6;9)(p22;q34.1) | DEK-NUP214 | DEK-CAN |
| t(12;21)(p13.2;q22.1) | ETV6-RUNX1 | TEL-AML1 |
| t(4;11)(q21;q23.3) | KMT2A-AFF1 | MLL-AF4 |
| t(15;17)(q24.1;q21.2) | PML-RARA | |
| t(8;21)(q21.3;q22) | RUNX1-RUNX1T1 | ETO-AML1 |
| del(1)(p33p33) | STIL-TAL1 | SIL-TAL1 |
| t(1;19)(q23;p13.3) | TCF3-PBX1 | E2A-PBX1 |
Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaan. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa.
Tiedustelut
Fimlabin asiakaspalvelu puh. (03) 311 77800
Lähete/tutkimuksen tilaaminen
Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen joko 9641 (veri) tai 9642 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet -kansiosta.
Näyteastia
CPT-putki
Näyte
Akuuttien leukemioiden tutkimuksissa suositellaan luuydinnäytettä. Verinäyte tulee kysymykseen vain, jos ei saada edustavaa luuydinnäytettä. Kroonisessa myeloisessa leukemiassa (KML, tyyppi Major) tutkimus tehdään EDTA-verinäytteestä (atk-numero 4894).
Luuydin: sitraattiruiskulla n. 2-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.
Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.
HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.
Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely
Käännetään putki 8-10 kertaa ylösalaisin heti näytteenoton jälkeen. Sentrifugointi (30 min, 1600g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina.
Menetelmä
Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.
Tulos valmiina
Tulos on valmiina kahden viikon kuluessa.
Tulkinta
Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnosta ilmenee mahdollisen jäännöstaudin määrä suhteessa potilaan diagnoosivaiheen näytteeseen. Mikäli diagnoosivaiheen näytettä ei ole käytettävissä, käytetään Europe Against Cancer (EAC) -organisaation raportoimia mediaaniarvoja. Tulos normalisoidaan GUSB (glucuronidase beta) -geenin suhteen. Negatiivisen tuloksen yhteydessä ilmoitetaan PCR-ajossa saavutettu herkkyys.
Virhelähteet
CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.