Johdanto
Tutkimus käsittää taudin mukaan suunnatun valikoiman kvalitatiivisia fuusiogeenitutkimuksia. Pyyntöä käytetään seuraavia kuntaliiton nimikkeiden mukaisia tutkimuksia pyydettäessä:
- B -BCR/ABL -geenien fuusio-RNA t(9;22) verestä (kval)
- Bm-BCR/ABL -geenien fuusio-RNA t(9;22) luuytimestä (kval)
- B -CBFB/MYH11 -geenien fuusio-RNA inv(16) verestä (kval)
- Bm-CBFB/MYH11 -geenien fuusio-RNA inv(16) luuytimestä (kval)
- B -E2A/PBX1 -geenien fuusio-RNA t(1;19) verestä (kval)
- Bm-E2A/PBX1 -geenien fuusio-RNA t(1;19) luuytimestä (kval)
- B -ETO/AML1-geenien fuusio-RNA t(8:21) verestä (kval)
- Bm-ETO/AML1-geenien fuusio-RNA t(8:21) luuytimestä (kval)
- B -MLL/AF4 -geenien fuusio-RNA t(4;11) verestä (kval)
- Bm-MLL/AF4 -geenien fuusio-RNA t(4;11) luuytimestä (kval)
- B -PML/RARA -geenien fuusio-RNA t(15;17) verestä (kval)
- Bm-PML/RARA -geenien fuusio-RNA t(15;17) luuytimestä (kval)
- B -SIL/TAL1 -geenien fuusio-RNA del(1p32) verestä (kval)
- Bm-SIL/TAL1 -geenien fuusio-RNA del(1p32) luuytimestä (kval)
- B -TEL/AML1 -geenien fuusio-RNA t(12;21) verestä (kval)
- Bm-TEL/AML1 -geenien fuusio-RNA t(12;21) luuytimestä (kval)
Pyyntöä käytetään myös DEK/NUP214 (ent. DEK-CAN) -fuusiogeenin kvalitatiivisessa tutkimuksessa:
- B -DEK/NUP214 -geenien fuusio-RNA t(6;9) verestä (kval)
- Bm-DEK/NUP214 -geenien fuusio-RNA t(6;9) luuytimestä (kval)
Hematologisten maligniteettien diagnoosivaiheen näytteestä valmistetusta komplementaarisesta DNA:sta (cDNA) etsitään Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaisesti yleisimpiä leukemioissa (KML, ALL, AML) esiintyviä kromosomipoikkeavuuksia. Tutkimuksessa osoitetaan kromosomipoikkeavuuden seurauksena syntyneen fuusiogeenin tuottama lähetti-RNA. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa. Tutkimuksessa voidaan tunnistaa seuraavien fuusiogeenien yleisimmät lähettityypit:
Kromosomimuutos | Fuusiogeeni (Kuntaliiton nimi) | Tutkittavat lähettityypit |
t(9;22)(q34.1;q11.2) | BCR-ABL1 (BCR-ABL) | M-bcr (Major: b2a2, b3a2) ja m-bcr (minor: e1a2) |
inv(16)(p13.1;q22) | CBFB-MYH11 | A, D ja E |
t(6;9)(p22;q34.1) | DEK-NUP214 (DEK-CAN) | e9e18 |
t(12;21)(p13.2;q22.1) | ETV6-RUNX1 (TEL-AML1) | e5e2 ja e5e3 |
t(4;11)(q21;q23.3) | KMT2A-AFF1 (MLL-AF4) | e9e5, e9e4, e10e5, e10e4, e11e5 ja e11e4 |
t(15;17)(q24.1;q21.2) | PML-RARA | bcr1, bcr2 ja bcr3 |
t(8;21)(q21.3;q22) | RUNX1-RUNX1T1 (ETO-AML1) | e5e2 |
del(1)(p33p33) | STIL-TAL1 (SIL-TAL1) | e1be3 ja e1ae3 |
t(1;19)(q23;p13.3) | TCF3-PBX1 (E2A-PBX1) | e13e2 |
Taulukkoon on listattu fuusiogeenien viralliset nimet (HGNC, HUGO Gene Nomenclature Committee, 11/2019), suluissa Kuntaliiton käyttämät nimet.
Kyseessä on kvalitatiivinen tutkimus, joka auttaa leukemian tyypityksessä. Fuusiogeeniseulonnan avulla on mahdollista löytää molekyyligeneettinen seurantamarkkeri, jota voidaan myöhemmin käyttää jäännöstaudin osuuden kvantitatiivisessa määrittämisessä.
Tiedustelut
Kliinisen genetiikan laboratorio puh. 03-311 75328
Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768
Indikaatiot
Hematologisen potilaan diagnoosivaiheen tutkimus: krooniseen myelooiseen leukemiaan (KML) ja akuutteihin leukemioihin (ALL, AML) liittyvien yleisimpien fuusiolähettien osoitus.
Lähete/tutkimuksen tilaaminen
Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen joko 9639 (veri) tai 9640 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.
Näyte
Hematologista tautia epäiltäessä suositellaan sekä luuydin- (atk-numero 9640) että verinäytteen (atk-numero 9639) ottamista.
Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.
Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.
HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.
Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely
Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.
Menetelmä
Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.
Tulos valmiina
Tulos on valmiina viiden arkipäivän kuluessa. CBF-leukemioissa vastaus pyritään saamaan kahden arkipäivän kuluessa.
Tulkinta
Tutkimuksesta annetaan lausunto, josta ilmenee, onko näytteestä löytynyt jokin tutkituista fuusiogeeneistä. Samalla selviää myös, voidaanko potilasta seurata kvantitatiivisesti tällä molekyyligeneettisellä seurantamarkkerilla.
Virhelähteet
CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.