Johdanto

Akuutin leukemian (ALL, AML) ja kroonisen myeloisen leukemian (KML) diagnoosivaiheen näytteestä tutkitaan yleisimpiä leukemioissa esiintyviä fuusiotranskipteja. Akuuteissa leukemioissa fuusiogeeniseulontatutkimuksella voidaan osoittaa 28 eri fuusiotranskiptia ja KML:ssa BCR-ABL1 -fuusiotranskriptin t(9;22)(q34;q11) eri alatyypit (M-bcr, P210; m-bcr, P190; μ-bcr, P230). Tutkimus täydentää näin ollen hematologista kromosomitutkimusta ja auttaa leukemian tyypityksessä. Fuusiogeeniseulontatutkimuksen avulla on myös mahdollista löytää molekyyligeneettinen markkeri taudin myöhempää kvantitatiivista seurantaa varten, jota voidaan myöhemmin käyttää jäännöstaudin osuuden kvantitatiivisessa määrittämisessä. Akuuteissa leukemioissa voidaan tunnistaa 28 seuraavan fuusiogeenin yleisimmät lähettityypit:

del1(p32) (STIL::TAL1)
t(9;12) (q34;p13) (ETV6::ABL1)
t(1;11) (p32;q23.3) (KMT2A::EPS15)
t(9,22) (q34;q11) (BCR::ABL1)
t(1;11) (q21;q23.3) (KMT2A::MLLT11)
t(10;11) (p12;q23.3) (KMT2A::MLLT10)
t(1;19) (q23;p13) (TCF3::PBX1)
t(11;17) (q23.3;q21) (KMT2A::MLLT6)
t(3;5) (q25;q34) (NPM1::MLF1)
t(11;17) (q23;q21) (ZBTB16::RARA)
t(3;21) (q26;q22) (RUNX1::MECOM)
t(11;19) (q23.3;p13.1) (KMT2A::ELL)
t(4;11) (q21;q23.3) (KMT2A::AFF1)
t(11;19) (q23.3;p13.3) (KMT2A::MLLT1)
t(5;12) (q33;p13) (ETV6::PDGFRB)
t(12;21) (p13;q22) (ETV6::RUNX1)
t(5;17) (q35;q21) (NPM1::RARA)
t(12;22) (p13;q11) (ETV6::MN1)
t(6;9) (p23;q34) (DEK::NUP214)
t(15;17) (q24;q21) (PML::RARA)
t(6;11) (q27;q23.3) (KMT2A::AFDN)
inv(16) (p13;q22) (CBFB::MYH11)
t(8;21) (q22;q22) (RUNX1::RUNX1T1)
t(16;21) (p11;q22) (FUS::ERG)
t(9;9) (q34;q34) (SET::NUP214)
t(17;19) (q22;p13) (TCF3::HLF)
t(9;11) (p21.3;q23.3) (KMT2A::MLLT3)
t(X;11) (q13;q23.3) (KMT2A::FOXO4)

Tiedustelut

Fimlabin asiakaspalvelu: (03) 311 77800

Indikaatiot

Hematologisen potilaan diagnoosivaiheen tutkimus: krooniseen myelooiseen leukemiaan (KML) ja akuutteihin leukemioihin (ALL, AML) liittyvien yleisimpien fuusiolähettien osoitus.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen joko 9639 (veri) tai 9640 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta. Lähetetekstiin tulee kirjata potilaan taustatiedot sekä halutaanko akuuttien leukemioiden fuusiogeeniseulonta vai KML-fuusiogeeniseulonta.

Näyte

Hematologista tautia epäiltäessä suositellaan sekä luuydin- (atk-numero 9640) että verinäytteen (atk-numero 9639) ottamista.

Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity. 

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.

Menetelmä

Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan multiplex RT-PCR -menetelmällä. 

Tulos valmiina

Tulos on valmiina viiden arkipäivän kuluessa. CBF-leukemioissa vastaus pyritään saamaan kahden arkipäivän kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto, josta ilmenee, onko näytteestä löytynyt jokin tutkituista fuusiogeeneistä. Samalla selviää myös, voidaanko potilasta seurata kvantitatiivisesti tällä molekyyligeneettisellä seurantamarkkerilla.

Virhelähteet

CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.