Johdanto
Molekyylikaryotyypitys (MK), eli DNA-mikrosiruilla tapahtuva vertaileva genominen hybridisaatio (VGH, array-CGH, aCGH) on menetelmä, jolla voidaan selvittää genomin kopiolukumuutoksia (CNV) eli deleetioita ja duplikaatioita koko genomin alueella. Menetelmän erotuskyky on keskimäärin 50-200 kb, joten se on huomattavasti tarkempi kuin tavallinen kromosomitutkimus, jonka erotuskyky on noin 5-10 Mb (5,000 – 10,000 kb). Molekyylikaryotyypitys on selvästi tarkentanut kehityshäiriödiagnostiikkaa ja menetelmällä voidaan havaita sekä mikroskooppisia että submikroskooppisia kromosomimuutoksia, mukaan lukien kaikki tunnetut mikrodeleetio- ja mikroduplikaatio-oireyhtymät (esim. CATCH-22 -oireyhtymä). DNA-mikrosiruilla, joissa on CNV-oligojen lisäksi mukana SNP-oligoja, voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet sekä havaita mahdollinen uniparentaalidisomia (UPD) ja tarvittaessa selvittää havaitun muutoksen alkuperä. Toisin kuin tavallinen kromosomitutkimus, molekyylikaryotyypitys ei paljasta tasapainossa olevia rakenteellisia kromosomipoikkeavuuksia (translokaatio, inversio). Menetelmällä ei ole mahdollista osoittaa myöskään geenimutaatioita, ja matala-asteiset mosaikismit (alle 10 %) voivat jäädä havaitsematta.
Tiedustelut
Fimlabin asiakaspalvelu puh. (03) 311 77800
Indikaatiot
Taustaltaan tuntemattoman kehitysviiveen, kehityshäiriön, rakennepoikkeavuuden tai geneettisen taudin/syndrooman selvittely. Epäily mikrodeleetio- tai mikroduplikaatio-oireyhtymästä. Tunnetun kopiolukumuutoksen tutkiminen perheenjäsenellä.
Lähete/tutkimuksen tilaaminen
Atk-pyyntö. Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.
Näyte
5-7 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Miniminäytemäärä (vastasyntyneet) on 1-1,5 ml.
Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely
Näytteet lähetetään huoneenlämpöisenä. Säilytys jääkaapissa (tarvittaessa viikonlopun yli).
Menetelmä
Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 50mer oligosirua (HumanCytoSNP-12 v2.1, Illumina), joka sisältää yli 300 000 (300K) CNV- ja SNP-oligonukleotidikoetinta kattaen n. 10 kb välein ihmisen koko genomin. Tutkittava DNA hybridisoidaan oligosirulle, jonka jälkeen oligoihin sitoutuneiden, fluorokromeilla värjättyjen alleelien luku- ja kopiomäärän intensiteetit mitataan laserskannerilla. Tulokset analysoidaan GenomeStudio- ja KaryoStudio-analysointiohjelmilla (Illumina). Intensiteettiarvot antavat tietojenkäsittelyn jälkeen graafisen kuvan, jossa nähdään mahdolliset genomin kopioluvun muutokset. Menetelmän erotuskyky on n. 50 kb sytogeneettisesti tunnetuilla tärkeillä alueilla ja n. 200 kb koko genomin alueella. Kopiolukumuutosten lisäksi menetelmällä voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet, mahdollinen UPD ja suhteellisen alhainen mosaikismi.
Tulos valmiina
Noin kahden kuukauden kuluessa näytteen saapumisesta laboratorioon. Kiireellisistä näytteistä on sovittava erikseen ja niistä peritään lisämaksu (vastausaika noin 10 työpäivää).
Tulkinta
Tutkimuksessa havaittujen kopiolukumuutosten (CNV) tai uniparentaalidisomian tulkinnassa käytetään apuna eri tietokantoja, joiden avulla erotetaan normaalivariaatioon kuuluvat muutokset kliinisesti merkittävistä muutoksista. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan molekyylikaryotyyppi ja arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve.
Joskus tutkittavalla havaitun kopiolukumuutoksen tulkinta vaatii vanhempien näytteiden tutkimista. Myös UPD:n varmistamiseksi ja alkuperän selvittämiseksi tarvitaan näytteet molemmista vanhemmista SNP-genotyyppianalyysiä varten. Näissä tapauksissa kummankin vanhemman tutkimus tilataan erikseen nimikkeellä B -DNAmut (atk-numero 23371), ja atk-pyyntöön tai lähetteeseen tulee merkitä alkuperäisen vastauksen NordLab-näytenumero (KM-alkuinen), mikäli se on tiedossa. Vanhempien tutkimuksista lähtee oma lausunto ja laskutus.