Tulosta

Tutkimus:
COVID-19 (SARS-CoV-2) NUKLEIINIHAPPO (KVAL)
näytä tutkimukset

Luokitus:
Mikrobiologia, Molekyylibiologia

Käyttöönottopäivä:
18.6.2020

6466 • -CV19NhO

26466 • -NCovNhO

Käytössä Pirkanmaalla, Keski-Suomessa, Päijät-Hämeessä, Vaasassa ja Kanta-Hämeessä

23077 • -RMikNhO

Käytössä Kanta-Hämeessä ja Vaasassa, pyydetään infektiolääkärin harkinnan mukaan

Johdanto

COVID-19 (Coronavirus disease 2019) on uuden tyyppisen koronaviruksen aiheuttama tauti, joka ensimmäistä kertaa havaittiin Kiinassa vuoden 2019 lopulla ja joka on sittemmin levinnyt pandemiaksi. Kyseinen koronavirus, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), on vaipallinen virus, jolla on yksisäikeinen RNA geneettisenä materiaalina. Virus aiheuttaa laajan skaalan hengitystieinfektioita hyvin lievästä flunssatyyppisestä taudista vakaviin, henkeä uhkaaviin keuhkokuumeisiin ja happeutumishäiriöihin.

Viruksen olemassaolo potilaassa voidaan todeta todentamalla viruksen RNA:ta hengitysteiden näytteistä käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä.

Indikaatiot

COVID-19 tautia aiheuttavan viruksen toteaminen ylemmistä tai alemmista hengitysteistä.

Näytteet otetaan lääkärin määrääminä THL:n sekä sairaanhoitopiirin ohjeistukset ja suositukset huomioon ottaen. Ohjeistettuja varotoimia on noudatettava.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Sähköinen tutkimuspyyntö (ensisijainen) tai yleislähete.

HUOM: Tutkimus 26466 -NCovNhO on käytössä Pirkanmaalla, Keski-Suomessa, Päijät-Hämeessä, Vaasassa ja Kanta-Hämeessä paikallisen ohjeistuksen mukaisesti.

HUOM: Tutkimus 23077 -RMikNhO on käytössä Kanta-Hämeessä ja Vaasassa ja pyydetään infektiolääkärin harkinnan mukaan.

Näyteastia

Ensisijainen: COPAN ESwab-kuljetusputkikitti: 482CE, sininen korkki, kirkas liuos ja taipuisavartinen COPAN-nukkatikku.

Toissijainen: COPAN ESwab-kuljetusputkikitti: 490CE, vaaleanpunainen korkki, kirkas liuos ja jäykkävartinen COPAN-nukkatikku.

Toissijainen (ensisijainen Kanta-Hämeen 23077 tutkimukselle): 3 ml COPAN UTM-RT MINI -kuljetusputki (353C, kirkkaanpunainen korkki, punertava liuos) ja erillinen taipuisavartinen nukkatikku tai jäykkävartinen nukkatikku.

Vaihtoehtoisesti voidaan käyttää myös muita laboratorion hyväksymiä nukkatikkuja ja kuljetusputkia.

HUOM! Kiinalaisvalmisteinen oranssikorkkinen (BIOER) putki soveltuu ainoastaan tutkimukselle 6466.

TAYS: Näytteenottovälineitä on saatavilla  poliklinikkalaboratorion näytehuoneesta 1.012/K. TAYS:n henkilökunta pääsee huoneeseen kulkunapilla ympäri vuorokauden. COPAN UTM-RT MINI -kuljetusputkia ja erillisiä nukkatikkuja on ovelta katsoen oikealla kylmäkaapissa (2. hylly).

Otettaessa BAL-, yskös- tai imulimanäytteitä, käytetään niiden omia näyteastioita.

Muihin toimipisteisiin näytteenottovälineitä voi tilata Fimlabin materiaalipalvelusta (p.03-311 76570, tai materiaalit@fimlab.fi). Kiirellisessä tapauksessa näytteen voi ottaa dacrontikulla steriiliin 10 ml korkilliseen näyteputkeen, johon on lisätty 1 ml steriiliä keittosuolaa (0.9 % NaCl).

Päijät-Häme: Näytteenottovälineitä tilataan keskusvarastosta paikallisen ohjeistuksen mukaisilla koodeilla.

Näyte

Nenänielu on ensisijainen näytteenottokohta. Mikäli näytettä ei voida nenänielusta ottaa, voidaan näyte ottaa myös nielusta. Myös jäykällä tikulla voidaan näyte ottaa nenänielusta huomioiden anatomian rajoitukset.

Näytteeksi tulee saada hengitystie-epiteelin soluja hankaamalla nukkatikkua hengitystien limakalvoon. Räkä ei ole hyväksyttävä näyte.

Nenänielun tikkunäyteKallista päätä taaksepäin. Näytteenottotikku työnnetään sieraimen kautta alaviistoon nenänpohjaa pitkin aikuisilla n. 10-12 cm syvyyteen ja alle 2-vuotiailla n. 6 cm syvyyteen (=nenänieluun). Älä käytä turhaa voimaa. Näytteeksi kerätään limakalvon soluja kiertämällä tikkua nenänielussa. Samalla tikulla voidaan kerätä näyte molemmista sieraimista, mikäli tikku on ensimmäisen käytön jälkeen pysynyt suhteellisen suorana. Tikku katkaistaan kuljetusnestettä sisältävään näyteputkeen katkaisukohdasta ja tikun kanta työnnetään putken korkin sisäpuolella olevaan reikään jonka jälkeen korkki kierretään napakasti kiinni.

Nielun tikkunäyte: Näyte voidaan ottaa myös nielusta mikäli nenänielun näytettä ei voida jostain syystä ottaa. Myös vuotoherkillä näyte voidaan ottaa nielusta. Nielunäyte otetaan jäykällä nukkatikulla hankaamalla kitakaaria kiertoliikkeellä (klikkaa kuvaan). Näytteenottotikku katkaistaan näyteputkeen jonka korkki laitetaan tiukasti kiinni.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näytteenoton jälkeen varmistetaan, että näyteputken korkki on tiiviisti suljettu ja että näyteastiassa on näytetarra. Tämän jälkeen näyteputki laitetaan 50 ml Falcon-putkeen (tai vastaavaan läpinäkyvään nestetiiviiseen putkeen) ja tämän putken päälle liimataan kopio näytetarrasta sekä mahdolliset muut näytetarrat (RVirNhO- ja/tai -RBaktNhO). Imulima-, BAL- ja yskösnäyteastiat laitetaan läpinäkyvään salpapussiin (minigrip) ja näiden pussien päälle liimataan kopio näytetarrasta sekä mahdolliset muut näytetarrat (RVirNhO- ja/tai -RBaktNhO). Falcon-putket ja muut näytteet sisältävät salpapussit pakataan vielä salpapussiin, jossa on imeytysainetta hieman (esim. sellua). Näihin pusseihin voi laittaa useampia näytteitä myös eri potilaista. On tärkeää varmistaa, että primaarisissa näyteastioissa (UTM-putket, ysköspurkit jne.) on vain -CV19NhO tarra. Näytteet lähetetään Fimlabiin normaaleita kuljetusreittejä käyttäen kylmäkuljetuksena (jääkaappilämpötila +2°C…+8°C).

Näytteitä voi myös kerätä päivän aikana useampia, säilyttäen niitä jääkaapissa, ja lähettää kerran päivässä kylmäkuljetuksena. Silloin kun oma paikallinen laboratorio ei ole auki, voidaan näytteet lähettää esim. taksilla hyvin pakattuna kylmään kerran päivässä Fimlabin keskuslaboratorioon Tampereelle.

Näyte säilyy jääkaappilämpötilassa 3 vrk.

Menetelmä

Viruksen RNA:n osoittaminen reaaliaikaisella käänteiskopiointi-polymeraasiketjureaktiomenetelmällä (RT-PCR) ja spesifisillä koettimilla.

Tulos valmiina

Tulos saadaan pääsääntöisesti kahden vuorokauden sisällä.

Tulkinta

Normaalisti negatiivinen.

COVID-19 tautia aiheuttavan viruksen (SARS-CoV-2) nukleiinihapon löytyminen on merkki ko. viruksen aiheuttamasta infektiosta.

Lisätiedot

Kanta-Häme: Tutkimuksessa 23077 -RMikNhO todetaan lisäksi seuraavat hengitystieinfektioita aiheuttavat virukset: influenssa A ja sen alatyypit H1N1/2009, H1 ja H3, influenssa B, koronavirustyypit 229E, HKU1, NL63 ja OC43 sekä uusi koronavirus SARS-CoV-2, parainfluenssavirukset 1-4, Respiratory Syncytial Virus (RSV) A/B, humaani Metapneumovirus A/B, Adenovirus, Bocavirus, Rhinovirus/Enterovirus, sekä seuraavat hengitystieinfektioita aiheuttavat bakteerit: Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila ja Bordetella pertussis.