Tulosta

Tutkimus:
COVID-19 (SARS-CoV-2) NUKLEIINIHAPPO (KVAL)

Luokitus:
Mikrobiologia, Molekyylibiologia

Käyttöönottopäivä:
26.3.2020

6466 • -CV19NhO

Johdanto

COVID-19 (Cocornavirus disease 2019) on uuden tyyppisen koronaviruksen aiheuttama tauti, joka ensimmäistä kertaa havaittiin Kiinassa vuoden 2019 lopulla ja joka on sittemmin levinnyt pandemiaksi. Kyseinen koronavirus, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), on vaipallinen virus, jolla on yksisäikeinen RNA geneettisenä materiaalina. Virus aiheuttaa laajan skaalan hengitystieinfektioita hyvin lievästä flunssatyyppisestä taudista vakaviin, henkeä uhkaaviin keuhkokuumeisiin ja happeutumishäiriöihin.

Viruksen olemassaolo potilaassa voidaan todeta todentamalla viruksen RNA:ta hengitysteiden näytteistä käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä.

Indikaatiot

COVID-19 tautia aiheuttavan viruksen toteaminen ylemmistä tai alemmista hengitysteistä.

Näytteet otetaan lääkärin määrääminä THL:n sekä sairaanhoitopiirin ohjeistukset ja suositukset huomioon ottaen. Ohjeistettuja varotoimia on noudatettava.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Sähköinen tutkimuspyyntö (ensisijainen) tai yleislähete.

Näyteastia

COPAN ESwab-kuljetusputki (490CE; vaaleanpunainen korkki, kirkas liuos) ja jäykkävartinen COPAN-nukkatikku (502CS01; nielunäyte).

3 ml COPAN UTM-RT MINI -kuljetusputki (353C; kirkkaanpunainen korkki, punertava liuos) ja erillinen taipuisavartinen COPAN-nukkatikku (503CS01; nenänielunäyte).

Vaihtoehtoisesti voidaan käyttää myös muita laboratorion hyväksymiä nukkatikkuja ja kuljetusputkia.

Näytteenottovälineitä on saatavilla TAYS:ssa poliklinikkalaboratorion näytehuoneesta 1.012/K. TAYS:n henkilökunta pääsee huoneeseen kulkunapilla ympäri vuorokauden. COPAN UTM-RT MINI -kuljetusputkia ja erillisiä nukkatikkuja on ovelta katsoen oikealla kylmäkaapissa (2. hylly).

Otettaessa BAL-, yskös- tai imulimanäytteitä, käytetään niiden omia näyteastioita.

Muihin toimipisteisiin näytteenottovälineitä voi tilata Fimlabin materiaalipalvelusta (p.03-311 76570, tai materiaalit@fimlab.fi). Kiirellisessä tapauksessa näytteen voi ottaa dacrontikulla steriiliin 10 ml korkilliseen näyteputkeen, johon on lisätty 1 ml steriiliä keittosuolaa (0.9 % NaCl).

Näyte

Nenänielun tikkunäyteKallista päätä taaksepäin. Taipuisa näytteenottotikku työnnetään sieraimen kautta alaviistoon nenänpohjaa pitkin aikuisilla n. 10-12 cm syvyyteen ja alle 2-vuotiailla n. 6 cm syvyyteen (=nenänieluun). COPAN 503CS01 -tikun ohennus on 7,5 cm ja katkaisukohta 10 cm tikun päästä. Näytteeksi kerätään limakalvon soluja kiertämällä tikkua nenänielussa. Samalla tikulla voidaan kerätä näyte molemmista sieraimista mikäli tikku on ensimmäisen käytön jälkeen pysynyt suhteellisen suorana. Tikku katkaistaan kuljetusnestettä sisältävään näyteputkeen ja tikun kanta työnnetään putken korkin sisäpuolella olevaan reikään.

Nielun tikkunäyte: Mikäli taipuisia näytteenottotikkuja ei ole käytettävissä, voidaan näyte ottaa nielusta jäykällä nukkatikulla. Myös vuotoherkillä näyte voidaan ottaa nielusta. Nielunäyte otetaan jäykällä nukkatikulla hankaamalla kitakaaria kiertoliikkeellä (klikkaa kuvaan). Näytteenottotikku katkaistaan näyteputkeen jonka korkki laitetaan tiukasti kiinni.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näytteenoton jälkeen varmistetaan, että näyteputken korkki on tiiviisti suljettu ja että näyteastiassa on näytetarra. Tämän jälkeen näyteputki laitetaan 50 ml Falcon-putkeen (tai vastaavaan läpinäkyvään nestetiiviiseen putkeen) ja tämän putken päälle liimataan kopio näytetarrasta sekä mahdolliset muut näytetarrat (RVirNhO- ja/tai -RBaktNhO). Imulima-, BAL- ja yskösnäyteastiat laitetaan läpinäkyvään salpapussiin (minigrip) ja näiden pussien päälle liimataan kopio näytetarrasta sekä mahdolliset muut näytetarrat (RVirNhO- ja/tai -RBaktNhO). Falcon-putket ja muut näytteet sisältävät salpapussit pakataan vielä salpapussiin jossa on imeytysainetta hieman (esim. sellua). Näihin pusseihin voi laittaa useampia näytteitä myös eri potilaista. On tärkeää varmistaa, että primaarisissa näyteastioissa (UTM-putket, ysköspurkit jne.) on vain -CV19NhO tarra. Näytteet lähetetään Fimlabiin normaaleita kuljetusreittejä käyttäen kylmäkuljetuksena (jääkaappilämpötila +2°C…+8°C).

Näyte säilyy jääkaappilämpötilassa 3 vrk.

Menetelmä

Viruksen RNA:n osoittaminen reaaliaikaisella käänteiskopiointi-polymeraasiketjureaktiomenetelmällä (RT-PCR) ja spesifisillä koettimilla.

Tulos valmiina

Tulos saadaan pääsääntöisesti kahden vuorokauden sisällä.

Tulkinta

Normaalisti negatiivinen.

COVID-19 tautia aiheuttavan viruksen (SARS-CoV-2) nukleiinihapon löytyminen on merkki ko. viruksen aiheuttamasta infektiosta.