Tulosta

Tutkimus:
DEK-NUP214 -GEENIEN FUUSIO-RNA, t(6;9), (kvantitatiivinen), JÄÄNNÖSTAUTIMÄÄRITYS
näytä osatutkimukset

Luokitus:
Genetiikka

Käyttöönottopäivä:
5.12.2019

9641 • B -Fuus-qR

9642 • Bm-Fuus-qR

Johdanto

Tutkimus käsittää kvantitatiiviset fuusiogeenitutkimukset:

B -DEK/NUP214 -geenien fuusio-RNA t(6;9) verestä (kval)
Bm-DEK/NUP214 -geenien fuusio-RNA t(6;9) luuytimestä (kval)
 
Kromosomitranslokaatiossa t(6;9)(p22;q34.1) muodostuva DEK-NUP214 -fuusiogeeni on akuuttiin myelooiseen leukemiaan (AML) liittyvä poikkeavuus, joka havaitaan noin 1-2 %:lla AML-potilaista. Geenifuusio tunnetaan myös nimellä DEK-CAN. Kromosomissa 6 sijaitseva DEK-geeni (DEK proto-oncogene) koodaa proto-onkogeenia, joka toimii transkription repressorina. Kromosomiraitaan 9q34.1 paikantuvan NUP214-geenin (nucleoporin 214) koodaama nukleoporiini sijaitsee tumakalvolla ja osallistuu proteiinien kuljetukseen tumasta sytoplasmaan. DEK-NUP214 -fuusiogeenin tuottama nukleoporiini toimii poikkeavasti, mikä johtaa proteiinien, mm. transkriptiofaktoreiden kertymiseen tumaan ja sen myötä poikkeavaan geeniekspression säätelyyn.
 
Translokaatio t(6;9) -positiivisessa AML:ssa voi olla monosyyttisiä piirteitä, ja usein todetaan myös basofiliaa ja monilinjaista dysplasiaa. Poikkeavuus mainitaan WHO 2017 AML-luokituksessa omana entiteettinään ja se liitetään yleisesti huonoon ennusteeseen. Fuusiogeenipositiivisilla potilailla on todettu merkittävästi enemmän FLT3-geenin pituusmutaatioita, kun taas NPM1-geenin pituusmutaatiota ei tässä potilasryhmässä ole todettu. Translokaatiossa t(6;9) fuusio tapahtuu DEK-geenin eksonin 9 ja NUP214-geenin eksonin 18 välillä, jolloin muodostuu tyypin e9e18 fuusiolähetti. Mikäli potilaalla on diagnoosivaiheessa todettu kyseinen e9e18-fuusiotranskripti, tätä tutkimusta voidaan käyttää jäännöstaudin määrityksessä.

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaan. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio puh. 03-311 75328
Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768

Indikaatiot

Jäännöstautianalytiikka, kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä DEK-NUP214 -fuusiogeenin e9e18-lähetti.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen joko 9641 (veri) tai 9642 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Näyte

Tutkimukseen suositellaan luuydinnäytettä. Verinäyte tulee kysymykseen vain, jos ei saada edustavaa luuydinnäytettä.

Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.

Menetelmä

Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.

Tulos valmiina

Tulos on valmiina kahden viikon kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnosta ilmenee mahdollisen jäännöstaudin määrä suhteessa potilaan diagnoosivaiheen näytteeseen. Tulos normalisoidaan GUSB-kontrolligeenin suhteen. Negatiivisen tuloksen yhteydessä ilmoitetaan PCR-ajossa saavutettu herkkyys.

Virhelähteet

CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.