Tulosta

Tutkimus:
MOLEKYYLIKARYOTYYPITYS, SYNNYNNÄISET POIKKEAVUUDET, VERI

Luokitus:
Alihankittavat, Genetiikka

Käyttöönottopäivä:
4.4.2019

6220 • B -MKsyn

Johdanto

Molekyylikaryotyypitys (MK), eli DNA-mikrosiruilla tapahtuva vertaileva genominen hybridisaatio (VGH, array-CGH, aCGH) on menetelmä, jolla voidaan selvittää genomin kopiolukumuutoksia, eli deleetioita ja duplikaatioita koko genomin alueella. Menetelmän erotuskyky on keskimäärin 50-200 kb, joten se on huomattavasti tarkempi kuin tavallinen kromosomitutkimus, jonka erotuskyky on noin 5-10 Mb (5,000 – 10,000 kb). Molekyylikaryotyypitys on selvästi tarkentanut kehityshäiriödiagnostiikkaa ja menetelmällä voidaan havaita sekä mikroskooppisia että submikroskooppisia kromosomimuutoksia, mukaan lukien kaikki tunnetut mikrodeleetio- ja mikroduplikaatio-oireyhtymät (esim. CATCH-22 -oireyhtymä). Toisin kuin tavallinen kromosomitutkimus, molekyylikaryotyypitys ei paljasta tasapainossa olevia rakenteellisia kromosomipoikkeavuuksia (translokaatio, inversio). Menetelmällä ei ole mahdollista osoittaa myöskään geenimutaatioita tai uniparentaalista disomiaa (UPD), ja matala-asteiset mosaikismit voivat jäädä havaitsematta.

Tiedustelut

Sairaalageneetikot puh. 03-311 75504, 03-311 74768

Indikaatiot

Taustaltaan tuntemattoman kehitysviiveen, kehityshäiriön, rakennepoikkeavuuden tai geneettisen taudin/syndrooman selvittely. Epäily mikrodeleetio- tai mikroduplikaatio-oireyhtymästä. Tunnetun kopiolukumuutoksen tutkiminen perheenjäsenellä.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö. Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Näyte

5-7 ml EDTA-verta. Miniminäytemäärä (pienet lapset) on 2 ml.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Näytteet lähetetään huoneenlämpöisenä. Säilytys jääkaapissa (tarvittaessa viikonlopun yli).

Menetelmä

Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 180K mikroarray-lasia, jolla on 180 000 oligonukleotidikoetinta. Koettimet kattavat noin 50-200 kb välein koko ihmisen genomin. Lasille hybridisoidaan yhtä aikaa tutkittavan näytteen ja normaalin vertailunäytteen eri väreillä leimattua DNA:ta. Hybridisaation aikana leimatut DNA:t kilpailevat sitoutumisesta lasilla oleviin oligonukleotideihin, ja näin muodostuneiden värien suhteelliset intensiteetit mitataan laserskannerilla. Intensiteettiarvot antavat tietojenkäsittelyn jälkeen graafisen kuvan, jossa nähdään mahdolliset genomin kopioluvun muutokset.

Tulos valmiina

Noin kahden kuukauden kuluessa näytteen saapumisesta laboratorioon. Kiireellisistä näytteistä on sovittava erikseen ja niistä peritään lisämaksu (vastausaika noin 10 työpäivää).

Tulkinta

Kopiolukumuutokset (CNV) tunnistetaan ja kirjataan. Tulosten tulkinnassa käytetään analyysiohjelmia, joiden avulla erotetaan normaalivariaatioon kuuluvat CNV:t ja mahdolliset kliinisesti merkittävät CNV:t. Kliinisesti merkittävien CNV-alueiden, eli deleetioiden tai duplikaatioiden geenisisältö analysoidaan ja tuloksesta annetaan lausunto. Joskus tutkittavalla havaitun kopiolukumuutoksen tulkinta vaatii vanhempien näytteiden tutkimista. Tällöin kummankin vanhemman tutkimus tilataan erikseen nimikkeellä B -DNAmut (atk-numero 9749) ja atk-pyyntöön tai lähetteeseen merkitään alkuperäisen vastauksen HUSLAB-näytenumero (muotoa ZMK00-000), mikäli se on tiedossa. Vanhempien tutkimuksista lähtee oma lausunto ja laskutus.