Tulosta

Tutkimus:
NUKLEOFOSMIINIGEENIN MUTAATIOANALYYSI, luuydin

Luokitus:
Alihankittavat, Genetiikka

Käyttöönottopäivä:
19.3.2019

9807 • Bm-NPM1-D

Johdanto

Kromosomissa 5 sijaitseva nukleofosmiinigeeni (NPM1) koodaa multifunktionaalista fosfoproteiinia, jolla on tärkeä rooli sekä ribosomin biogeneesissä että sentrosomin kahdentumisessa. Lisäksi sen oletetaan osallistuvan myös p19-p53- tuumorisupressoriproteiini -reaktioketjujen säätelyyn. Nukleofosmiiniproteiini sukkuloi tuman ja sytoplasman välillä ja sitä on tavallisesti runsaimmin nukleoluksessa. Noin kolmanneksella primääristä AML:aa sairastavista on havaittavissa mutaatioita nukleofosmiinigeenissä, mikä aiheuttaa proteiinin sytoplasmisen lokalisaation. Havaitut mutaatiot ryvästyvät NPM1-geenin eksoniin 12 ja ne ovat useimmiten tyypiltään lyhyitä duplikaatioita, insertioita sekä insertion ja deleetion yhdistelmiä. PCR-analyysissä mutaatio on tavallisesti havaittavissa neljän nukleotidin pidentymänä, jonka yksityiskohtainen rakenne on selvitettävissä DNA-sekvensoinnilla. 

NPM1-geenin mutaatioita ei ole kuvattu AML-potilailla, joilla esiintyy spesifisiä kromosomitranslokaatioita, ja valtaosa (80-90 %) NPM1-mutaatiopositiivisista AML-potilaista onkin karyotyypiltään normaaleja. Normaalin karyotyypin lisäksi myös leukeemisten solujen immunofenotyypitystulos voi viitata mahdolliseen NPM1-mutaatioon, sillä yli 90 % näistä potilaista on negatiivisia CD34-kantasolumarkkerin suhteen. NPM1-geenin mutaatiot liittyvät hyvään ennusteeseen karyotyypiltään normaaleilla AML-potilailla, joilla ei esiinny FLT3-geenin mutaatiota.

Bm-NPM1-D-tutkimuksessa diagnoosivaiheen näytteestä PCR-monistetaan osa NPM1-geenin eksonia 12 ja PCR-tuote kokoerotellaan kapillaarielektroforeesilla pituusmutaation osoittamiseksi. Mutaation rakenne selvitetään sekvensoinnilla ja siihen suunnitellaan mutaatiospesifinen PCR-aluke, jota voidaan käyttää TaqMan-PCR -pohjaisessa jäännöstautianalyysissä (katso tutkimus Bm-NPM1-QD). Jäännöstautianalyysi perustuu TaqMan-PCR -tekniikkaan, jossa on mukana mutaatiospesifinen aluke. Analyysin herkkyys tutkitaan diagnoosivaiheen näytteestä tehdyn log-lineaarisen laimennossarjan avulla, ja tästä laimennossarjasta tehtyä standardikuvaajaa käytetään PCR-positiivisen seurantanäytteen jäännöstaudin kvantitointiin.

Tiedustelut

Sairaalageneetikot, puh. 03-311 75937, 050-347 6382

Indikaatiot

AML:n diagnoosivaiheen tutkimus.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö. Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Näyteastia

4 ml CPT-putki

Näyte

Sitraattiruiskulla n. 3 ml luuydintä CPT-putkeen (suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 mL draw capacity).

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina.

Menetelmä

PCR ja fragmenttianalyysi, tarvittaessa DNA-sekvensointi.

Tulos valmiina

Noin kolmen viikon kuluessa näytteen saapumisesta laboratorioon.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto.