Mitä kuuluu koronadiagnostiikalle juuri nyt?
13.1.2022
Fimlabissa tutkitaan tällä hetkellä valtavia määriä koronanäytteitä ja positiivisten löydösten osuus on ennennäkemättömän suuri. Kiireen ohella on pystytty tekemään myös tutkimustyötä, jolla varmistetaan diagnostiikan toimivuus. Tutkimuksen tueksi Fimlab sai Tampereen tuberkuloosisäätiöltä merkittävän apurahan.
Ylilääkäri Tapio Seiskarin mukaan kotimaisella tutkimuksella on pandemian hoidossa tärkeä rooli, sillä sen ansiosta voidaan varmistaa diagnoosien ja hoitoprosessien oikeellisuus.
– Kun tutkimme omaa tekemistämme ja uusia menetelmiä, voimme varmistaa, että teemme asioita oikein ja järkevästi, ja että kehitysaskeleet ovat oikean suuntaisia. Hyvä esimerkki tästä on antigeenitestien suorituskyky, joka tunnetaan Fimlabissa erittäin tarkasti meillä tehtyjen tutkimusten perusteella, Seiskari kuvailee.
Antigeenitestien tiedetään toimivan hyvin, kun hengitystieoireiden alusta on kulunut yhdestä seitsemään vuorokautta. Fimlabissa tehty tutkimus osoittaa kuitenkin selvästi, että aivan oireisen taudin alkuvaiheessa, ja oireettomilla potilailla, antigeenitestin herkkyys on merkittävästi PCR-tutkimusta huonompi.
– Tämä on merkittävä havainto, kun arvioidaan esimerkiksi kansallisia linjauksia kotitestien käytöstä oireettomien seulonnassa, toteaa mikrobiologian osastonylilääkäri Janne Aittoniemi.
Tampereen tuberkuloosisäätiö myönsi Fimlab Laboratoriot Oy:lle puolen miljoonan suuruisen apurahan koronatutkimusta varten. Apurahan voimin on jo tehty tutkimusta ja julkaisuja. Antigeenitestien suorituskyvyn lisäksi on tutkittu vasta-ainetestien toimivuutta ja muun muassa erilaisten näytteenottokohtien soveltuvuutta PCR-diagnostiikkaan. Havainto nenästä otetun PCR-näytteen toimivuudesta on huomioitu suoraan Fimlabin näytteenotto-ohjeistuksessa. Tutkimuksen hyöty on siis ollut hyvin konkreettinen.
Valtavat näytemäärät haastavat ensin näytteenottoa ja pienellä viiveellä analytiikkaa
Vaikka tutkimustyö onkin tärkeää, kasvavat koronatartuntamäärät suuntaavat resurssit valtavista näytemääristä selviämiseen. Loppuvuodesta 2021 tartuntamäärät ja sen myötä myös koronatestaus lisääntyivät merkittävästi kuormittaen Fimlabin henkilöstöä.
Koronan lisäksi hengitystieoireilua ja testauksen tarvetta ovat lisänneet monet muut hengitystievirukset. Etenkin RS-virusta on ollut paljon liikkeellä. Lisäksi omikronvariantin rantautuminen Suomeen on lisännyt sekvensointien tarvetta. Vuodenvaihteen tienoilla positiivisten koronalöydösten määrät lähtivät jyrkkään nousuun, varmasti osin omikronin myötä. Erityisesti positiivisten löydösten runsas määrä on edellyttänyt muutoksia näytekäsittelyssä ja pakottanut luopumaan monista aiemmin käytössä olleista toimintatavoista esimerkiksi näytteiden säilytyksen suhteen. Fokus onkin nyt vahvasti siinä, että kaikki näytteet saadaan tutkittua.
Covid-näytteiden kohdalla ei voida puhua myöskään pelkästään analytiikasta, vaan on huomioitava koko ketju näytteenotosta tuloksiin asti. Se sitouttaa paljon henkilöstöä. Haasteet kohdataan tyypillisesti ensin näytteenotossa, ja näytteiden hyökyaalto tulee pienellä viiveellä analytiikkaan.
– Käytännössä pyrimme lisäämään henkilöstömäärää analytiikkaan sitä mukaan, kun näytemäärät kasvavat. Se ei kuitenkaan aina ole ihan yksinkertaista ja sen myötä myös muun diagnostiikan tekotiheyttä joudutaan mahdollisesti vähentämään, sanoo Seiskari.
Toistaiseksi vain pieni osa suomalaisista on sairastanut taudin. Nyt kiihtynyt vauhti ennustaa, että pikkuhiljaa yhä useampi kohtaa viruksen.
– Toivottavasti mahdollisimman monella ensikontakti virukseen tapahtuu rokotuksen kautta, Seiskari päättää.
Koronanäytteenottaja tekee tärkeää työtä
22.10.2021
Koronanäytteenottajat tekevät yhteiskunnallisesti merkityksellistä työtä, johon kukaan ei vielä pari vuotta sitten ollut osannut varautua. Näytteenottopisteiden arki on rutinoitunut, mutta yhä testattavaksi tulee asiakkaita, joille koronatesti tehdään ensimmäisen kerran.
Tarja Heikkisellä on takana pitkä ura laboratoriossa Heinolassa. Työhön on kuulunut lähinnä sydänfilmien ottamista, joskin Fimlabin myötä toimenkuva on monipuolistunut. Kun koronatartuntoja alkoi keväällä 2020 tulla, Tarjaa pyydettiin töihin koronanäytteenottoon.
– Vastasin ensin kieltävästi, koska ajattelin etten osaa hypätä uuteen rooliin. Toukokuussa esimies ehdotti asiaa uudelleen ja totesin, että hyvä on, näin tehdään, Tarja muistelee.
Tarja kehuu saamaansa perehdytystä työhön. Työstä näytteenottajana on tullut lopulta varsin mieluisa, vaikka alku jännittikin. Aiempaan työhön verrattuna Tarja saa myös olla enemmän vuorovaikutuksessa asiakkaiden kanssa, mikä on edesauttanut viihtymistä. Etenkin lasten kanssa työskentely on ollut mieluisaa.
– Näytteenottoon saapuvat ihmiset ovat yleensä varsin kiitollisia saamastaan palvelusta ja palaute on pääasiallisesti myönteistä, Tarja kertoo.
Turvallinen työ epävarmoina aikoina
Tampereen Hakametsän drive-in-koronanäytteenotossa työskentelevä Heli Sinisaari siirtyi koronanäytteenottajaksi aiemmasta työstään Fimlabin Nokian laboratoriosta elokuussa 2020. Nokialla hän oli tottunut ottamaan verinäytteitä, sydänfilmejä ja ohjaamaan spirometriatutkimuksia. Vaikka vielä tuolloin näytteenoton arjessa oli monia epäselvyyksiä esimerkiksi suojautumisesta, Heli otti tehtävän innolla vastaan.
– Minulla oli hyvin turvallinen olo, vaikka ajat olivatkin epävarmoja. Osa asiakkaista sen sijaan jännittää näytteenottoa edelleen, sillä joka päivä drive-in-linjalle saapuu ihmisiä, jotka eivät ole ennen olleet koronatestissä, Heli sanoo.
Heli muistuttaakin, että kohtaaminen koronanäytteenottajan kanssa on aina asiakkaalle ainutlaatuinen tilanne. Heli haluaa omalta osaltaan pitää huolta siitä, että jokaisella asiakkaalla on testissä turvallinen olo ja että he saavat tarpeeksi tietoa siitä, miten prosessi etenee.
Vaikka koronanäytteenottajan työ onkin niin sanotusti pätkätyötä, Heli on viihtynyt siinä hyvin. Työt saattavat loppua, jos koronatilanne muuttuu radikaalisti, mutta toistaiseksi testaukselle on vielä runsaasti kysyntää.
– Työn ehdoton suola on ollut tiimi, jossa saan työtä tehdä. Tulemme eri taustoista ja meitä on myös johdettu erinomaisesti, Heli kehuu.
Eturintamassa yhteisen hyvän puolesta
Sekä Heli että Tarja kokevat, että heidän tekemäänsä työtä arvostetaan ja se on merkityksellistä. Molemmilla on ollut vahva tunne siitä, että he haluavat toimia niin sanotusti eturintamassa, kantaa oman kortensa kekoon ison asian puolesta.
– En halua missään nimessä nostaa itseäni ja omaa työpanostani kenenkään yläpuolelle, sillä tämä tehtävä vain nyt sattui eteeni. Olen kuitenkin ylpeä siitä työstä, jota teemme, ja vaikka korona onkin ikävä asia, olen nauttinut tästä haasteesta vielä näin urani ”iltatunteina”, Tarja kuvailee.
Jotta näytteenottajien työ toimii, tarvitaan kaikkien työntekijöiden saumatonta yhteistyötä. Asiakas varaa ajan ensin puhelimitse ja käy testissä, sen jälkeen esimerkiksi Helin tai Tarjan ottama näyte kulkee laboratorioon analysoitavaksi. Kun asiakas saa tuloksensa, näytteenotto on täyttänyt tehtävänsä ja on valmiina palvelemaan seuraavia näytteelle tulijoita.
Tampere: Drive-in-koronanäytteenottopiste palvelee Hakametsässä 11.9. alkaen
8.9.2021
• Tiedote päivitetty: 6.9.2021
Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksella toimiva Fimlabin suurtehon drive-in-koronanäytteenottopiste muuttaa Hakametsään. Hakametsän jäähallin parkkipaikalle pystytettävä drive-in-koronanäytteenottopiste palvelee asiakkaita lauantaista 11.9.2021 alkaen. Messukeskuksen näytteenottopiste suljetaan perjantaina 10.9.2021 klo 16.
Hakametsän koronanäytteenottopisteessä asiakkaita voidaan palvella kuudella näytteenottokaistalla. Näytteenottopisteen kapasiteetti riittää vastaamaan suureenkin testaustarpeeseen, noin 600 testiin päivässä.
Hakametsän drive-in-koronanäytteenottopiste palvelee ma–su klo 8–20. Liigapelipäivinä näytteenotto suljetaan todennäköisesti jo klo 16. Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen. Saavuthan näytteenottoon vasta omalla ajanvarausajallasi.
Katso tästä saapumisohjeet Hakametsän drive-in-koronanäytteenottoon 11.9.2021 alkaen
Arrival to drive-in-testing at Hakametsä Septemper 11 2021 onwards
Drive-in-näytteenotto – näin se toimii
Testattavat saapuvat näytteenottoon autolla. Ensimmäiseksi he tulevat tarkastuspisteeseen, josta ollaan puhelimella yhteydessä näytteenoton ohjaukseen. Tarkastuspisteessä tarkistetaan, että testattavalle on tehty lähete ja varmistetaan oikea puhelinnumero, johon tekstiviestivastaus valmistuneesta tuloksesta lähetetään.
Tarkastuspisteen jälkeen testattava ajaa auton varsinaiseen näytteenottoon. Testattava näyttää Kela- tai ajokorttia näytteenottajalle, joka näin varmistaa testattavan henkilöllisyyden. Sen jälkeen näytteenottaja ottaa nenänielunäytteen testattavasta auton ikkunan kautta.
Tutkimustulos lähetetään testattavalle tekstiviestillä automaattisesti sen valmistututtua.
Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen. Saavuthan näytteenottoon vasta sinulle varatulla ajalla.
Tampere: Uusi koronanäytteenottopiste Nekalaan
25.8.2021
• Tiedote päivitetty: 5.10.2021
Fimlab avaa Tampereelle uuden koronanäytteenottopisteen maanantaina 30.8.2021. Näytteenotto sijaitsee Nekalassa osoitteessa Viinikankatu 44 G ja se on avoinna päivittäin klo 8–20. Koronanäytteenotto Hatanpään ja TAYSin näytteenottopisteissä päättyy sunnuntaina 29.8.2021.
Nekalan koronanäytteenottopisteessä on kolme ilmoittautumishuonetta ja seitsemän näytteenottohuonetta. Joustavan palvelukonseptin avulla näytteenottopisteessä on mahdollista palvella 500–600 asiakasta päivässä. Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen. Saavuthan näytteenottoon vasta omalla ajanvarausajallasi.
Katso tästä saapumisohjeet Nekalan koronanäytteenottoon 30.8.2021 alkaen
Arrival to Nekala coronavirus sampling August 30 2021 onwards
Drive-in-koronanäytteenottopiste muuttaa syyskuussa Hakametsään
Toinen muutos Fimlabin Tampereen koronanäytteenottopisteisiin on luvassa syyskuussa, kun Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksella toimiva suurtehon drive-in-koronanäytteenottopiste muuttaa Hakametsään. Hakametsän jäähallin parkkipaikalle pystytettävä drive-in-koronanäytteenottopiste palvelee asiakkaita lauantaista 11.9.2021 alkaen. Messukeskuksen näytteenottopiste suljetaan perjantaina 10.9.2021 klo 16.
Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen. Saavuthan näytteenottoon vasta sinulle varatulla ajalla.
Pirkanmaa: Koronatestaus on ruuhkautunut
6.8.2021
Pirkanmaan koronatilanne on pahentunut ja koronatestaus tällä hetkellä erittäin ruuhkautunut.
Pirkanmaan sairaanhoitopiirin suositus (julkaistu 2.8.2021) on, että koronakaranteenia ei lyhennettäisi testauksella. Jotta vältämme suuremmat viiveet näytteenottoon pääsyssä ja pystymme kohdentamaan näytteenottoa koronaoireisten testaamiseen, suosittelemme että karanteenissa olevat oireettomat eivät nyt hakeutuisi koronatestiin karanteeniaikaa lyhentääkseen. Mikäli karanteenin aikana tulee koronaoireita, testiin tulee hakeutua.
Koronatestauksen eri menetelmät tutuiksi
18.5.2021
Koronatestaus on puhuttanut jo pitkään, ja useita eri termejä vilisee julkisessa keskustelussa. Nyt kotikäyttöön tarkoitetut koronatestit ovat tulleet kauppoihin myös Suomessa. Mitä eri testityypeistä on syytä tietää, ja voiko kotitestiä verrata laboratoriotestaukseen?
PCR-testaus, pikatestaus, antigeenitestaus, sekvensointi… Kaikki liittyvät koronadiagnostiikkaan, mutta miksi testausmenetelmiä on niin monenlaisia? Kun mediassa puhutaan koronan pikatestauksesta, viitataan tällä usein antigeenitestaukseen. Antigeenitestauksessa tulos saadaan laboratoriolaitteiden sijaan testiliuskan avulla, ja vastaus valmistuu alle tunnissa. Tällaisia antigeenitestejä ovat nyt myös kaupoista suoraan kuluttajille myytävät pikatestit.
– Antigeenitestejä on tarjolla hyvin monenlaisia. Tiedämme hyvin ammattilaisten käytössä olevien testien toimivuuden, mutta markkinoille tulevien kotitestien suhteen tilanne ei ole niin selkeä, mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari toteaa.
Seiskarin mukaan vahvat epäilyt koronavirusinfektiosta pitäisi aina tutkia ammattilaisten toimesta.
– Positiivinen testitulos vaatii ammattilaisen tekemää varmistustestiä, ja negatiivinen tulos ei missään tapauksessa voi kumota karanteenipäätöstä, Seiskari linjaa.
Fimlabissa laboratoriotason antigeenitestausta tehdään kolmen sairaanhoitopiirin alueella. Näissä tapauksissa hoitoyksikkö hoitaa testauksen käytännössä ja testauksen valvonnasta vastaa laboratorio.
Monipuolista PCR-testausta
Valtaosa Suomessa tehtävästä koronadiagnostiikasta, PCR-massatestauksesta, on keskitetty maamme suurimpiin keskuslaboratorioihin, joihin myös Fimlabin keskuslaboratorio Tampereella lukeutuu. PCR-massatestausta tehdään suurille näytemäärille suunnitelluilla laitteilla, jotka mahdollistavat jopa tuhansien näytteiden analysoinnin päivässä. Suuren tutkimuskapasiteetin ohella menetelmän etuna voidaan pitää myös sen luotettavuutta. Yksittäisen näytteen läpimeno isoissa laitteissa vie kuitenkin useamman tunnin.
PCR-testausta voidaan tehdä myös pienemmillä laitteilla pika-PCR:nä ja vierianalyyttisena POC-PCR:nä. Keskussairaalatasolla käytössä olevalla pika-PCR-testauksella voidaan analysoida laitemäärästä riippuen enimmillään joitakin satoja näytteitä. Tämän testausmuodon etuna on paikallinen ja suhteellisen nopea diagnostiikka – tulos voidaan saada parissa tunnissa.
Eri hoitoyksiköissä, kuten ensiavussa, pikaisen analysoinnin tarvetta palvelee vierianalyyttinen menetelmä. Tämä testimuoto on verrattavissa influenssa-PCR-testaukseen, joka on ollut käytössä jo useita vuosia. Vierianalytiikka tarkoittaa nimensä mukaisesti sitä, että näyte analysoidaan laboratorion sijasta paikan päällä, lähellä potilasta. Vastaus saadaan ripeästi, mutta POC-PCR-laitteiden kapasiteetti riittää enimmillään kymmenien näytteiden tutkimiseen päivässä.
Sekvensoimalla tunnistetaan variantit
Viruksen osoittamiseen tähtäävän diagnostiikan ohella testausrepertuaariin kuuluu sekvensoinnin menetelmä. Sekvensointia käytetään virusvarianttien tunnistamiseen, ja sitä voidaan tehdä eri laajuisina tutkimuksina. Suppeampi tapa on kohdentaa tutkimus tunnettujen varianttien muutosalueisiin. Laajemmassa sekvensoinnissa voidaan tutkia viruksen noin 30 000 nukleotidia pitkä genomi kokonaisuudessaan.
– Osa positiivisista koronanäytteistä sekvensoidaan epidemiologisen tilanneseurannan tueksi. Näin säilytetään ajantasainen tilannekuva eri alueilla liikkuvista varianteista ja niiden yleisyydestä, genetiikan erikoisalajohtaja Mauri Keinänen sanoo.
Tampereen koronanäytteenottopisteet auki myös pääsiäispyhinä
1.4.2021
Fimlabin koronanäytteenotto Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksen E-hallissa sekä Hatanpäällä ja Taysissa palvelevat myös pääsiäispyhien ajan. 2.–5.4. välisenä aikana toimipisteet ovat auki seuraavasti: Messukeskus klo 10–18, Hatanpää klo 9–17 ja Tays klo 10–18.
Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen.
Koronatestauksen tuotantovarmuus on hyvä
Fimlabin koronatestauksen tuotantovarmuus on hyvällä tasolla. Tutkimuslaitteistoa on jatkuvasti vahvistettu ja myös tarvikkeiden globaali saatavuus on tällä hetkellä hyvä. Nykyisellä laitteistolla on mahdollista tutkia noin 5000 koronanäytettä vuorokaudessa. Viime aikoina tutkimusmäärät ovat pyörineet 3000–4000 näytteen päivätasolla. Valtaosa testituloksista vastataan vuorokauden sisällä näytteenotosta.
Koronavirusten tarkempi tunnistaminen sekvensoinnilla on jatkunut Fimlabissa kuukauden päivät. Tällä hetkellä sekvensointiin päätyy 20–60 näytettä viikossa. Koko virusgenomin sekvensoinnilla näytteistä tunnistetaan paitsi yleisimmät maailmalla leviävät variantit myös mahdolliset uudet muunnokset.
Koronavirusmuunnosten sekvensointi aloitettu Fimlabissa
1.3.2021
Fimlabin Tampereen keskuslaboratoriossa on käynnistetty koronavirusmuunnosten tunnistaminen sekvensoinnilla. Sekvensointia käytetään virusvarianttien seurantaan nopeasti kehittyvässä pandemiassa. Mutaatioita seuraamalla voidaan tarkimmillaan selvittää yksittäisten tartuntaketjujen kulkua.
Sekvensointi on pystytetty tiiviissä yhteistyössä mikrobiologian ja genetiikan erikoisalojen sekä Tampereen yliopiston kanssa. Genetiikan laboratoriolla vakiintuneessa käytössä olleet menetelmät ja kokemus sekvensoinnista osana muun muassa syöpädiagnostiikkaa ovat edesauttaneet menetelmän käyttöönottoa myös virusvarianttien tunnistamiseen.
Sekvensoinnin tavoite on epidemiologinen seuranta
Koronaviruksen osoitus potilasnäytteistä perustuu PCR-testaukseen, jossa tutkitaan yhtä tai muutamaa ennalta määritettyä sekvenssipätkää kerrallaan. Tämän vuoksi menetelmä sopii hyvin viruksen osoittamiseen suurista näytemääristä.
Sekvensoinnin merkitys osana koronadiagnostiikkaa heräsi tarpeesta seurata maailmalla leviämään lähteneiden virusvarianttien kulkua. Nyt on selvää, että variantit leviävät vauhdilla, ja brittivariantista on tulossa uusi valtavirus myös Suomessa.
– Elämme murrosvaihetta sen suhteen, millainen testausstrategia virusvarianttien sekvensointiin tullaan linjaamaan. Resurssien turvaamisen näkökulmasta on tärkeää, ettei lähdetä ylimitoitettuun sekvensointiin. Tarvitsemme systemaattista sekvensointia tietääksemme, minkälaisia viruskantoja Suomessa on liikkeellä. Näin voimme varmistaa myös PCR-diagnostiikan toimivuuden, toteaa mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari.
– Vallitsevassa tilanteessa on tarkoituksenmukaista pysytellä nimenomaan epidemiologisen tilannekuvan rakentamisen tasolla, koska tällä on merkitystä arvioitaessa esimerkiksi rokotteiden tehoa kiertäviin viruskantoihin, lisää mikrobiologian erikoislääkäri Minna Paloniemi.
Sekvensointimenetelmiin kohdistuvat vaatimukset kasvavat, kun genomia määritetään tarkemmin, eikä vain seurata tiettyjen, yksittäisten varianttien leviämistä.
– Yhden sekvenssinäyte-erän kattava analysointi koko virusgenomin osalta on vaativaa ja kestää kaikkine vaiheineen useamman päivän. Siksi sekvensointi ei varsinaisesti palvele taudin diagnostiikkaa, vaan enemmänkin juuri epidemian seurantaa, sanoo genetiikan erikoisalajohtaja Mauri Keinänen.
Koronadiagnostiikassa siirrytään seuraavalle tasolle
5.2.2021
• Tiedote päivitetty: 22.2.2021
Fimlabin Tampereen keskuslaboratorioon pystytetään parhaillaan uutta sekvensointijärjestelmää, jolla voidaan skannata virusten perimää. Tähän asti positiiviset koronanäytteet on tarvittaessa lähetetty Helsinkiin THL:n tekemää muunnosten sekvenssianalyysia varten.
Mikrobiologian molekyylilaboratorion menetelmistä vastaava sairaalamikrobiologi Bruno Luukinen on ollut pandemian alusta asti käynnistämässä koronadiagnostiikkaa Fimlabilla.
– Sain erikoistumisopinnot valmiiksi juuri sopivasti helmikuussa 2020, kun virus alkoi toden teolla levitä maaliskuussa. Hyppäsin liikkuvaan junaan, kun aloitimme koronadiagnostiikan pystyttämisen. Muutosten vauhti ei ole sen koommin laantunut, ja nyt olemme taas uuden, mielenkiintoisen vaiheen edessä, Luukinen kuvailee.
Molekyylilaboratorion lääketieteellisestä puolesta vastaa kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri Minna Paloniemi, joka liittyi mukaan tiimiin syksyllä palattuaan post-doc-tutkimustyöstä Cambridgesta, Englannista.
Sekvensointi avaa perimän
Vuoden aikana tutkimusmäärät Fimlabin laboratoriossa ovat nousseet räjähdysmäisesti.
– Pandemian alkumetreillä pohdimme tosissamme, voisimmeko nostaa päivittäisiä näytteenottomääriä lähemmäs 40:tä. Tällä hetkellä teemme parhaimmillaan noin 4 000 PCR-testiä päivässä, mikä vastaa yhden keskimääräisen influenssakauden koko näytemäärää, Luukinen havainnollistaa.
PCR-testissä tutkitaan vain yhtä tai muutamaa ennalta määritettyä sekvenssipätkää kerrallaan, minkä vuoksi menetelmä sopii hyvin viruksen tunnistamiseen, mutta huonosti mutaatioiden seurantaan alati kehittyvässä pandemiassa. Sekvensointimenetelmien avulla taas voidaan analysoida viruksen koko perimää jopa yksittäisen nukleotidin tasolla. Mutaatioita seuraamalla voidaan tarkimmillaan selvittää yksittäisten tartuntaketjujen kulkua.
Sekvensoinnin käyttöönotto aloitetaan Tampereella helmikuun aikana koronavarianttien määrittämisellä. Osaamisen kartuttua on tarkoitus jatkaa nopeasti uuden sukupolven kokogenomisekvensointimenetelmiin.
– Pandemiatilanteessa on toki tarkoituksenmukaisempaa pysytellä epidemiologisen tilannekuvan rakentamisen tasolla, sillä yhden sekvenssinäyte-erän analysointi on hidasta ja vie kaikkine vaiheineen useamman päivän, toteaa Paloniemi.
Yhteistyöllä virusta vastaan
Sekvenssitestauksessa kertyy valtavat määrät tietoa. Testauksen myötä rakennetaan sekä kansallista että kansainvälistä tietokantaa, joiden avulla pystytään luokittelemaan ja ryhmittelemään löydökset. Uusien mutaatioiden kautta syntyvien koronavarianttien liikkeitä voidaan siten paremmin seurata ja tarvittaessa kohdentaa epidemian hallintaan liittyviä toimia ajoissa. Siitä, miten ja missä määrin laajaa datapohjaa aiotaan jatkossa hyödyntää, päättää THL, joka vastaa kansallisen testausstrategian luomisesta.
Pandemian myötä yhteistyö erikoisalojen laboratorioiden välillä on tiivistynyt. Esimerkiksi osa genetiikan käytössä olleista sekvensointilaitteista alkaa palvella jatkossa myös koronadiagnostiikkaa. Myös genetiikan osaaminen ja kokemus sekvensoinnista on äärimmäisen tärkeä osa yhteistyötä. Paloniemen mukaan kaikki mahdollinen osaaminen on syytä hyödyntää kilpajuoksussa virusta vastaan.
– Sekvensointiprojektissa teemme yhteistyötä genetiikan laboratoriomme lisäksi myös THL:n ja Tampereen yliopiston kanssa. Yhdistämällä voimamme pystymme vastaamaan mahdollisimman nopeasti uusiin koronadiagnostiikkaan liittyviin haasteisiin ja siten omalta osaltamme vaikuttamaan epidemian hyvään hallintaan.
Fimlab on varautunut näytemäärien kasvuun
1.2.2021
Koronatilanne on jälleen valtakunnallisesti kiihtynyt. Kasvavat pyyntömäärät heijastuvat myös vasteaikoihin koronanäytteenotosta tulokseen. Tällä hetkellä Fimlabissa tutkitaan keskimäärin lähes 3000 näytettä päivässä. Määrät ovat kasvussa ja päivittäinen vaihtelu on suurta: arkipäivisin pyyntöjä saatetaan tehdä nelinkertaisesti viikonloppuun nähden.
Fimlabin toiminta-alueista Keski-Suomi, Kanta-Häme ja osa Päijät-Hämeestä ovat koronatilanteen leviämisvaiheessa ja Pirkanmaa sekä Pohjanmaa kiihtymisvaiheessa. Seuraamme tilanteen kehittymistä tarkasti ja olemme varautuneet näytemäärien kasvuun.
– Tehostamme jatkuvasti toimintaamme niin, että pystymme käsittelemään suurempia näytemääriä. Parhaillaan olemme automatisoimassa pitkälti käsityönä tehtävää näytteiden esikäsittelyä. Hyödyntämällä automaatiota entistä laajemmin analyysia voidaan nopeuttaa, mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari sanoo.
Tuotantovarmuuden takaamiseksi Fimlab hyödyntää tarvittaessa myös tutkimusten alihankintaa yhteistyölaboratorioista.
Viruksen osoitustutkimusten rinnalla Fimlab kehittää parhaillaan yhdessä Tampereen yliopiston kanssa menetelmiä vauhdilla leviävien varianttivirusten tunnistamiseksi. Pyrkimyksenä on päästä aloittamaan sekvensointitutkimukset Fimlabissa jo helmikuussa.
Messukeskuksen koronanäytteenotto muuttaa E-halliin jo aatonaattona
18.12.2020
• Tiedote päivitetty: 21.12.2020
Fimlabin suuren tehon drive in -koronanäytteenotto Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksessa muuttaa A-hallista E-halliin keskiviikkona 23. joulukuuta. Muuton myötä A-halli palautuu alkuperäiseen tarkoitukseensa liikuntahalliksi urheilijoiden käyttöön. Näytteenoton kapasiteettiin muutolla ei ole vaikutusta.
Aiemmin Tampereen kaupungin kanssa neuvotellusta jatkoajasta huolimatta Fimlabin koronanäytteenoton muuttoaikataulua Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksessa on päätetty aikaistaa.
– Ymmärrämme hyvin liikuntatoimen tarpeen tilankäytölle ja olemme myös arvioineet näytteenoton kuormitusta joulun ja uudenvuoden aikaan. Tulimme siihen tulokseen, että ennen joulua on paras ajankohta muutolle, kertoo Fimlabin Pirkanmaan aluejohtaja, ylilääkäri Anna-Maija Haapala.
Muutto ei aiheuta katkosta näytteenottotoimintaan
Näytteenottotoiminta Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksen A-hallissa päättyy tiistaina 22.12. kello 19. Toiminta E-hallissa alkaa heti seuraavana aamuna kello 7.30.
– Sisäänajo E-halliin tapahtuu hallin pohjoispuolelta. Käytännössä se tarkoittaa, että näytteenottoon tultaessa on ajettava lenkki hallin toiselle puolelle. Vastaavasti ulosajo tapahtuu hallin eteläpuolelta. Uusi reitti vaatii autoilijoilta huolellisuutta liikenneturvallisuuden takaamiseksi, Haapala toteaa.
Uudet saapumisohjeet päivittyvät Fimlabin verkkosivuille ennen muuttoa. Näytteenoton kapasiteetti säilyy ennallaan. Enimmillään suuren tehon drive in -näytteenotossa on otettu lähes 1300 näytettä päivässä.
Koronanäytteenotto palvelee myös joulunpyhinä
Fimlabin koronanäytteenotto Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksen E-hallissa sekä Hatanpäällä ja Taysissa palvelevat myös joulunpyhien ajan. Toimipisteet ovat pyhinä auki seuraavasti: 24.12. klo 8–16, 25.–27.12. klo 10–18 ja 1.–3.1.2021 klo 10–18. Uudenvuoden aattona 31.12. messukeskus palvelee klo 7.30–19.30 ja Tays klo 7.15–19.30.
Arkena ja viikonloppuisin toimipisteet palvelevat pääsääntöisesti seuraavasti: Messukeskus ma–su klo 7.30–19.30, Hatanpää ma–pe klo 8–19.30, la–su klo 9–17 ja Tays ma–su klo 7.15–19.30. Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen.
Laiterikko on saatu korjattua – koronatestien vasteajat normalisoituvat
11.12.2020
Viime viikkoina Fimlabin koronatestausta haastanut laiterikko osassa tutkimuslinjastoa on saatu korjattua. Tutkimuskapasiteetin palautuminen ennalleen vähentää tarvetta alihankinnalle ja lyhentää tutkimustulosten vasteaikoja.
– Pari viime viikkoa ovat olleet ennätyksellisen tiiviitä. Valtakunnallisesti kiihtynyt koronatilanne yhdistettynä laiterikkoon aiheutti jonkin verran vasteaikojen venymistä. Tilanteen pitäisi nyt huomattavasti helpottaa, kertoo mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari.
Tutkimuslinjastoa jo kesällä täydentämään tilatun laitteen asennus on myös parhaillaan käynnissä. Laitelisäyksen myötä tuotantovarmuus kasvaa entisestään.
– Kuluva viikko on tutkimuspyyntöjen valossa hieman kahta edeltävää viikkoa rauhallisempi. Tulevista päivistä ja viikoista ei toki voi vielä tietää, Seiskari toteaa.
Tuotantovarmuuden takaamiseksi Fimlab hyödyntää jatkossakin tarvittaessa tutkimusten alihankintaa yhteistyölaboratorioista. Olemassa olevien alihankintakanavien ohelle rakennetaan parhaillaan logistisia ja tietoyhteyksiä myös HUSin tutkimuskapasiteetin hyödyntämiseksi.
Laboratoriopalveluille laajaa kysyntää
Tavanomainen laboratoriopalveluiden kysyntä jatkuu kiivaana koronanäytteenoton ja -tutkimusten ohella.
– Edelliset pari viikkoa ovat olleet hyvin haastavia. Koronaepidemia on heijastunut myös peruspalvelutuotantoomme, koska sairastumiset ja karanteenitoimet ovat koskettaneet myös laboratoriohenkilöstöä. Koronatutkimusten vastausviiveet ovat aiheuttaneet paljon kysymyksiä ja palautetta asiakkailtamme, kertoo palvelujohtaja Anu Mustila.
Fimlabin toiminta-alueista Päijät-Häme ja Kanta-Häme ovat koronatilanteen osalta leviämisvaiheessa ja Pirkanmaa, Keski-Suomi ja Pohjanmaa kiihtymisvaiheessa. Tutkimuspyyntöjen määrä on hieman tasoittunut kuluneen viikon aikana. Koronanäytteenottoon pääsee nopeasti ja tulosten vasteaikoja saadaan nyt nopeutettua. Fimlabissa tutkitaan nyt keskimäärin yli 3000 koronanäytettä päivässä. Kiivaimpina päivinä tutkimusmäärät ovat olleet 4000 näytteen luokkaa.
Suomessa todetaan tällä hetkellä 400–500 positiivista koronatulosta päivittäin. Positiivisten tulosten osuus on kasvanut myös ikääntyneen väestön keskuudessa. Tämä voi ennakoida terveydenhuollon tehohoitokapasiteetin kuormittumista tulevina viikkoina.
Tutkimuskapasiteetti vahvistunee ensi viikon aikana
3.12.2020
Koronatilanne on kiihtynyt ympäri Suomea viime viikkojen aikana. Tämä näkyy myös näytteenottomäärissä. Fimlabin alueella tutkitaan tällä hetkellä noin 3200 covid-19-näytettä päivässä. Tutkimusmäärien ohella myös positiivisten tulosten osuus on kasvanut selvästi viimeisten kahden viikon aikana.
– Näytteitä tulee tällä hetkellä rajusti. Näytteiden suuren määrän ohella painetta aiheuttaa yhden keskeisen laitteen rikkoutuminen päätutkimuslinjastossamme. Varaosista ja tutkimustarvikkeista käydään globaalia kilpailua ja niiden saatavuudessa on viiveitä, kertoo mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari.
Haasteista huolimatta vasteajat ovat pysyneet kohtuullisina eikä näytteitä ole päässyt kasaantumaan. Rinnakkaisia laitteita on useita, ja laiterikon aiheuttamaa tutkimuskapasiteetin tilapäistä pienentymistä on paikattu lisäämällä alihankintayhteistyötä.
– Paitsi omaa tuotantoa myös alihankintakanavia kehitetään koko ajan. Yhteistyö muiden toimijoiden kanssa on ensiarvoisen tärkeää riskien hallinnan kannalta, Seiskari toteaa.
Tutkimuskapasiteetti saamassa vahvistusta
Laiterikon korjaamiseksi tarvittava varaosa saataneen ensi viikon aikana. Tämän lisäksi tutkimuskapasiteettiin on Seiskarin mukaan tulossa lisävahvistusta, kun jo keväällä tilattu laitevahvistus saadaan käyttöön lähiviikkoina.
– Tutkimusjärjestelmäämme täydentävän laitteen asennus alkaa näillä näkymin ensi viikon aikana. Laite kootaan paikan päällä ja asennustyö vie useammalta henkilöltä pari viikkoa, eli puhutaan varsin suuresta laitteesta. Uuden laitteen myötä myös tarviketoimituksiin on odotettavissa helpotusta.
Ennätysmäärä näytteitä päivässä
Joulukuun ensimmäisenä päivänä pelkästään Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksen drive-in-näytteenottopisteessä otettiin yli 1000 näytettä.
– Messu- ja Urheilukeskuksen suurtehon drive-in-näytteenottopisteessä koronanäytteitä otetaan aamusta iltaan kahdeksalla ajolinjalla. Ruuhkasta huolimatta ajan koronanäytteenottoon saa viimeistään seuraavalle päivälle, kertoo Pirkanmaan aluejohtaja, ylilääkäri Anna-Maija Haapala.
Fimlab vastaa koronatutkimuksista viiden sairaanhoitopiirin alueella Suomessa: Pirkanmaalla, Kanta-Hämeessä, Keski-Suomessa, Päijät-Hämeessä ja Pohjanmaalla. Kaikki toimialueet ovat tällä hetkellä koronaepidemian kiihtymis- tai leviämisvaiheessa. Ruuhkaisuudesta huolimatta vasteajat ovat pysyneet kohtuullisina ja tilanne vakaana.
Käytäthän kasvomaskia tullessasi näytteenottoon ja asioidessasi laboratorioissamme.
Laboratorioissa on varauduttu uuteen korona-aaltoon
18.5.2020
Koronaviruksen testauskapasiteettia on kasvatettu Fimlabissa koko kevään ajan. Valmius lisääntyvien näytemäärien tutkimiseen on erittäin hyvä.
Koronapandemia levisi Eurooppaan ja Suomeen hyvin nopeasti. Diagnostiikkaa jouduttiin pystyttämään kiireellä, ja toiminnan kehittämistä leimasi jatkuva reagointi muuttuviin tilanteisiin. Fimlabilla koronatestauksesta vastaavan, mikrobiologian erikoisalajohtaja Tapio Seiskarin mukaan tilanne on nyt tasaantunut.
– Ensimmäiseen aaltoon emme olleet juuri osanneet varautua. Toisen aallon aikana tilanne tulee olemaan täysin erilainen. Siihen olemme nyt testauskapasiteetin ja diagnostiikan puolesta hyvin valmistautuneita.
Fimlab vastaa koronavirustestauksesta viiden sairaanhoitopiirin alueella Pirkanmaalla, Päijät-Hämeessä, Kanta-Hämeessä, Keski-Suomessa ja Pohjanmaalla. Varsinainen diagnostiikka tapahtuu pääosin Fimlabin keskuslaboratoriossa Tampereella.
Poikkeuksellista diagnostiikkaa
Ensimmäiset koronavirustutkimukset tehtiin Fimlabissa helmikuun lopussa. Tällöin ei markkinoilla ollut vielä kaupallisia testejä tarjolla, vaan testit piti rakentaa itse paikan päällä laboratoriossa. Testausmäärät olivat aluksi hyvin pieniä, noin kymmenkunta testiä päivässä. Vain epidemia-alueiksi luokitelluilta alueilta Suomeen palanneet oireiset henkilöt testattiin.
Epidemia-alueen nopea laajentuminen kasvatti näytemääriä huomattavasti. Samaan aikaan markkinoille saatiin useita erilaisia kaupallisia menetelmiä, joita Fimlabissakin on hyödynnetty. Maaliskuun lopussa tutkittiin jo noin 250 näytettä päivässä. Huhtikuun loppuun mennessä näytemäärä tuplaantui. Tilanne on pysynyt siitä asti ennallaan, ja edelleen Fimlabissa tutkitaan noin 500 koronanäytettä päivässä.
– Pandemia on Suomessa nyt aika lailla pysähtynyt ja tilanne on hyvällä mallilla. Suomi on tosi hyvin onnistunut tavoitteessaan hillitä viruksen leviämistä, Seiskari toteaa.
Kova kuorma näytteenotolle
Nyt, kun yhteiskunnan rajoituksia on alettu purkaa, näytemäärät tulevat kasvamaan. Tähän on Fimlabissa varauduttu. Uudet laitehankinnat, joilla testausta saadaan automatisoitua ja tehostettua huomattavasti, saataneen käyttöön kesäkuun alussa. Lisäksi Fimlab on aloittanut vasta-ainetestauksen tukemaan infektioiden toteamista. Myös näytteenottovälineiden saatavuus on jatkuvasti parantunut.
– Testauskriteerit ovat nyt matalalla ja hyvin lieväoireistenkin tulisi päästä testeihin. Viimeistään syksyllä leviävät kausiflunssat tulevat varmasti kasvattamaan näytemääriä entisestään. Vaikka kapasiteettia moninkertaistuvalle tutkimusmäärälle laboratorioissa nyt onkin, saattaa koronanäytteenottoon pääsy muodostua pullonkaulaksi joillakin alueilla, huomauttaa Seiskari.