Suosittelemme maskin käyttöä laboratoriossa asioidessasi, mikäli sinulla on hengitystieinfektion oireita. Saavuthan laboratorioon vasta juuri ennen sinulle varattua aikaa.
Varaa aika puhelimitse
Kanta-Häme, Keski-Suomi, Pirkanmaa ja Päijät-Häme (Arkisin ma-pe klo 7-18)
Koronan työllistävä vaikutus on ollut jo pidempään laskusuuntainen, minkä myötä Fimlabin mikrobiologian erikoisalalla on voitu jälleen keskittyä paremmin eri projekteihin. Valmiutta pidetään kuitenkin yhä yllä, ja tarpeen vaatiessa testauskapasiteettia voidaan kasvattaa nopeallakin aikataululla.
Koronan myötä moni mikrobiologian erikoisalalla käynnissä ollut projekti jouduttiin laittamaan jäihin, sillä työntekijöiden resurssit ohjattiin voimakkaasti koronatestaukseen. Vaikka tartuntamäärät ovat edelleen melko korkeita, virus on asettumassa yhdeksi hengitystieinfektion aiheuttajaksi monien muiden joukossa. Laboratoriossa tehtävien testien määrä on vähentynyt merkittävästi, ja mikrobiologian erikoisalan työntekijöiden arjessa ollaan palaamassa kohti niin kutsuttua normaalia.
Koronapandemia nosti esiin aukkoja varautumisessa kaikilla terveydenhuollon sektoreilla. Pandemiasta on kuitenkin otettu opiksi, ja valmiutta tullaan jatkossa pitämään yllä aiempaa paremmin.
– Pohdimme nyt aiempaa tarkemmin, millaista valmiutta tulee pitää yllä mahdollisten uusien pandemioiden varalta. Aiemmat varautumissuunnitelmat ovat pohjautuneet influenssaepidemioihin, mutta koronan myötä olemme saneet aivan uudenlaista perspektiiviä esimerkiksi laboratorioiden varautumiseen. Nämä opit ohjaavat nyt kaikkea varautumiseen liittyvää ajattelua ja suunnittelua, Fimlabin Mikrobiologian erikoisalajohtaja Tapio Seiskari kertoo.
Korona työllistää edelleen mikrobiologian erikoisalan henkilöstöä jonkin verran, mutta ei samalla tavalla kuin pandemian pahimmassa vaiheessa. Testausstrategiaa on muutettu pandemian edetessä niin, että kaikkia oireisia ei enää testata, ja samalla kotitestien osuus on kasvanut merkittävästi. Laboratoriossa tehtävät testit kohdentuvat sairaalahoitoisiin potilaisiin ja riskiryhmiin. Valmiutta kasvattaa testauskapasiteettia pidetään kuitenkin edelleen yllä.
Uusi tietojärjestelmä ja muita kehityskohteita
Koronan työllistävän määrän laskiessa Fimlabin mikrobiologian erikoisalalla on pystytty jälleen keskittymään paremmin muihin erikoisalaa koskeviin tärkeisiin asioihin. Esimerkiksi erilaisia projekteja on jälleen herätelty henkiin, ja suunnitteilla on monenlaisia menetelmäuudistuksia.
– Yksi merkittävä asia on bakteeriviljelyssä käytettävän laboratoriotietojärjestelmän uudistaminen. Se tulee työllistämään meitä loppuvuodesta. Uudistuksesta voi seurata hetkellisiä pullonkauloja, mutta se tulee myös avaamaan uusia ovia esimerkiksi laiteliitännöillä, jotka ovat odottaneet uuden järjestelmän käyttöönottoa jo hyvän tovin, Seiskari sanoo.
Toinen kehitettävä kokonaisuus on ulostediagnostiikka, minkä lisäksi listalla on paljon erilaisia yksittäisiä, pienempiä kehityskohteita. Lisäksi henkilökuntaa voidaan perehdyttää nyt muuhunkin kuin koronaan liittyviin tehtäviin.
– Koronan vuoksi muuhun diagnostiikkaan perehtyminen jäi vähemmälle, ja perehdytysvelkaa pyritään nyt paikkaamaan, Seiskari vakuuttaa.
Fimlab on kilpailuttanut koronanäytteenoton Tampereella. Maanantaista 2.5.2022 alkaen Nekalan koronanäytteenottopisteessä näytteenottoa tekee UpWeGo.
Ajanvarauskäytäntö koronanäytteenottoon ei muutu. Nekalan näytteenottopisteessä otetut näytteet analysoidaan edelleen Fimlabissa, ja vastaus tulee tekstiviestillä tuloksen valmistuttua.
Nekalan koronanäytteenottopiste palvelee asiakkaita 2.5.2022 alkaen ma-pe 8-20 ja la-su 10-18 osoitteessa Viinikankatu 44 G. Koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen.
Fimlabissa tutkitaan tällä hetkellä valtavia määriä koronanäytteitä ja positiivisten löydösten osuus on ennennäkemättömän suuri. Kiireen ohella on pystytty tekemään myös tutkimustyötä, jolla varmistetaan diagnostiikan toimivuus. Tutkimuksen tueksi Fimlab sai Tampereen tuberkuloosisäätiöltä merkittävän apurahan.
Ylilääkäri Tapio Seiskarin mukaan kotimaisella tutkimuksella on pandemian hoidossa tärkeä rooli, sillä sen ansiosta voidaan varmistaa diagnoosien ja hoitoprosessien oikeellisuus.
– Kun tutkimme omaa tekemistämme ja uusia menetelmiä, voimme varmistaa, että teemme asioita oikein ja järkevästi, ja että kehitysaskeleet ovat oikean suuntaisia. Hyvä esimerkki tästä on antigeenitestien suorituskyky, joka tunnetaan Fimlabissa erittäin tarkasti meillä tehtyjen tutkimusten perusteella, Seiskari kuvailee.
Antigeenitestien tiedetään toimivan hyvin, kun hengitystieoireiden alusta on kulunut yhdestä seitsemään vuorokautta. Fimlabissa tehty tutkimus osoittaa kuitenkin selvästi, että aivan oireisen taudin alkuvaiheessa, ja oireettomilla potilailla, antigeenitestin herkkyys on merkittävästi PCR-tutkimusta huonompi.
– Tämä on merkittävä havainto, kun arvioidaan esimerkiksi kansallisia linjauksia kotitestien käytöstä oireettomien seulonnassa, toteaa mikrobiologian osastonylilääkäri Janne Aittoniemi.
Tampereen tuberkuloosisäätiö myönsi Fimlab Laboratoriot Oy:lle puolen miljoonan suuruisen apurahan koronatutkimusta varten. Apurahan voimin on jo tehty tutkimusta ja julkaisuja. Antigeenitestien suorituskyvyn lisäksi on tutkittu vasta-ainetestien toimivuutta ja muun muassa erilaisten näytteenottokohtien soveltuvuutta PCR-diagnostiikkaan. Havainto nenästä otetun PCR-näytteen toimivuudesta on huomioitu suoraan Fimlabin näytteenotto-ohjeistuksessa. Tutkimuksen hyöty on siis ollut hyvin konkreettinen.
Valtavat näytemäärät haastavat ensin näytteenottoa ja pienellä viiveellä analytiikkaa
Vaikka tutkimustyö onkin tärkeää, kasvavat koronatartuntamäärät suuntaavat resurssit valtavista näytemääristä selviämiseen. Loppuvuodesta 2021 tartuntamäärät ja sen myötä myös koronatestaus lisääntyivät merkittävästi kuormittaen Fimlabin henkilöstöä.
Koronan lisäksi hengitystieoireilua ja testauksen tarvetta ovat lisänneet monet muut hengitystievirukset. Etenkin RS-virusta on ollut paljon liikkeellä. Lisäksi omikronvariantin rantautuminen Suomeen on lisännyt sekvensointien tarvetta. Vuodenvaihteen tienoilla positiivisten koronalöydösten määrät lähtivät jyrkkään nousuun, varmasti osin omikronin myötä. Erityisesti positiivisten löydösten runsas määrä on edellyttänyt muutoksia näytekäsittelyssä ja pakottanut luopumaan monista aiemmin käytössä olleista toimintatavoista esimerkiksi näytteiden säilytyksen suhteen. Fokus onkin nyt vahvasti siinä, että kaikki näytteet saadaan tutkittua.
Covid-näytteiden kohdalla ei voida puhua myöskään pelkästään analytiikasta, vaan on huomioitava koko ketju näytteenotosta tuloksiin asti. Se sitouttaa paljon henkilöstöä. Haasteet kohdataan tyypillisesti ensin näytteenotossa, ja näytteiden hyökyaalto tulee pienellä viiveellä analytiikkaan.
– Käytännössä pyrimme lisäämään henkilöstömäärää analytiikkaan sitä mukaan, kun näytemäärät kasvavat. Se ei kuitenkaan aina ole ihan yksinkertaista ja sen myötä myös muun diagnostiikan tekotiheyttä joudutaan mahdollisesti vähentämään, sanoo Seiskari.
Toistaiseksi vain pieni osa suomalaisista on sairastanut taudin. Nyt kiihtynyt vauhti ennustaa, että pikkuhiljaa yhä useampi kohtaa viruksen.
– Toivottavasti mahdollisimman monella ensikontakti virukseen tapahtuu rokotuksen kautta, Seiskari päättää.
Koronatestaus
on puhuttanut jo pitkään, ja useita eri termejä vilisee julkisessa
keskustelussa. Nyt kotikäyttöön tarkoitetut koronatestit ovat tulleet
kauppoihin myös Suomessa. Mitä eri testityypeistä on syytä tietää, ja voiko
kotitestiä verrata laboratoriotestaukseen?
PCR-testaus, pikatestaus,
antigeenitestaus, sekvensointi… Kaikki liittyvät koronadiagnostiikkaan, mutta
miksi testausmenetelmiä on niin monenlaisia? Kun mediassa puhutaan koronan
pikatestauksesta, viitataan tällä usein antigeenitestaukseen. Antigeenitestauksessa
tulos saadaan laboratoriolaitteiden sijaan testiliuskan avulla, ja vastaus
valmistuu alle tunnissa. Tällaisia antigeenitestejä ovat nyt myös kaupoista
suoraan kuluttajille myytävät pikatestit.
– Antigeenitestejä on
tarjolla hyvin monenlaisia. Tiedämme hyvin ammattilaisten käytössä olevien
testien toimivuuden, mutta markkinoille tulevien kotitestien suhteen tilanne ei
ole niin selkeä, mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari toteaa.
Seiskarin mukaan vahvat
epäilyt koronavirusinfektiosta pitäisi aina tutkia ammattilaisten toimesta.
– Positiivinen testitulos
vaatii ammattilaisen tekemää varmistustestiä, ja negatiivinen tulos ei missään
tapauksessa voi kumota karanteenipäätöstä, Seiskari linjaa.
Fimlabissa
laboratoriotason antigeenitestausta tehdään kolmen sairaanhoitopiirin alueella.
Näissä tapauksissa hoitoyksikkö hoitaa testauksen käytännössä ja testauksen
valvonnasta vastaa laboratorio.
Monipuolista PCR-testausta
Valtaosa Suomessa tehtävästä
koronadiagnostiikasta, PCR-massatestauksesta, on keskitetty maamme suurimpiin
keskuslaboratorioihin, joihin myös Fimlabin keskuslaboratorio Tampereella
lukeutuu. PCR-massatestausta tehdään suurille näytemäärille suunnitelluilla
laitteilla, jotka mahdollistavat jopa tuhansien näytteiden analysoinnin
päivässä. Suuren tutkimuskapasiteetin ohella menetelmän etuna voidaan pitää myös
sen luotettavuutta. Yksittäisen näytteen läpimeno isoissa laitteissa vie kuitenkin
useamman tunnin.
PCR-testausta voidaan
tehdä myös pienemmillä laitteilla pika-PCR:nä ja vierianalyyttisena POC-PCR:nä.
Keskussairaalatasolla käytössä olevalla pika-PCR-testauksella voidaan
analysoida laitemäärästä riippuen enimmillään joitakin satoja näytteitä. Tämän
testausmuodon etuna on paikallinen ja suhteellisen nopea diagnostiikka – tulos voidaan
saada parissa tunnissa.
Eri hoitoyksiköissä, kuten
ensiavussa, pikaisen analysoinnin tarvetta palvelee vierianalyyttinen
menetelmä. Tämä testimuoto on verrattavissa influenssa-PCR-testaukseen, joka on
ollut käytössä jo useita vuosia. Vierianalytiikka tarkoittaa nimensä mukaisesti
sitä, että näyte analysoidaan laboratorion sijasta paikan päällä, lähellä
potilasta. Vastaus saadaan ripeästi, mutta POC-PCR-laitteiden kapasiteetti
riittää enimmillään kymmenien näytteiden tutkimiseen päivässä.
Sekvensoimalla tunnistetaan variantit
Viruksen osoittamiseen
tähtäävän diagnostiikan ohella testausrepertuaariin kuuluu sekvensoinnin
menetelmä. Sekvensointia käytetään virusvarianttien tunnistamiseen, ja sitä
voidaan tehdä eri laajuisina tutkimuksina. Suppeampi tapa on kohdentaa tutkimus
tunnettujen varianttien muutosalueisiin. Laajemmassa sekvensoinnissa voidaan
tutkia viruksen noin 30 000 nukleotidia pitkä genomi kokonaisuudessaan.
– Osa positiivisista koronanäytteistä
sekvensoidaan epidemiologisen tilanneseurannan tueksi. Näin säilytetään
ajantasainen tilannekuva eri alueilla liikkuvista varianteista ja niiden
yleisyydestä, genetiikan erikoisalajohtaja Mauri
Keinänen sanoo.
Fimlabin koronanäytteenotto Tampereen Messu- ja Urheilukeskuksen E-hallissa sekä Hatanpäällä ja Taysissa palvelevat myös pääsiäispyhien ajan. 2.–5.4. välisenä aikana toimipisteet ovat auki seuraavasti: Messukeskus klo 10–18, Hatanpää klo 9–17 ja Tays klo 10–18.
Huomaathan, että koronanäytteenottoon tulo vaatii aina lähetteen ja ajanvarauksen.
Koronatestauksen tuotantovarmuus on hyvä
Fimlabin
koronatestauksen tuotantovarmuus on hyvällä tasolla. Tutkimuslaitteistoa on
jatkuvasti vahvistettu ja myös tarvikkeiden globaali saatavuus on tällä
hetkellä hyvä. Nykyisellä laitteistolla on mahdollista tutkia noin 5000
koronanäytettä vuorokaudessa. Viime aikoina tutkimusmäärät ovat pyörineet
3000–4000 näytteen päivätasolla. Valtaosa testituloksista vastataan vuorokauden
sisällä näytteenotosta.
Koronavirusten
tarkempi tunnistaminen sekvensoinnilla on jatkunut Fimlabissa kuukauden päivät.
Tällä hetkellä sekvensointiin päätyy 20–60 näytettä viikossa. Koko virusgenomin
sekvensoinnilla näytteistä tunnistetaan paitsi yleisimmät maailmalla leviävät
variantit myös mahdolliset uudet muunnokset.
Fimlabin Tampereen keskuslaboratoriossa on käynnistetty koronavirusmuunnosten tunnistaminen sekvensoinnilla. Sekvensointia käytetään virusvarianttien seurantaan nopeasti kehittyvässä pandemiassa. Mutaatioita seuraamalla voidaan tarkimmillaan selvittää yksittäisten tartuntaketjujen kulkua.
Sekvensointi
on pystytetty tiiviissä yhteistyössä mikrobiologian ja genetiikan erikoisalojen
sekä Tampereen yliopiston kanssa. Genetiikan laboratoriolla vakiintuneessa käytössä
olleet menetelmät ja kokemus sekvensoinnista osana muun muassa syöpädiagnostiikkaa
ovat edesauttaneet menetelmän käyttöönottoa myös virusvarianttien
tunnistamiseen.
Sekvensoinnin tavoite on epidemiologinen seuranta
Koronaviruksen
osoitus potilasnäytteistä perustuu PCR-testaukseen, jossa tutkitaan yhtä tai
muutamaa ennalta määritettyä sekvenssipätkää kerrallaan. Tämän vuoksi menetelmä
sopii hyvin viruksen osoittamiseen suurista näytemääristä.
Sekvensoinnin merkitys osana koronadiagnostiikkaa heräsi tarpeesta seurata maailmalla leviämään lähteneiden virusvarianttien kulkua. Nyt on selvää, että variantit leviävät vauhdilla, ja brittivariantista on tulossa uusi valtavirus myös Suomessa.
– Elämme murrosvaihetta sen suhteen, millainen testausstrategia virusvarianttien sekvensointiin tullaan linjaamaan. Resurssien turvaamisen näkökulmasta on tärkeää, ettei lähdetä ylimitoitettuun sekvensointiin. Tarvitsemme systemaattista sekvensointia tietääksemme, minkälaisia viruskantoja Suomessa on liikkeellä. Näin voimme varmistaa myös PCR-diagnostiikan toimivuuden, toteaa mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari.
–
Vallitsevassa tilanteessa on tarkoituksenmukaista pysytellä nimenomaan epidemiologisen
tilannekuvan rakentamisen tasolla, koska tällä on merkitystä arvioitaessa
esimerkiksi rokotteiden tehoa kiertäviin viruskantoihin, lisää mikrobiologian
erikoislääkäri Minna Paloniemi.
Sekvensointimenetelmiin
kohdistuvat vaatimukset kasvavat, kun genomia määritetään tarkemmin, eikä vain
seurata tiettyjen, yksittäisten varianttien leviämistä.
– Yhden
sekvenssinäyte-erän kattava analysointi koko virusgenomin osalta on vaativaa ja
kestää kaikkine vaiheineen useamman päivän. Siksi sekvensointi ei varsinaisesti
palvele taudin diagnostiikkaa, vaan enemmänkin juuri epidemian seurantaa, sanoo
genetiikan erikoisalajohtaja Mauri
Keinänen.
Fimlabin Tampereen keskuslaboratorioon pystytetään parhaillaan
uutta sekvensointijärjestelmää, jolla voidaan skannata virusten perimää. Tähän
asti positiiviset koronanäytteet on tarvittaessa lähetetty Helsinkiin THL:n tekemää
muunnosten sekvenssianalyysia varten.
Mikrobiologian molekyylilaboratorion menetelmistä vastaava sairaalamikrobiologi
Bruno Luukinen on ollut pandemian
alusta asti käynnistämässä koronadiagnostiikkaa Fimlabilla.
– Sain erikoistumisopinnot valmiiksi juuri sopivasti helmikuussa
2020, kun virus alkoi toden teolla levitä maaliskuussa. Hyppäsin liikkuvaan
junaan, kun aloitimme koronadiagnostiikan pystyttämisen. Muutosten vauhti ei
ole sen koommin laantunut, ja nyt olemme taas uuden, mielenkiintoisen vaiheen
edessä, Luukinen kuvailee.
Molekyylilaboratorion lääketieteellisestä puolesta vastaa kliinisen
mikrobiologian erikoislääkäri Minna Paloniemi,
joka liittyi mukaan tiimiin syksyllä palattuaan post-doc-tutkimustyöstä
Cambridgesta, Englannista.
Sekvensointi avaa perimän
Vuoden aikana tutkimusmäärät Fimlabin laboratoriossa ovat
nousseet räjähdysmäisesti.
– Pandemian alkumetreillä pohdimme tosissamme, voisimmeko
nostaa päivittäisiä näytteenottomääriä lähemmäs 40:tä. Tällä hetkellä teemme
parhaimmillaan noin 4 000 PCR-testiä päivässä, mikä vastaa yhden keskimääräisen
influenssakauden koko näytemäärää, Luukinen havainnollistaa.
PCR-testissä tutkitaan vain yhtä tai muutamaa ennalta
määritettyä sekvenssipätkää kerrallaan, minkä vuoksi menetelmä sopii hyvin
viruksen tunnistamiseen, mutta huonosti mutaatioiden seurantaan alati
kehittyvässä pandemiassa. Sekvensointimenetelmien avulla taas voidaan analysoida
viruksen koko perimää jopa yksittäisen nukleotidin tasolla. Mutaatioita
seuraamalla voidaan tarkimmillaan selvittää yksittäisten tartuntaketjujen
kulkua.
Sekvensoinnin käyttöönotto aloitetaan Tampereella helmikuun
aikana koronavarianttien määrittämisellä. Osaamisen kartuttua on tarkoitus
jatkaa nopeasti uuden sukupolven kokogenomisekvensointimenetelmiin.
– Pandemiatilanteessa on toki tarkoituksenmukaisempaa
pysytellä epidemiologisen tilannekuvan rakentamisen tasolla, sillä yhden
sekvenssinäyte-erän analysointi on hidasta ja vie kaikkine vaiheineen useamman
päivän, toteaa Paloniemi.
Yhteistyöllä virusta vastaan
Sekvenssitestauksessa kertyy valtavat määrät tietoa. Testauksen
myötä rakennetaan sekä kansallista että kansainvälistä tietokantaa, joiden
avulla pystytään luokittelemaan ja ryhmittelemään löydökset. Uusien
mutaatioiden kautta syntyvien koronavarianttien liikkeitä voidaan siten
paremmin seurata ja tarvittaessa kohdentaa epidemian hallintaan liittyviä
toimia ajoissa. Siitä, miten ja missä määrin laajaa datapohjaa aiotaan jatkossa
hyödyntää, päättää THL, joka vastaa kansallisen testausstrategian luomisesta.
Pandemian myötä yhteistyö erikoisalojen laboratorioiden välillä on tiivistynyt. Esimerkiksi osa genetiikan käytössä olleista sekvensointilaitteista alkaa palvella jatkossa myös koronadiagnostiikkaa. Myös genetiikan osaaminen ja kokemus sekvensoinnista on äärimmäisen tärkeä osa yhteistyötä. Paloniemen mukaan kaikki mahdollinen osaaminen on syytä hyödyntää kilpajuoksussa virusta vastaan.
– Sekvensointiprojektissa teemme yhteistyötä genetiikan
laboratoriomme lisäksi myös THL:n ja Tampereen yliopiston kanssa. Yhdistämällä
voimamme pystymme vastaamaan mahdollisimman nopeasti uusiin
koronadiagnostiikkaan liittyviin haasteisiin ja siten omalta osaltamme vaikuttamaan
epidemian hyvään hallintaan.
Koronatilanne on jälleen valtakunnallisesti kiihtynyt. Kasvavat pyyntömäärät heijastuvat myös vasteaikoihin koronanäytteenotosta tulokseen. Tällä hetkellä Fimlabissa tutkitaan keskimäärin lähes 3000 näytettä päivässä. Määrät ovat kasvussa ja päivittäinen vaihtelu on suurta: arkipäivisin pyyntöjä saatetaan tehdä nelinkertaisesti viikonloppuun nähden.
Fimlabin
toiminta-alueista Keski-Suomi, Kanta-Häme ja osa Päijät-Hämeestä ovat
koronatilanteen leviämisvaiheessa ja Pirkanmaa sekä Pohjanmaa
kiihtymisvaiheessa. Seuraamme tilanteen kehittymistä tarkasti ja olemme varautuneet
näytemäärien kasvuun.
– Tehostamme jatkuvasti toimintaamme niin, että pystymme käsittelemään suurempia näytemääriä. Parhaillaan olemme automatisoimassa pitkälti käsityönä tehtävää näytteiden esikäsittelyä. Hyödyntämällä automaatiota entistä laajemmin analyysia voidaan nopeuttaa, mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari sanoo.
Tuotantovarmuuden
takaamiseksi Fimlab hyödyntää tarvittaessa myös tutkimusten alihankintaa
yhteistyölaboratorioista.
Viruksen
osoitustutkimusten rinnalla Fimlab kehittää parhaillaan yhdessä Tampereen
yliopiston kanssa menetelmiä vauhdilla leviävien varianttivirusten tunnistamiseksi.
Pyrkimyksenä on päästä aloittamaan sekvensointitutkimukset Fimlabissa jo helmikuussa.
Viime viikkoina Fimlabin koronatestausta haastanut laiterikko osassa tutkimuslinjastoa on saatu korjattua. Tutkimuskapasiteetin palautuminen ennalleen vähentää tarvetta alihankinnalle ja lyhentää tutkimustulosten vasteaikoja.
– Pari
viime viikkoa ovat olleet ennätyksellisen tiiviitä. Valtakunnallisesti
kiihtynyt koronatilanne yhdistettynä laiterikkoon aiheutti jonkin verran
vasteaikojen venymistä. Tilanteen pitäisi nyt huomattavasti helpottaa, kertoo
mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari.
Tutkimuslinjastoa
jo kesällä täydentämään tilatun laitteen asennus on myös parhaillaan käynnissä.
Laitelisäyksen myötä tuotantovarmuus kasvaa entisestään.
– Kuluva
viikko on tutkimuspyyntöjen valossa hieman kahta edeltävää viikkoa
rauhallisempi. Tulevista päivistä ja viikoista ei toki voi vielä tietää,
Seiskari toteaa.
Tuotantovarmuuden takaamiseksi Fimlab hyödyntää jatkossakin tarvittaessa tutkimusten alihankintaa yhteistyölaboratorioista. Olemassa olevien alihankintakanavien ohelle rakennetaan parhaillaan logistisia ja tietoyhteyksiä myös HUSin tutkimuskapasiteetin hyödyntämiseksi.
Laboratoriopalveluille laajaa kysyntää
Tavanomainen
laboratoriopalveluiden kysyntä jatkuu kiivaana koronanäytteenoton ja
-tutkimusten ohella.
– Edelliset
pari viikkoa ovat olleet hyvin haastavia. Koronaepidemia on heijastunut myös
peruspalvelutuotantoomme, koska sairastumiset ja karanteenitoimet ovat
koskettaneet myös laboratoriohenkilöstöä. Koronatutkimusten vastausviiveet ovat
aiheuttaneet paljon kysymyksiä ja palautetta asiakkailtamme, kertoo
palvelujohtaja Anu Mustila.
Fimlabin
toiminta-alueista Päijät-Häme ja Kanta-Häme ovat koronatilanteen osalta leviämisvaiheessa
ja Pirkanmaa, Keski-Suomi ja Pohjanmaa kiihtymisvaiheessa. Tutkimuspyyntöjen
määrä on hieman tasoittunut kuluneen viikon aikana. Koronanäytteenottoon pääsee
nopeasti ja tulosten vasteaikoja saadaan nyt nopeutettua. Fimlabissa tutkitaan
nyt keskimäärin yli 3000 koronanäytettä päivässä. Kiivaimpina päivinä
tutkimusmäärät ovat olleet 4000 näytteen luokkaa.
Suomessa todetaan tällä hetkellä 400–500 positiivista koronatulosta päivittäin. Positiivisten tulosten osuus on kasvanut myös ikääntyneen väestön keskuudessa. Tämä voi ennakoida terveydenhuollon tehohoitokapasiteetin kuormittumista tulevina viikkoina.
Arki Fimlabin mikrobiologian laboratorioissa on ollut helmikuusta lähtien jatkuvaa kehitystyötä. Koronapandemian toisella aallolla virta ei vie niin voimakkaasti kuin ensimmäisellä, sillä nyt koronaviruksesta on paitsi kokemusta myös paljon tietoa.
Alkukeväästä puhjennut koronapandemia polkaisi vauhtiin nopeatempoisen, erityisesti mikrobiologian erikoisalaa haastaneen kehitysvaiheen. Uusia testausmenetelmiä alettiin pystyttää kiivaasti. Volyymia kasvatettiin nopeasti isommille laitteille, sillä tuotanto vaati kipeästi moninkertaistamista. Kevään mittaan tilanne koheni ja yhä suurempia näytemääriä saatiin tutkittua. Hiljalleen kansalliset rajoitustoimet alkoivat purra, ja kesään mennessä tilanne rauhoittui.
Rauhoittunut tilanne antoi laboratorion henkilökunnalle ansaitun hengähdystauon. Kääntöpuolena positiivisten näytteiden vähäisyys hidasti kehitystyötä.
– Toinen aalto nosti päätään alkusyksystä. Sitä mukaa, kun positiivisten näytteiden määrä kasvoi, myös tutkimus- ja kehitystyömme eteni. Parhaimmillaan olemme tutkineet yli 4000 näytettä päivässä, kertoo mikrobiologian erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio Seiskari.
Yhdistelmätestit sairaalapotilaille
Henkilöstöä koronadiagnostiikkaan on lisätty huomattavasti: näytteenottoon noin sata uutta työntekijää ja analytiikkaankin useita kymmeniä. Laitehankintoja koronatestaukseen on tehty hyvin etupainotteisesti. Odotusajat ovat kuitenkin valitettavan pitkiä. Kun laitteet saadaan asennettua, voi tarvikkeiden saatavuus muodostua ongelmaksi.
Syksyn aikana näytemäärät jälleen nousivat ajoittain hyvinkin nopeasti ja haastoivat testauskapasiteettia suuresti. Seiskarin mukaan kansallinen tilanne on tällä hetkellä huolestuttava.
– Tartuntamäärät ovat kovassa kasvussa monella alueella. Tämä näkyy myös sekä tekemiemme covid-19-tutkimusten määrän nousuna että positiivisten tulosten osuuden kasvuna.
Uutena kehitysaskeleena Fimlab on ottamassa käyttöön yhdistelmätestit. Niiden avulla voidaan tutkia samalla analyysilla sekä korona että influenssa nopeasti yhdellä testillä. Yhdistelmätestit on tarkoitettu vaikeammin oireilevien sairaalapotilaiden hoitoon kattavamman diagnostiikan tueksi, erityisesti influenssakautta ajatellen. Pandemian hillitsemiseksi tehtävässä massatestauksessa sen sijaan riittää edelleen se, että näytteistä tutkitaan ainoastaan koronavirusta.
Testaus ei pysäytä pandemiaa
Kansainvälisellä mittapuulla Suomessa on meneillään toisen aallon kiihtyvä vaihe. Toisin kuin viime keväänä, viruksesta ja sen leviämiskyvystä on nyt hyvä käsitys. Tämä osaltaan auttaa koronan leviämisen hillitsemisessä.
Seiskari muistuttaa, että vaikka testaus lisää tietoa koronaviruksesta, se ei riitä pysäyttämään pandemiaa.
– Tähän tarvitsemme alueellisia rajoituksia. Nyt ei saa tulla taisteluväsymystä, vaan jokaisen on kannettava vastuu omalta osaltaan. Kuten aiemmat kokemuksemme ovat osoittaneet, nopeakin leviäminen voidaan saada kuriin.
Koronatilanne on kiihtynyt ympäri Suomea viime viikkojen aikana. Tämä näkyy myös näytteenottomäärissä. Fimlabin alueella tutkitaan tällä hetkellä noin 3200 covid-19-näytettä päivässä. Tutkimusmäärien ohella myös positiivisten tulosten osuus on kasvanut selvästi viimeisten kahden viikon aikana.
– Näytteitä tulee tällä hetkellä rajusti. Näytteiden suuren
määrän ohella painetta aiheuttaa yhden keskeisen laitteen rikkoutuminen
päätutkimuslinjastossamme. Varaosista ja tutkimustarvikkeista käydään globaalia
kilpailua ja niiden saatavuudessa on viiveitä, kertoo mikrobiologian
erikoisalajohtaja, ylilääkäri Tapio
Seiskari.
Haasteista huolimatta vasteajat ovat pysyneet kohtuullisina
eikä näytteitä ole päässyt kasaantumaan. Rinnakkaisia laitteita on useita, ja laiterikon
aiheuttamaa tutkimuskapasiteetin tilapäistä pienentymistä on paikattu
lisäämällä alihankintayhteistyötä.
– Paitsi omaa tuotantoa myös alihankintakanavia kehitetään
koko ajan. Yhteistyö muiden toimijoiden kanssa on ensiarvoisen tärkeää riskien
hallinnan kannalta, Seiskari toteaa.
Tutkimuskapasiteetti saamassa vahvistusta
Laiterikon korjaamiseksi tarvittava varaosa saataneen ensi
viikon aikana. Tämän lisäksi tutkimuskapasiteettiin on Seiskarin mukaan tulossa
lisävahvistusta, kun jo keväällä tilattu laitevahvistus saadaan käyttöön lähiviikkoina.
– Tutkimusjärjestelmäämme täydentävän laitteen asennus alkaa näillä näkymin ensi viikon aikana. Laite kootaan paikan päällä ja asennustyö vie useammalta henkilöltä pari viikkoa, eli puhutaan varsin suuresta laitteesta. Uuden laitteen myötä myös tarviketoimituksiin on odotettavissa helpotusta.
Ennätysmäärä näytteitä päivässä
Joulukuun ensimmäisenä päivänä pelkästään Tampereen Messu-
ja Urheilukeskuksen drive-in-näytteenottopisteessä otettiin yli 1000 näytettä.
– Messu- ja Urheilukeskuksen suurtehon
drive-in-näytteenottopisteessä koronanäytteitä otetaan aamusta iltaan kahdeksalla
ajolinjalla. Ruuhkasta huolimatta ajan koronanäytteenottoon saa viimeistään
seuraavalle päivälle, kertoo Pirkanmaan aluejohtaja, ylilääkäri Anna-Maija Haapala.
Fimlab vastaa koronatutkimuksista viiden sairaanhoitopiirin
alueella Suomessa: Pirkanmaalla, Kanta-Hämeessä, Keski-Suomessa,
Päijät-Hämeessä ja Pohjanmaalla. Kaikki toimialueet ovat tällä hetkellä
koronaepidemian kiihtymis- tai leviämisvaiheessa. Ruuhkaisuudesta huolimatta
vasteajat ovat pysyneet kohtuullisina ja tilanne vakaana.
Käytäthän kasvomaskia tullessasi näytteenottoon ja asioidessasi laboratorioissamme.
Mikrobiologian erikoisalajohtaja Tapio Seiskari on työskennellyt kuluneen kevään ajan koronadiagnostiikan keskiössä. Poikkeuksellinen aika on vahvistanut osaamista ja lisännyt erikoisalarajat ylittävää yhteistyötä.
Kuluva
kevät on ollut poikkeuksellinen laboratoriomaailman pitkän linjan ammattilaisellekin.
Mikrobiologian erikoislääkäri ja lääketieteen tohtori Tapio Seiskari on tehnyt
pitkää päivää yhdessä kollegojensa kanssa mikrobiologian laboratoriossa
Tampereella.
– Koronapandemia
on meille monelle henkilökohtaisen osaamisen kasvun aikakausi. Olemme
vimmatusti perehtyneet uuteen tekemiseen ja paiskineet töitä huomattavia
tuntimääriä. Tämä on ollut hyvin työlästä, mutta samalla antoisaa aikaa
kehittymisen ja eteenpäin menemisen näkökulmasta, luonnehtii Seiskari.
Mikrobiologia
on immunologisten ja infektiosairauksien diagnostiikan erikoisala. Isoin
toiminta tapahtuu Tampereella, jossa toiminnasta vastaa 11 asiantuntijaa ja 45
hoitohenkilökunnan jäsentä. Erikoisala jakautuu Tampereella viiteen eri
laboratorioon: immunologian, molekyylibiologian, bakteriologian sekä
elatusaine- ja reagenssilaboratorioon. Koronadiagnostiikasta vastaa
molekyylibiologian laboratorio.
Erinomainen näköalapaikka
Seiskarin
ura Fimlabilla alkoi vuonna 2008 silloisessa Laboratoriokeskuksessa kliiniseen
mikrobiologiaan erikoistuvana lääkärinä. Erikoistumisen jälkeen mies on edennyt
erikoislääkäristä ensin apulaisylilääkäriksi ja logistiikkapalvelun lääketieteelliseksi
vastuuhenkilöksi, sitten ylilääkäriksi ja keväällä 2019 mikrobiologian erikoisalajohtajaksi
edeltäjänsä jäätyä eläkkeelle.
– Voi
sanoa, että olen tehnyt mikrobiologian urani samassa rakennuksessa
erikoistumisen alusta lähtien.
Alalle
Seiskarin toi mielenkiinto mikrobeja ja infektiosairauksia kohtaan.
– Näin
laboratorion paikkana, jonka kautta kaikkien infektiotauteja sairastavien hoito
kulkee. Pidän tätä erinomaisena näköalapaikkana kenttään.
Mikrobiologia
on ala, joka kehittyy jatkuvasti. Aina tulee paitsi entistä parempia, nopeampia
ja herkempiä menetelmiä, myös uusia mikrobeja ja niiden ominaisuuksia.
Esimerkiksi muuttuva mikrobilääkeresistenssi haastaa mikrobiologian
laboratoriota. Erikoisalajohtajana Seiskarilla on sekä operatiivinen että tuotannollis-taloudellinen
vastuu mikrobiologian erikoisalan toiminnasta. Käytännössä se tarkoittaa sitä,
että varsinaista analytiikkaa ja tutkimustyötä ei juuri Seiskarin työpöydälle
mahdu.
– On kuitenkin
tärkeää toisinaan päästä tekemään myös käytännön tutkimustyötä. Se on meidän
ydintekemistämme, josta en halua vieraantua.
Vaikuttavaa diagnostiikkaa
Helmikuun
lopulla alkaneet koronatestaukset pistivät erityisesti mikrobiologian tiimin aluksi
koville. Nyt testauskapasiteettia on jatkuvasti kasvatettu ja työnjako saatu
toimivaksi. Kenenkään ei yksinään tarvitse venyä urotekoihin.
–
Välillä ratkoin diagnostisia ongelmia unissanikin, mutta nyt tilanne on
tasoittunut. Yhteistyö erikoisalarajojen yli on toiminut hienosti ja jokainen
kantaa vastuunsa. On ollut ilo seurata, kuinka hyvin porukka on tässä mukana,
Seiskari kiittelee.
Erikoisalajohtaja
sanoo seuranneensa ylpeänä mikrobiologian toimintaa ennenkokemattoman haasteen
edessä. Ison organisaation leveisiin hartioihin on ollut hyvä nojata.
– Näen,
että meillä on yrityksenä erittäin hyvä valmius reagoida erilaisiin muutoksiin,
joita yhteiskunnassa ja tautitilanteissa voi tulla vastaan. Meillä on hyvä
mahdollisuus tehdä vaikuttavaa ja tehokasta diagnostiikkaa isolla toimialueella.
