Mikrobiologia - Page 17 of 19

Muutos Autoimmuunienkefaliitti vasta-ainepaketeissa 3.8.2020 alkaen

23.7.2020 • Tiedote päivitetty: 27.7.2020

Laboratoriotiedote 85/2020 • Päijät-Häme, Pohjanmaa/Österbotten

Autoimmuunienkefaliitti, vasta-aineet

21780 S -EnkefAb	Autoimmuunienkefaliitti, vasta-aineet seerumista
21781 Li-EnkefAb	Autoimmuunienkefaliitti, vasta-aineet likvorista

Alihankintalaboratorion vaihdos 3.8.2020 alkaen. Muutos vaikuttaa tutkimuslyhenteeseen.

Vanhat lyhenteet:	21780 S-AitNeu 21781 Li-AitNeu
Näyte:	2 ml seerumia (mininimimäärä 1 ml seerumia) 2 – 3 ml likvoria
Säilytys:	2 – 3 vrk jääkaapissa, pidempiaikainen pakastettuna. Lähetys huoneenlämmössä. Vastaus valmiina kolmen viikon kuluessa.
Menetelmä:	Epäsuoraimmunofluoresenssi
Viiteväli:	Normaalisti negatiivinen. Tulos annetaan lausuntona.
Tulkinta:	Tutkimuspaketin tulos annetaan lausuntona, jossa vasta-ainemääritysten tulos ilmoitetaan kvalitatiivisena (positiivinen/negatiivinen). Positiivinen tulos ilmoitetaan myös kvantitatiivisena arvona.
Paketin sisältö:	Tutkimuspaketti sisältää seuraavat vasta-ainemääritykset: Hu, Ri, ANNA3, Yo, Tr/DNER, myeliini, Ma/Ta, GAD65, amfifysiini, akvaporiini 4, NMDA-reseptori, AMPA-reseptori, GABA-a-reseptori, GABA-b-reseptori, LGI1, CASPR2, Zic4, DPPX, glysiinireseptori, mGluR1, mGluR5, Rho-GTPaasin aktivaatioproteiini 26, ITPR1, homer 3, MOG, rekoveriini, neurokondriini, GluRD2, flotilliini, IgLON5, CARPVIII, neurexin-3a, ERC1, Sez6I2, AP3B2, kontaktiini 1, neurofaskiini 155, neurofaskiini 186, AT1A3, KCNA2, dopamiinireseptori 2. Tutkimukset siirretään tehtäväksi alihankintaan Labor Winfried Stöckerille Saksaan. Aikaisemmin näytteet kulkeneet Huslabin kautta, nyt lähetämme suoraan Saksaan.

Muutokset koskevat niitä tutkimuksia, joiden pyyntöpäivä on 3.8.2020 ja siitä eteenpäin.

Lisätiedot

Tarkemmat tiedot tutkimuksista ja niiden tulkinnasta pyydetään tarkistamaan sähköisestä ohjekirjasta fimlab.fi

Tiedustelut

Ammattilaisten palvelupuhelin 03 311 77800

Tapio Seiskari, erikoisalajohtaja

Tulosta

Muutos Autoimmuunienkefaliitti vasta-ainepaketeissa 3.8.2020 alkaen

23.7.2020

Laboratoriotiedote 84/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi

Autoimmuunienkefaliitti, vasta-aineet

21780 S -EnkefAb	Autoimmuunienkefaliitti, vasta-aineet seerumista
21781 Li-EnkefAb	Autoimmuunienkefaliitti, vasta-aineet likvorista

Alihankintalaboratorion vaihdos 3.8.2020 alkaen. Muutos vaikuttaa paketin sisältöön.

Näyte:	2 ml seerumia (mininimimäärä 1 ml seerumia) 2 – 3 ml likvoria
Säilytys:	2 – 3 vrk jääkaapissa, pidempiaikainen pakastettuna. Lähetys huoneenlämmössä. Vastaus valmiina kolmen viikon kuluessa.
Vanha menetelmä:	Epäsuoraimmunofluoresenssi
Vanha viiteväli:	Normaalisti negatiivinen. Tulos annetaan lausuntona
Vanha paketin sisältö:	AMPA-reseptorit 1 ja 2, CASPR2, DPPX, GABA B-reseptori, LGI-1, NMDA-reseptori ja VGKC.
Uusi menetelmä:	Epäsuoraimmunofluoresenssi
Uusi viiteväli:	Normaalisti negatiivinen. Tulos annetaan lausuntona.
Tulkinta:	Tutkimuspaketin tulos annetaan lausuntona, jossa vasta-ainemääritysten tulos ilmoitetaan kvalitatiivisena (positiivinen/negatiivinen). Positiivinen tulos ilmoitetaan myös kvantitatiivisena arvona.
Uusi paketin sisältö:	Tutkimuspaketti sisältää seuraavat vasta-ainemääritykset: Hu, Ri, ANNA3, Yo, Tr/DNER, myeliini, Ma/Ta, GAD65, amfifysiini, akvaporiini 4, NMDA-reseptori, AMPA-reseptori, GABA-a-reseptori, GABA-b-reseptori, LGI1, CASPR2, Zic4, DPPX, glysiinireseptori, mGluR1, mGluR5, Rho-GTPaasin aktivaatioproteiini 26, ITPR1, homer 3, MOG, rekoveriini, neurokondriini, GluRD2, flotilliini, IgLON5, CARPVIII, neurexin-3a, ERC1, Sez6I2, AP3B2, kontaktiini 1, neurofaskiini 155, neurofaskiini 186, AT1A3, KCNA2, dopamiinireseptori 2 Tutkimukset siirretään tehtäväksi Labor Winfried Stöckerille Saksaan.

Muutokset koskevat niitä tuloksia, joiden pyyntöpäivä on 3.8.2020 ja siitä eteenpäin.

Akuuttien tutkimuspakettien, 23031 Li-AkEnkef ja 23032 S -AkEnkef lähetyspaikkana on edelleen Svar, Ruotsi.

Lisätiedot

Tarkemmat tiedot tutkimuksista ja niiden tulkinnasta pyydetään tarkistamaan sähköisestä ohjekirjasta fimlab.fi

Tiedustelut

Ammattilaisten palvelupuhelin 03 311 77800

Tapio Seiskari, erikoisalajohtaja

Tulosta

U -CtNgNhO ja -CtGcNhO -tutkimusten näytteenottovälineet muuttuvat kesän 2020 aikana

24.6.2020

Laboratoriotiedote 73/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi, Päijät-Häme, Pohjanmaa/Österbotten

4816 U -CtNgNhO Chlamydia trachomatis ja Neisseria gonorrhoeae, nukleiinihappo (kval), virtsa

1738 -CtGcNhO Chlamydia trachomatis ja Neisseria gonorrhoeae, nukleiinihappo (kval), muut näytelaadut

Cobas® PCR Urine Sample Kit -putkea käytetään virtsanäytteille.

Ennen näytteen ottamista potilaan tulisi olla virtsaamatta vähintään 2 tuntia. Alapesua ei tule suorittaa ennen näytteenottoa. Näytteeksi otetaan n. 50 ml alkuvirtsaa puhtaaseen muoviastiaan. Alkuvirtsasta siirretään näytteenottopakkauksen pipetillä virtsaa pakkauksen putkeen, kunnes nestepinta on putkeen merkityn ikkunan puolessa välissä. HUOM! Putkea ei saa täyttää liian täyteen.

Cobas PCR Media Dual Swab Sample Packet -tarvikkeita käytetään vagina-, nielu-, rectum-, silmä- ja urethranäytteille. Näistä silmä- ja urethranäytteet eivät ole testivalmistajan validoimia näytelaatuja.
Näytteenottopakkaus sisältää kaksi (2) tikkua, joista toinen on paksu vanupuikko ja toinen on pienempi ja pehmeämpi näytteenottotikku.

Silmä- ja urethranäytteille käytetään pienempää tikkua. Vagina-, rectum- ja nielunäytteet otetaan paksummalla vanupuikolla. Kohdunkaulakanavanäytteissä lima poistetaan aluksi paksummalla vanupuikolla ja varsinainen näyte otetaan ohuemmalla tikulla.

Siirtymäaikana voi eri toimipisteissä olla jonkin aikaa käytössä myös vanhoja Abbott Multi Collect -näytteenottovälineitä. Tutkimusohjekirjassa on toistaiseksi näytteenotto-ohjeet sekä vanhoille että uusille näytteenottovälineille. Uusien näytteenottovälineiden mukana toimitetaan tarkempi ohje näytteenotosta.

Tapio Seiskari, mikrobiologian erikoisalajohtaja

Tulosta

Syvämärkäviljelyn (Pu- BaktVi1) suositellut näytteenottoastiat

12.6.2020

Laboratoriotiedote 72/2020 • Päijät-Häme

Syvämärkäviljelytutkimuksen (3491 Pu-BaktVi1) näytteenottoon suositellaan käytettäväksi seuraavia näyteastioita:

Anaerobikuljetuspullo (esim. Portagerm^RK500450 ): Kaikki nestemäiset näytteet esimerkiksi nivelneste, pleuraneste, märkänäyte vatsaontelosta, abskessi sijainnista riippumatta, muut nestemäiset steriilin tai ei- steriilin alueen näytteet.

Erikoistapauksissa (nivelnesteet lapsilla) voidaan käyttää aerobiveriviljelypulloa. Huom. Veriviljelypulloa käytettäessä vastausviive on pidempi, kuin anaerobikuljetuspulloa käytettäessä.

eSwab- putki (K705497): Kiinteät näytteet, kuten kudos- ja luupalat. Vaihtoehtoisesti nämä voidaan lähettää kostean harsotaitoksen sisällä tehdaspuhtaassa/steriilissä purkissa, mikäli näyte saadaan tutkivaan laboratorioon saman päivän kuluessa.

Anaerobikuljetuspulloon, eSwab- putkeen tai steriiliin harsotaitokseen otetusta näytteestä tehdään tutkimukseen sisältyvä gramvärjäys. Mikäli näyte on otettu tikkuun (ei suositeltava näytteenottotapa syvämärkänäytteille), gramvärjäystä ei tehdä.

Huom. Kanyylien ja katetrien kärjistä tehtävät bakteeriviljelytutkimukset pyydetään 15.6. alkaen tutkimusnumerolla 4753 Ca-BaktVi. Kanyylin/katetrin kärki otetaan tehdaspuhtaaseen/steriiliin purkkiin.

Tiedustelut

Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03 3117 7800

Tapio Seiskari, Erikoisalajohtaja
Hannu Sarkkinen, Ylilääkäri

Tulosta

Fimlabille jättiapuraha koronatutkimukseen

26.5.2020

Tampereen tuberkuloosisäätiö on päättänyt myöntää Fimlab Laboratoriot Oy:lle 0,5 miljoonan euron suuruisen apurahan COVID-19 -infektion diagnostiikkaa koskevaan tutkimukseen ja -tuotekehitykseen.

Apuraha myönnettiin tutkimukseen, jonka tavoitteena on tutkia koronaviruksen diagnostiikan vaikuttavuutta ja kustannustehokkuutta. Hankkeessa pyritään paitsi arvioimaan erilaisten diagnostisen menetelmien toimivuutta myös optimoimaan diagnostinen polku epidemian mahdollisten myöhempien aaltojen torjumiseksi. Tutkimus- ja kehitystyö tehdään yhteistyössä Tampereen yliopistollisen sairaalan ja Tampereen yliopiston kanssa.

Koronaviruksen käyttäytymistä ja olemassa olevien testien toimivuutta ei vielä tarpeeksi tunneta. Kyseessä on merkittävä ja tärkeä panostus täysin uuden taudin diagnostiikkaa koskevaan tutkimukseen.

Fimlabin toimitusjohtaja Ari Miettinen

– Ulkopuolisen tutkimusrahoituksen merkitys korostuu erityisesti nyt, kun koronakriisin johdosta terveydenhuollon talous on poikkeuksellisella koetuksella, Miettinen kiittelee.

Tutkimustulokset auttavat kehittämään Suomen terveydenhuollon kykyä torjua epidemian mahdollisia myöhempiä aaltoja ja myös muita pandemioita.

– Markkinoilla olevista erilaisista koronavirustesteistä kertyvää aineistoa analysoidaan jo tämän vuoden aikana. Dataa pyritään rinnastamaan esimerkiksi THL:n tietoihin siitä, mikä osuus väestöstä on testattu sekä tietoihin sairastuvuudesta ja kuolleisuudesta, kertoo osastonylilääkäri, dosentti Janne Aittoniemi.

Päämääränä on optimoida koko diagnostiikkaprosessi aina näytteenotosta siihen asti, kun tiedot päätyvät asiakkaille ja lääkäreille.

– Tavoite on, että terveydenhuollolla on käytettävissään tutkitusti parhaat menetelmät ja toimintamallit kustannustehokkaaseen ja vaikuttavaan toimintaan, sanoo ylilääkäri Tapio Seiskari.

Tampereen tuberkuloosisäätiön tarkoitus on tukea tieteellistä tuberkuloosin ja hengityselinsairauksien tutkimustyötä Suomessa. Lahjoituksessa yhdistyvät säätiön tarkoitus ja tutkijoiden edellytykset käytännönläheiseen ja taudin vastustamistyötä välittömästi hyödyttävään tutkimukseen.

– Säätiön myöntämillä apurahoilla on merkittävä vaikutus hengityselinsairauksien tieteellisen tutkimustyön edistämisessä varsinkin Pirkanmaalla, jonne pääosa säätiön rahoituksesta suuntautuu. Myönnetty apuraha on säätiön 65-vuotisen historian selvästi suurin. Säätiö haluaa tällä apurahalla tukea Fimlabin merkittävää ja ajankohtaista tutkimushanketta koronaviruksen aiheuttaman vakavan pandemian torjunnassa, sanoo Tampereen tuberkuloosisäätiön puheenjohtaja Markku Lilja.

Tulosta

COVID-19 tautia aiheuttavan viruksen toteamiseen perustettu uusi tutkimusnimike

22.5.2020

Laboratoriotiedote 60/2020 • Keski-Suomi

26466, -NCovNhO, COVID-19 (SARS-CoV-2) NUKLEIINIHAPPO (KVAL)

Koronavirus, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), on pandeeminen virus, joka aiheuttaa COVID-19-tautia. Fimlabin Tampereen yksikössä on käytössä PCR-menetelmä viruksen osoittamiseksi (6466 -CV19NhO). Tätä tutkimusta täydennetään maanantaista 25.5. alkaen Keski-Suomessa vastaavalla tutkimuksella -NCoVNhO (26466), jonka tekopaikka on Keski-Suomen keskussairaalan laboratorio. Kumpikin tutkimuksista perustuu samaan menetelmään, virus-RNA:n osoittamiseen hengitystienäytteistä käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä.

Keski-Suomen tutkimuskapasiteetti on rajallinen ja tästä syystä uudella tutkimusnumerolla 26466 -NCovNhO tehtävät pyynnöt tulee tehdä pääsääntöisesti sairaalahoitoon joutuvilta, kiireellisiltä potilailta erillisen infektiolääkärien ohjeistuksen mukaisesti. Muut näytteet tutkitaan Fimlabin Tampereen yksikössä tutkimusnumerolla 6466 -CV19NhO. Uutta 26466 -NCovNhO -tutkimusta tehdään mikrobiologian laboratorion aukioloaikoina.

Lisätiedot

Tarkemmat tiedot tutkimuksista ja niiden tulkinnasta pyydetään tarkistamaan sähköisestä ohjekirjasta fimlab.fi/ohjekirja.

Tiedustelut

Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03-311 77800

Tapio Seiskari, erikoisalajohtaja
Jaakko Uksila, ylilääkäri

Tulosta

S -COVID-19 -koronavirustauti, vasta-aineet -tutkimus on otettu käyttöön

18.5.2020

Laboratoriotiedote 55/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi, Päijät-Häme, Pohjanmaa/Österbotten

S -COVID-19 -koronavirustauti, vasta-aineet (KL 6476 S -CV19Ab) -tutkimus on otettu käyttöön. Tutkimuksen vastausmuoto on kvalitatiivinen (POS, POS/NEG tai NEG), ja tulokseen liitetään lausunto. Tutkimusta tehdään 2-5 kertaa viikossa.

COVID-19-vasta-aineita muodostuu vereen yleensä 3 viikon kuluessa tartunnasta/oireiden alkamisesta. Täten testitulos kertoo, onko potilas sairastanut COVID-19-taudin. Positiivisen tuloksen perusteella ei voi kuitenkaan päätellä, onko henkilö suojassa uudelta tartunnalta, koska toistaiseksi ei tiedetä, millainen immuniteetti on suojaava ja kuinka pitkään.

Koska sairastettu COVID-19-tauti on Suomessa toistaiseksi ilmeisen harvinainen ja testitulokseen liittyy väärien positiivisten ja negatiivisten tuloksen mahdollisuus, tuloksen tulkinnassa on noudatettava varovaisuutta. Tutkimus soveltuu lähinnä epidemiologisten tilanteiden selvittelyyn ja seroepidemiologiseen seurantaan. Yksittäisen potilaan kohdalla vasta-ainetestiä voidaan käyttää harkiten apuna epäselvän ja/tai pitkittyneen diagnostisen tilanteen selvittelyssä. Vasta-ainetesti ei sovellu tuoreen infektion diagnostiikkaan.

Lisätiedot

Janne Aittoniemi, etunimi.sukunimi@fimlab.fi, p. 03-311 76012

Tarkemmat tiedot tutkimuksista ja niiden tulkinnasta pyydetään tarkistamaan sähköisestä ohjekirjasta fimlab.fi/ohjekirja.

Tiedustelut

Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03-311 77800

Tapio Seiskari
ylilääkäri, erikoisalajohtaja

Tulosta

COVID-19 tautia aiheuttavan viruksen toteamiseen perustettu uusi tutkimusnimike

15.5.2020

Laboratoriotiedote 54 • Kanta-Häme

23077, -RMikNhO, Respiratorinen SARS-CoV-2 -paneeli, nukleiinihapon osoitus, QIAstat-Dx

Koronavirus, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), on vaipallinen virus, jolla on yksisäikeinen RNA geneettisenä materiaalina. Virus aiheuttaa laajan skaalan hengitystieinfektioita hyvin lievästä flunssatyyppisestä taudista vakaviin, henkeä uhkaaviin keuhkokuumeisiin ja happeutumishäiriöihin.

Koronaviruksen, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), olemassaolo potilaassa voidaan todeta todentamalla viruksen RNA:ta hengitysteiden näytteistä PCR-menetelmällä.

Fimlabin Tampereen yksikössä on käytössä PCR-menetelmä viruksen osoittamiseksi (6466 -CV19NhO). Tätä tutkimusta täydentämään otetaan nyt myös Fimlabin Kanta-Hämeen yksikössä käyttöön vastaava menetelmä viruksen osoittamiseksi (23077 -RMikNhO).

SARS-CoV-2 viruksen lisäksi PCR-paneeli tunnistaa Adeno-, Boka-, Ihmisen metapneumo-, Influenssa A ja B-, korona-, Parainfluenssa-, Pikorna-, RS-virukset sekä Bordetella pertussis-, Mycoplasma pneumoniae– ja Legionella pneumoniae -bakteerit, jotka vastataan erikseen lausunnossa.

Kanta-Hämeen tutkimuskapasiteetti on rajallinen ja tästä syystä uudella tutkimusnumerolla 23077 -RMikNhO tehtävät pyynnöt tulee tehdä infektiolääkärin harkinnan mukaan. Muut näytteet tutkitaan Fimlabin Tampereen yksikössä tutkimusnumerolla 6466 -CV19NhO.

Tutkimus otetaan käyttöön 18.05.2020 alkaen ja se on tilattavissa joka päivä klo 8-19 välisenä aikana.

Lisätiedot

Tarkemmat tiedot tutkimuksista ja niiden tulkinnasta pyydetään tarkistamaan sähköisestä ohjekirjasta fimlab.fi/ohjekirja.

Tiedustelut

Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03 311 77800

Tapio Seiskari, Erikoisalajohtaja

Tulosta

Muutoksia mikrobiologisissa tutkimuksia 14.5.2020 alkaen

12.5.2020 • Tiedote päivitetty: 15.5.2020

Laboratoriotiedote 53/2020 • Päijät-Häme

1153 B-Baktvi, Bakteeri, viljely (verestä)

Veriviljelypullot inkuboidaan ja seulotaan veriviljelyautomaatilla Päijät-Hämeessä. Lisäksi veriviljelyautomaatin ensimmäisestä positiiviseksi ilmoittamasta pullosta tehdään gramvärjäys ja alustava mikrobitunnistus FilmArray Blood Culture Identification (BCID) Paneelilla multiplex-PCR-menetelmällä.

FilmArrayn BDID-tunnistuspaneeli kattaa useimmat stafylokokki-, enterokokki- streptokokki-, enterobakteeri- ja Candida-sukujen lajit sekä Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Listeria monocytogenes, Haemophilus influenzae -lajit. Tunnistuspaneeli kattaa noin 90 % kaikista Suomessa esiintyvistä veriviljelylöydöksistä. FilmArray BCID-paneeli ei tunnista anaerobibakteereita, eikä harvinaisempia mikrobilöydöksiä. Alustava vastaus saadaan pääsääntöisesti saman tai seuraavan päivän aikana.

Tämän jälkeen veriviljelypullot lähetetään Tampereelle, missä alustava tunnistus varmistetaan jatkoviljelyllä ja samalla määritetään mikrobilääkeherkkyys. HUOM. Jatkoviljelyn poikkeavat tulokset eivät enää nouse *-merkinnällä.

Näytteenotto-ohjeet löytyvät osoitteesta www.fimlab.fi

9021 F-BaktNhO, Bakteeri, nukleiinihapon osoitus (Salmonella, Shigella, Kampylo, Yersinia), ulosteesta

9021 F-BaktNhO tutkimus tehdään edelleen Päijät-Hämeessä reaaliaikaisella PCR-menetelmällä. Jos F-BaktNhO antaa positiivisen tuloksen, näyte lähetetään Tampereelle jatkoviljelyyn löydöksen mukaisesti

2608 F -Salmonella, viljely
2620 F -Shigella, viljely
2989 F -Yersinia, viljely
2021 F -Kampylobakteeri, viljely

3952 F-HepyAg, Helicobacter pylori, antigeeni ulosteesta

Tutkimus siirtyy tehtäväksi Tampereen toimintayksikköön. Näyteastiaksi vaihtuu tiivis, mahdollisuuksien mukaan ei-lusikallinen, ulostepurkki. Kyseistä purkkia hoitoyksiköt voivat tilata laboratoriosta.

Lisätiedot

Tarkemmat tiedot tutkimuksista ja niiden tulkinnasta pyydetään tarkistamaan sähköisestä ohjekirjasta fimlab.fi/ohjekirja.

Tiedustelut

Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03 311 77800

Tapio Seiskari, erikoisalajohtaja
Hannu Sarkkinen, ylilääkäri

Tulosta

Mycobacterium tuberculosis- herkistyneet solut, gammainterferoni, eritys, verestä -tutkimuksessa muutos menetelmässä ja putkien tarroituksessa 7.5.2020 alkaen

6.5.2020

Laboratoriotiedote 50/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi, Päijät-Häme

Mycobacterium tuberculosis- herkistyneet solut, gammainterferoni, eritys, verestä -tutkimuksen (6173 B -TbIFNg) menetelmä muuttuu EIA:sta automatisoiduksi CLIA:ksi 7.5.2020 alkaen. Muutoksen myötä vastausviive lyhenee 3-4 päivään. Käyttöön otetaan putkikohtaiset näytenumerot ja -tarrat. Tarrassa on putkikohtaisen näytenumeron lisäksi tieto vastaavan näyteputken väristä ja näytteenottojärjestyksestä seuraavasti:

Näytetarran väritieto ja näytteenottojärjestys	Putken korkin väri ja sisältö
Nil_harm_1	Harmaa korkki – nollavertailuputki (NIL)
TB1_vihr_2	Vihreä korkki – TB1-putki (TB1)
TB2_kelt_3	Keltainen korkki – TB2-putki (TB2)
Mit_viol_4	Violetti korkki – mitogeeniputki (MITOGEN)

Tarra kiinnitetään vastaavaan värikoodattuun putkeen. Putkien sivuun tulee jättää avoin ”ikkuna”, josta nesteen määrä putkessa/putken värikoodi voidaan tarkistaa ilman tarran poistamista!

Näytteenotossa tai putkien käsittelyssä ei ole muutoksia. Näytettä tulee ottaa mustaan merkkiviivaan asti (vakuumiputkia). Putket sekoitetaan heti näytteenoton jälkeen kääntämällä niitä 8-10 kertaa ylösalaisin. Veriputket säilytetään huoneenlämmössä, niitä ei saa laittaa jääkaappiin eikä pakastaa. Veriputket tulee toimittaa huoneenlämmössä käytännössä saman päivän aikana (16 tunnin sisään) Fimlabin keskuslaboratorion Käpy-työpisteeseen (Tampere, FM4, 3. krs, näytteiden vastaanotto) jatkokäsiteltäväksi. Käpy-työpisteessä putket on siirrettävä inkubaattoriin (+37 C) viimeistään 16 tunnin kuluttua näytteenotosta. 16-24 tunnin inkuboinnin jälkeen näytteet säilyvät kolme vuorokautta analysointikelpoisina huoneenlämmössä.

Lisätiedot

Janne Aittoniemi, etunimi.sukunimi@fimlab.fi, p. 03-311 76012

Tarkemmat tiedot tutkimuksista ja niiden tulkinnasta pyydetään tarkistamaan sähköisestä ohjekirjasta fimlab.fi/ohjekirja.

Tiedustelut

Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03 311 77800

Tapio Seiskari
ylilääkäri, erikoisalajohtaja

Tulosta

Muutoksia tutkimukseen Sitrulliinipeptidi, vasta-aineet (4744 S-CCPAb) 6.5.2020 alkaen

29.4.2020

Laboratoriotiedote 48/2020 • Päijät-Häme

Tutkimus sitrulliinipeptidi, vasta-aineet (4744 S-CCPAb) siirtyy tehtäväksi Fimlabin Tampereen keskuslaboratorioon. Muutoksen yhteydessä tutkimuksen menetelmä ja viitealue muuttuvat. Uusi menetelmä perustuu fluoroentsyymi-immunologiaan (FEIA).

Uusi viitealue	negatiivinen: alle 7 kU/l raja-arvo: 7-10 kU/l positiivinen: YLI 10 kU/l
Vastaus	Tutkimus vastataan muodossa kU/l. Korkeat, mittausalueen ylittävät tasot vastataan muodossa YLI 340 kU/l. Korkeita tuloksia ei laimenneta. Tulos on valmiin viikon kuluessa näytteen saapumisesta.

Omassa menetelmävertailussamme tulosten kvalitatiivinen tulkinta (pos, neg) ei muutu, mutta kvantitatiivinen tulostaso laskee selvästi. Kvantitatiivisen tulostason muuttumisen merkitys on kuitenkin vähäinen, sillä tason seurannasta ei tämän hetken tiedon mukaan ole merkittävää kliinistä hyötyä.

Lisätiedot

Tarkemmat tiedot tutkimuksista ja niiden tulkinnasta pyydetään tarkistamaan sähköisestä ohjekirjasta fimlab.fi/ohjekirja, joka päivitetään muutosajankohtana.

Tiedustelut

Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03 311 77800

Anna-Maija Haapala, Ylilääkäri

Tulosta

Prosessimuutos positiivisten veriviljelynäytteiden analytiikassa 28.4.2020 alkaen

28.4.2020

Laboratoriotiedote 47/2020 • Keski-Suomi

Keski-Suomen positiivisten veriviljelynäytteiden analytiikka muuttuu merkittävästi 28.4. alkaen.

Positiivisten näytteiden jatkoviljely siirtyy Keski-Suomen keskussairaalan mikrobiologian laboratoriosta Tampereen keskuslaboratorioon. Vastaavasti Keski-Suomeen jäävää positiivisten näytteiden alustavaa analytiikkaa kehitetään nukleiinihappo-osoitusmenetelmällä.

Prosessi ei vaikuta negatiivisten näytteiden analytiikkaan. Positiivisten vastausten osalta alustavan vastauksen sisältö tarkentuu merkittävästi (lisätietoa alla). Lopullinen vastaus valmistuu pääsääntöisesti samalla viiveellä kuin aiemmin, joissain tapauksissa päivää myöhemmin.

Menetelmä- ja prosessimuutos ei vaikuta tutkimuksen hintaan.

Nukleiinihappo-osoitusmenetelmän sisältö

Nykyisin positiivisen veriviljelynäytteen alustava tunnistus perustuu subjektiiviseen gram-värjäykseen, missä vastausmuoto on hiiva, grampositiivinen tai -negatiivinen sauva tai kokki.

Käyttöön otettava menetelmä on monikanavainen nukleiinihappo-osoitusmenetelmä, ns. multiplex-PCR. Tunnistuspaneeli sisältää lajitason tunnistuksen noin 20 veriviljelyssä yleisimmälle bakteerille ja hiivalle. Lisäksi suku-/heimotason tunnistus laajentaa testin kattavuutta vielä useilla kymmenillä bakteerilajeilla. Kaikkiaan tunnistuspaneeli kattaa yli 90 % Suomessa esiintyvistä veriviljelylöydöksistä. Menetelmä ei tunnista anaerobibakteereita.

Gram-positiiviset bakteerit	Gram-negatiiviset bakteerit	Hiivat
Enterococcus-suku	Acinetobacter baumannii	Candida albicans
Listeria monocytogenes	Enterobacteriaceae-heimo	Candida glabrata
Staphylococcus-suku	Enterobacter cloacae complex	Candida krusei
Staphylococcus aureus	Escherichia coli	Candida parapsilosis
Streptococcus-suku	Klebsiella oxytoca	Candida tropicalis
Streptococcus agalactiae	Klebsiella pneumoniae
Streptococcus pneumoniae	Proteus-suku
Streptococcus pyogenes	Serratia marcescens
	Haemophilus influenzae
	Neisseria meningitidis
	Pseudomonas aeruginosa

Mikrobitunnistuksen lisäksi menetelmä tunnistaa KPC- (CPE), vanA/B- (VRE) ja mec- (MRSA) resistenssiominaisuuksia.

Asiakkaiden tulee huomioida, että nukleiiniihappo-osoitus on menetelmänä täysin eriävä viljelystä ja värjäyksestä ja tunnistustulos on siksi alustava. Menetelmä ei havaitse tunnistuspaneelin ulkopuolisia mikrobeita ja menetelmä voi havaita mahdollisia nukleiinihappojäämiä veriviljelypullon elatusaineessa. Nukleiinihappo-osoitusmenetelmän puutteita tuetaan positiivisista näytteistä edelleen tehtävällä gram-värjäyksellä. Veriviljelyn varsinainen vastaus perustuu edelleen positiivisen näytteen jatkoviljelyyn.

Lisätiedot

Tarkemmat tiedot tutkimuksista ja niiden tulkinnasta pyydetään tarkistamaan sähköisestä ohjekirjasta fimlab.fi/ohjekirja.

Tiedustelut

Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03 311 77800

Jaakko Uksila, Ylilääkäri
Tapio Seiskari, Erikoisalajohtaja

Tulosta

Borrelia, vasta-aineet seerumista -tutkimuksessa otetaan käyttöön varmistustesti 14.4.2020

9.4.2020

Laboratoriotiedote 41/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi, Päijät-Häme, Pohjanmaa/Österbotten

Borrelia, vasta-aineet seerumista (3552 S -BorrAb) -tutkimuksessa otetaan käyttöön varmistustesti 14.4.2020 alkaen.

Borrelioosi on hankalasti diagnosoitava tauti, jonka diagnostiikka perustuu pääosin vasta-aineiden määrittämiseen. Vasta-aineiden seulontatestit ovat herkkiä, mutta monesti hieman epäspesifisiä. Täten THL:n diagnostiikkaohje edellyttää seulontatestituloksen varmistamista toisella testillä ja suosittelee siihen borreliaspesifiseen C6-peptidi-antigeeniin perustuvan testin käyttöä. Fimlab Laboratoriot Oy:ssa otetaan käyttöön Immunetics C6 Lyme ELISA -testi (Borrelia C6 Lyme) Liaison S -BorrAb -testin varmistustestiksi.

Liaisonin seulontatestissä IgG ja/tai IgM reaktiivisista seeruminäytteistä tehdään automaattisesti Borrelia C6 Lyme -testi, joka mittaa borreliakokonaisvasta-aineita (IgG ja IgM) C6-peptidiä kohtaan. Testin tulos vastataan tutkimuksen lausuntoon numeerisena Lyme Index -arvona ja sen merkitystä kommentoidaan (kts. taulukko). Jos potilaasta on useita näytteitä, eikä vasta-ainetasoissa ole merkittävää muutosta, Borrelia C6 Lyme -testi tehdään vain kertaalleen ensimmäisestä näytteestä.

Tulos (Lyme Index)	Tulkinta	Kliininen merkitys
≤0.9	negatiivinen	Näytteestä ei ole osoitettavissa borrelialle spesifisiä vasta-aineita.
0.9-1.09	raja-arvoinen	Tuloksen merkitys jää vasta-aineiden borreliaspesifisyyden suhteen epävarmaksi. Suos. seurantanäytettä.
≥1.1	positiivinen	Näytteestä on osoitettavissa borrelialle spesiifisiä vasta-aineita.

Lisätiedot

Janne Aittoniemi, etunimi.sukunimi@fimlab.fi, p. 03-31176012

Tarkemmat tiedot tutkimuksista ja niiden tulkinnasta pyydetään tarkistamaan sähköisestä ohjekirjasta fimlab.fi/ohjekirja.

Tiedustelut

Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03 311 77800

Tapio Seiskari
ylilääkäri, erikoisalajohtaja

Tulosta

Päijät-Häme: COVID-19 tautia aiheuttavan viruksen toteamiseen perustettu uusi tutkimusnimike

2.4.2020

Laboratoriotiedote 38/2020 • Päijät-Häme

26466, -NCovNhO, COVID-19 (SARS-CoV-2) NUKLEIINIHAPPO (KVAL)

Viruksen olemassaolo potilaassa voidaan todeta todentamalla viruksen RNA:ta hengitysteiden näytteistä käänteiskopiointi-PCR-menetelmällä.

Fimlabin Tampereen yksikössä on käytössä PCR-menetelmä viruksen osoittamiseksi (6466 -CV19NhO). Tätä tutkimusta täydentämään otetaan nyt myös Fimlabin Päijät-Hämeen yksikössä käyttöön vastaava menetelmä viruksen osoittamiseksi (26466 -NCovNhO).

Päijät-Hämeen tutkimuskapasiteetti on rajallinen ja tästä syystä uudella tutkimusnumerolla 26466 -NCovNhO tehtävät pyynnöt tulee tehdä pääsääntöisesti sairaalahoitoon joutuvilta, kiireellisiltä potilailta. Muut näytteet tutkitaan Fimlabin Tampereen yksikössä tutkimusnumerolla 6466 -CV19NhO.

Näytteenotossa ei ole eroja tutkimusnimikkeiden välillä

Näytteenotto-ohjeet löytyvät PHHYKY:n Infokanavalta kohdasta Laboratoriotutkimukset tai osoitteesta https://fimlab.fi/palvelut/ohjekirja.

Tiedustelut

Asiakaspalvelu ja neuvonta, p. 03 311 77800

Tapio Seiskari
Erikoisalajohtaja

Hannu Sarkkinen
Ylilääkäri

Tulosta

Tärkeitä huomioita ylähengitysteiden mikrobiologisesta näytteenotosta

26.3.2020

Laboratoriotiedote 37/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi, Päijät-Häme, Pohjanmaa/Österbotten

COVID-19 pandemia vaikuttaa merkittävästi näytteenottovälineiden saatavuuteen. Ohessa on päivitetyt tiedot näytteenottovälineiden ja näytteenottotapojen prioriteeteistä koskien mikrobiologisten ylähengitystienäytteiden ottoa. Kyseessä on tilapäinen ratkaisu, jossa poiketaan ylähengitysteiden näytteenoton yleisistä toimintatavoista. Toimintatavalla turvataan näytteenottotarvikkeiden riittävyys. Lisäksi toimintatavoilla voidaan vähentää merkittävästi laboratoriossa tehtävän käsityön määrää ja lisätä siten analysointikapasiteettia.

Näytteenottovälineet ja näytteenottotavat

Ylähengitysteiden mikrobiologisten nukleiinihappo-osoitusten näytteet tulee ensisijaisesti ottaa nielusta yhdellä jäykkävartisella nukkatikulla eSwab-putkeen (vaaleanpunainen korkki, kirkas liuos). Nielunäyte tulisi ottaa hankaamalla kitakaaria nukkatikulla.

Poikkeukset yllä mainittuun:

Lasten näytteet tulee edelleen ottaa ensisijaisesti nenänielusta taipuisavartisella nukkatikulla.
Bakteeriperäisiä infektioita epäiltäessä (-RBaktNhO; esim. hinkuyskä) näyte tulisi edelleen ottaa ensisijaisesti nenänielusta taipuisavartisella nukkatikulla.
Cobas Liat -menetelmällä analysoitavat influenssa/RSV-näytteet tulee ottaa UTM-putkeen (punainen korkki, punainen liuos). Tämä koskettaa Kanta-Hämeen -InABRSV-näytteitä ja yksittäisiä vieritestiyksiköitä.

Näyte voidaan tarvittaessa ottaa taipuisavartisella tai jäykkävartisella nukkatikulla, joko eSwab- (vaaleanpunainen korkki, kirkas liuos) tai UTM-putkeen (punainen korkki, punainen liuos). Laboratorio valmistautuu em. putkien loppumiseen valmistamalla suolaliuosputkia, jotka soveltuvat myös näytteenottoon.

Näytteeksi limakalvon sivelynäyte, ei räkää

Laboratorion työnkulun sujuvoittamiseksi tulisi huomioida, että räkä hankaloittaa näytteen käsittelyä, mutta ei tee näytteestä edustavampaa. Mikäli näyte otetaan nenän kautta (nenä, nenänielu), potilasta voi tarvittaessa kehottaa niistämään ennen näytteenottoa.

Paina taipuisavartinen tikku kuljetusputken korkkiin

Yritämme löytää pienimmätkin keinot, joilla sujuvoittaisimme molekyylibiologian tilapäisesti ruuhkautunutta laboratoriotyönkulkua. Toivoisimme, että taipuisavartista nukkatikkua käytettäessä tikku painettaisiin katkaisun jälkeen kiinni korkkiin. Näin tikku poistuu korkin mukana näytettä analysoitaessa, eikä haittaa laboratorioautomaatiota.

Tiedustelut

Ammattilaisten palvelupuhelin 03 311 77800

Tapio Seiskari,
mikrobiologian erikoisalajohtaja

Tulosta

Tutkimus 23052 Li-MikrNhO, Mikrobit, nukleiinihappo (kval), likvori, otetaan käyttöön 30.3.2020

20.3.2020

Laboratoriotiedote 35/2020 • Päijät-Häme

Tutkimus on tarkoitettu mikrobiperäisen meningiitin/enkefaliitin nopeaan erotusdiagnostiikkaan likvorin bakteeriviljelyn (1154 Li-BaktVi) rinnalla.

Li-MikrNhO-tutkimus kattaa yleisimmät akuuttia meningiittiä ja enkefaliittia aiheuttavat bakteerit, virukset ja sienet

Samalla tutkimuksen 1154 Li-BaktVi tekopaikaksi vaihtuu Tampereen keskuslaboratorio.

Tutkimuksen sisältö

Testipaneeli sisältää 14 kohdepatogeeniä.

Bakteerit

Escherichia coli kanta K12
Haemophilus influenzae
Listeria monocytogenes
Neisseria meningitidis (kapselillinen)
Streptococcus agalactiae
Streptococcus pneumoniae

Virukset

Sytomegalovirus (CMV)
Enterovirus (EV)
Herpes simplex virus tyyppi 1 (HSV-1)
Herpes simplex virus tyyppi 2 (HSV-2)
Human herpesvirus 6 (HHV-6)
Parechovirus (HPeV)
Varicella-zoster virus (VZV)

Sienet

Cryptococcus neoformans/gattii

Näytteenotto, tekoaika ja tekopaikka

Näytteeksi otetaan 0,5–1 ml likvoria tehdaspuhtaassa putkessa (tai steriiliputkessa). Näyte voidaan säilyttää 1 vrk huoneenlämmössä ja 7 vrk asti jääkaappilämpötilassa. Huom! Samanaikaisesti otettu 1154 Li-BaktVi-tutkimus otetaan mikrobikasvua rikastavaan, huoneenlämpöiseen tioglykolaattiputkeen.

Tutkimuksen tekopaikka on Päijät-Hämeen keskussairaalan mikrobiologian laboratorio. Tutkimusta tehdään käyttöönoton aluksi mikrobiologian laboratorion aukioloaikoina. Vasteaika on pääsääntöisesti saman tai seuraavan päivän aikana. Mikäli näytettä on jäljellä, bakteerilöydöksen suhteen positiivisesta näytteestä voidaan tehdä lisäpyynnöstä likvorin bakteeriviljely mikrobilääkeherkkyyden määrittämiseksi.

Tiedustelut

Päijät-Hämeen keskussairaalan laboratorio, Mikrobiologia, p. 044 719 5450
Asiakaspalvelu, p. 03 311 77800

Lisätiedot

Tarkemmat tiedot pyydetään tarkistamaan muutosajankohtana sähköisestä ohjekirjasta fimlab.fi/ohjekirja.

Tapio Seiskari, erikoisalajohtaja

Tulosta

COVID-19 koronavirus: Fimlab sulkee osan Pirkanmaan toimipisteistään toistaiseksi

16.3.2020 • Tiedote päivitetty: 18.3.2020

Päivitetty 17.3.2020: lisätty Kiikoinen ja Suodenniemi.

Valtakunnallisesta koronavirustilanteesta johtuen Fimlab sulkee osan Pirkanmaan toimipisteistä toistaiseksi. Muutoksilla tähdätään henkilökunnan riittävyyteen ja pyritään turvaamaan kriittiset toiminnot poikkeustilanteesta huolimatta.

Hervanta
Kiikoinen
Kulju
Kylmäkoski
Luopioinen
Pälkäne
Sahalahti
Suodenniemi
Vesilahti
Viiala

Kiireellisissä tapauksissa pyydämme asiakkaita asioimaan Fimlabin toisessa toimipisteessä esisijaisesti seuraavasti:

Hervanta: näytteenotto Kuninkaankulman tai Hatanpään laboratoriossa
Kulju ja Vesilahti: näytteenotto Lempäälän laboratoriossa
Kylmäkoski: näytteenotto Valkeakosken laboratoriossa.
Kiikoinen ja Suodenniemi: näytteenotto Vammalan laboratoriossa.
Luopioinen, Sahalahti ja Pälkäne: näytteenotto Kangasalan tai Valkeakosken laboratoriossa

Myös muut Fimlabin toimipisteet ovat asiakkaiden käytössä toistaiseksi normaalisti.

Palvelupäällikkömme soittavat kaikille asiakkaille ja peruvat kyseisiin toimipisteisiin jo annettuja näytteenottoaikoja. Ei- kiireellisissä tapauksissa asiakkaita voi ohjeistaa myös itse perumaan näytteenottoaikansa ja varaamaan uuden ajan tilanteen helpottaessa.

Pahoittelemme tilanteesta aiheutuvaa vaivaa.

Anu Mustila Anna-Maija Haapala

palvelujohtaja ylilääkäri

Tulosta

Keski-Suomi: Lisäys hengitystienäytteiden näytteenottovälineisiin: Tikkunäytteiden kuljetusputkeksi soveltuu myös ESwab-putki

13.3.2020

Laboratoriotiedote 28/2020 • Keski-Suomi

Hengitystienäytteiden määrän kasvaessa varmistamme tikkunäytteiden kuljetusputkien riittävyyden ottamalla COPAN UTM-RT MINI -kuljetusputkien (353C; kirkkaanpunainen korkki, punertava liuos) rinnalle käyttöön COPAN ESwab-kuljetusputken (490CE; vaaleanpunainen korkki, kirkas liuos).

ESwab-kuljetusputket soveltuvat mm. hengitystievirusten, influenssa/RSV- ja koronavirusten PCR-diagnostiikkaan (tutkimukset 20956 -RVirNhO, 92539, -InABRSV, ”Influenssa A, B ja RSV, nukleiinihappo (kval)” ja 6466 -CV19NhO).

UTM-RT MINI, mikäli saatavissa, on edelleen ensisijaisesti käytettävä kuljetusputki.

Tiedustelut

Keski-Suomen keskussairaalan laboratorio, Mikrobiologia, p. 014 269 5154
Ammattilaisten palvelupuhelin 03 311 77800

Jaakko Uksila ylilääkäri

Varaa aika netissä

Varaa aika puhelimitse

Laboratoriotiedote 85/2020 • Päijät-Häme, Pohjanmaa/Österbotten

Autoimmuunienkefaliitti, vasta-aineet

Lisätiedot

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 84/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi

Autoimmuunienkefaliitti, vasta-aineet

Lisätiedot

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 73/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi, Päijät-Häme, Pohjanmaa/Österbotten

Laboratoriotiedote 72/2020 • Päijät-Häme

Tiedustelut

Koronaviruksen käyttäytymistä ja olemassa olevien testien toimivuutta ei vielä tarpeeksi tunneta. Kyseessä on merkittävä ja tärkeä panostus täysin uuden taudin diagnostiikkaa koskevaan tutkimukseen.

Laboratoriotiedote 60/2020 • Keski-Suomi

26466, -NCovNhO, COVID-19 (SARS-CoV-2) NUKLEIINIHAPPO (KVAL)

Lisätiedot

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 55/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi, Päijät-Häme, Pohjanmaa/Österbotten

Lisätiedot

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 54 • Kanta-Häme

23077, -RMikNhO, Respiratorinen SARS-CoV-2 -paneeli, nukleiinihapon osoitus, QIAstat-Dx

Lisätiedot

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 53/2020 • Päijät-Häme

1153 B-Baktvi, Bakteeri, viljely (verestä)

9021 F-BaktNhO, Bakteeri, nukleiinihapon osoitus (Salmonella, Shigella, Kampylo, Yersinia), ulosteesta

3952 F-HepyAg, Helicobacter pylori, antigeeni ulosteesta

Lisätiedot

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 50/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi, Päijät-Häme

Lisätiedot

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 48/2020 • Päijät-Häme

Lisätiedot

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 47/2020 • Keski-Suomi

Nukleiinihappo-osoitusmenetelmän sisältö

Lisätiedot

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 41/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi, Päijät-Häme, Pohjanmaa/Österbotten

Lisätiedot

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 38/2020 • Päijät-Häme

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 37/2020 • Pirkanmaa, Kanta-Häme, Keski-Suomi, Päijät-Häme, Pohjanmaa/Österbotten

Näytteenottovälineet ja näytteenottotavat

Poikkeukset yllä mainittuun:

Näytteeksi limakalvon sivelynäyte, ei räkää

Paina taipuisavartinen tikku kuljetusputken korkkiin

Tiedustelut

Laboratoriotiedote 35/2020 • Päijät-Häme

Tutkimuksen sisältö

Näytteenotto, tekoaika ja tekopaikka

Tiedustelut

Lisätiedot

Laboratoriotiedote 28/2020 • Keski-Suomi

Tiedustelut